종교법인이 취득 후 미사용 부동산에 대한 취득세 등 추징관련 질의회신

가. 지방세법 제107조제1호와 제127조제1항 및 동법시행령 제79조 제1항 제1호에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득등기 하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하나 취득등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과한다고 하고 있고, 동법 제121조제1항에서 취득세 납세의무자가 제120조 규정에 의한 신고 또는 납세의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 대하여는 신고불성실가산세(산출세액 또는 부족세액의 1,000분의20)와 납부불성실가산세(1일 10,000분의 3)를 합한 금액을 보통징수 방법에 의하여 징수한다고 하고 있으나,동법 부칙 제4조(2003.12.30 법률 제7013호로 개정된것)에서 이 법시행일 전까지 종전의 제120조의 규정에 의하여 취득세를 신고납부하지 아니한 자에 대한 취득세 가산세 징수처분은 100분의20에 상당하는 금액으로 한다고 규정하고 있습니다. 나. 종교단체가 종교목적에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하여 취득세 등을 비과세 받고 3년이내에 종교목적에 직접 사용하지 않았다면 기 비과세한 취득세 등은 추징대상이 되는 것이며, 2004.1.1 이전에 취득하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 3년이내에 고유목적에 사용하지 않아 추징대상이 되는 경우 라면 종전규정(법 제121조제1항, 2003.12.30 법률 제7013호로 개정되기 이전의 것)에 의거 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 납부하는것이 타당하다고 판단됩니다.