천주교유지재단이 증여받은 부동산에 대한 취득세 등 비과세 여부 질의회신

가. 지방세법 제107조와 그 제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등을 비과세 하나 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있습니다. 나. 상기 규정에 의한 정당한 사유란 법령에 의한 금지 · 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다고 할 것이고, 정당한 사유의 유 · 무를 판단함에 있어서는 그 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적과 규모에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 93누2957, 1994.11.18)이므로 다. 귀 질의의 경우 천주교교단소속의“갑”이 자신의 명의로 소유하고 있던 성모자애병원을 효율적으로 관리하기 위하여 1962년부터“병”의 부속병원으로 편입하여 지역의료서비스의 공급과 학생들의 교육 및 인턴 · 레지던트의 수련기관으로 사용하여 오던 중 같은 교단소속의“을”에게 동 병원을 증여한 후 증여전과 같이 천주교교단소속인“병”이 운영하기로 하고“갑”명의로된 동 병원의 소유권을“을”의 명의로 변경하여 증여전과 동일하게“병”명의의 부속병원으로 그대로 사용하고 있는 점과“을”이 당해 병원을 증여받은 후“병”대학은 교수(의료진)를 통한 학생들의 교육 및 인턴 · 레지던트의 수련시설로 이용할 뿐 실질적인 병원의 경영은 “을”재단소속 사제인 병원장에 의하여 이루어지고 있는 등 당해 부동산의 취득 목적이나 취득경위 및 실질적인 사용관계 등을 고려할 때“을”이 당해 병원용 부동산을 취득한 후 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 판단하는 것이 타당할 것입니다.