장학법인 출연재산 매각시 등록세 중과세 추징여부 질의회신

가. 지방세법 제288조제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받은 장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나 정당한 사유없이 그 사용일 부터 2년 이상 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 동법 제138조 제1항 제3호 및 동법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서 법인설립등기에 따른 등기와 법인설립일부터 5년 이내에 취득하는 업무용 · 비업무용 · 사업용 · 비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있으나, 동법시행령 제101조 제1항 및 그 제31호에서 법 제288조제2항 규정에 의한 장학단체가 그 설립목적을 위하여 취득하는 부동산은 등록세 중과세 예외대상으로 규정하고 있습니다. 나. 장학단체를 공공법인의 하나로 규정하여 일정한 경우 취득세 등을 면제하는 취지는 장학사업의 공익적 · 자선적 성격을 고려하여 이를 장려하기 위한 것인데 단지 장학회 사무실 및 그 부속시설로 사용하기 위하여 취득한 부동산의 경우만 취득세 등을 면제하고 장학기금의 마련을 위하여 취득하는 부동산을 제외하는 것은 위와 같은 규정을 충실하게 구현하지 못하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 임대나 매각 등 장학기금의 마련방법과는 상관없이 장학기금의 마련을 위하여 취득하는 부동산도 여기서 말하는 ""고유목적에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산""에 해당된다고 보아야 할 것(대법원 2001두10318,2002.8.23)이므로 2005.5.26 대도시내에서 설립된 장학법인이 제3자로부터 출연받은 부동산을 장학금 마련을 위해 취득일부터 2년 이내에 매각한 경우라면 상기 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법시행령 제102조제2항 규정에 의한 등록세 중과세 추징대상이 되지 않는 것이 타당하다 할 것입니다.