아파트형 공장 취득 후 2년내 매각시 등록세 중과세 추징여부 질의회신

가. 서울특별시세감면조례 제19조제2항에서 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업법 제2조 규정에 의한 중소기업자가 산업집적활성화및공장설립에관합법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하나 그 취득한 날부터 5년 이내에 매각하는 경우에는 면제한 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법시행령 제102조제2항에서 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 규정에 의한 과밀억제권역인 대도시내에서 법인의 설립등기에 따른 등기와 법인설립일부터 5년 이내에 취득하는 업무용 · 비업무용 · 사업용 · 비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있으나, 동법시행령 제101조 제1항 제14호에서 「소프트웨어산업진흥법」 제2조제3호 규정에 의한 소프트웨어사업(소프트웨어 산업과 관련된 경제활동)을 위하여 취득하는 부동산은 등록세의 중과세 대상이 되지 않는다고 규정하고 있으며, 동조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 정당한 사유없이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여는 등록세를 중과세 한다고 규정하고 있습니다. 나. 수도권정비계획법 제6조 규정에 의한 과밀억제권역인 대도시내에서 소프트웨어산업진흥법 제2조3호의 규정에 의한 소프트웨어사업을 영위하기 위하여 2003.9.25 아파트형 공장을 최초로 분양받아 당해 업종에 직접 사용하다가 다른 곳으로 법인(공장)을 이전하기 위하여 취득한 아파트형 공장을 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우라면 등록세의 중과세 추징대상이 되는 것이고, 취득한 날부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하였으나 그 취득한 날부터 5년 이내에 매각하는 경우에는 기 면제한 등록세의 일반과세 추징대상이 된다 할 것입니다.