① 학교법인이 임야를 취득하여 취득세를 감면받은 후 유예기간(3년) 이내에 이를 고유업무에 사용하였는지 여부② 중복 세무조사금지에 위배되는지 여부③ 쟁점토지의 취득가액을 시가표준액을 기준으로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

쟁점①쟁점토지는 산림복원을 위한 토지로 사용할 계획이었고 나머지 토지에 약초를 재배하기로 하였던 점, 실제로도 쟁점토지는 공부상 지목이 임야이고 사실상의 지목도 임야상태로 보존되어 있으며 교육용으로 사용하기 위한 특별한 시설이 확인되지 아니하는 점, 제출된 연구계획안만으로 실제 쟁점토지와 연구활동(양서류 다양성 실태조사)의 관련성이 충분히 입증되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지 전부를 학교용으로 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이지만, 처분청이 2015.11.27. 현장조사를 한 후 쟁점토지에 대하여 재산세를 감면하였고, 2018년도분 재산세를 부과하면서도 쟁점토지 중 2필지 토지에 대하여는 재산세를 감면한 점을 고려하면, 적어도 처분청이 계속하여 재산세를 감면한 2필지 토지의 경우에는 처분청 스스로 이를 학교용으로 사용한 것으로 인정하고 있다고 할 것이므로 이러한 토지까지 유예기간이 경과한 이후에 조사한 내용을 근거로 감면한 취득세를 추징한 처분은 잘못이라고 판단됨.쟁점②청구법인이 2015년도분 재산세에 대하여 이의를 제기하자 처분청 담당공무원이 2015.11.27. 현장을 조사하고 재산세를 감면한 것은 청구법인이 2013.12.4. 쟁점토지를 취득한 후 취득세 감면 유예기간이 경과되기 이전에 약초재배지를 순차적으로 조성하고 있으므로 쟁점토지도 약초재배지로 사용하고 있는 것으로 판단한 것에 불과하다고 보이고, 현장 사진에서도 쟁점토지의 현황과 관련된 사진이 확인되지 아니하는 점에서 현장 조사후 재산세를 계속 감면하였다는 사유로 유예기간이 경과할 때까지 쟁점토지를 교육용으로 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 부과처분을 한 것이 중복세무조사에 따른 부과처분에 해당된다고 볼 수는 없다고 하겠으며, 또한, 기속행위에 속하는 지방세 부과처분에 있어서 「지방세기본법」제18조, 제20조 제3항 등에서 신의성실의 원칙 등을 규정하고 있으므로 이와 별도로 행정의 자기구속의 법리가 적용될 여지가 없고, 이 건의 경우에 있어서 재산세를 감면하였다는 사유만으로 이러한 신의성실의 원칙에 위배된다고 인정하기 어렵다고 판단됨.쟁점③청구법인이 쟁점토지를 포함한 6필지 토지를 일괄 취득한 사실이 매매계약서에서 확인되고, 6필지 토지 중 쟁점토지의 가격이 구분되지 아니하므로 각각의 필지별 토지 취득가액을 시가표준액을 기준으로 안분하여 산정한 후 이를 취득세 과세표준으로 삼은 것이 타당하다 할 것임에도, 처분청에서 청구법인이 취득신고시 기재한 필지별 토지취득가격을 기준으로 쟁점토지의 취득가격을 산정하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단됨.