① 청구법인이 교육목적으로 취득한 쟁점부동산을 산학협력단이 사용한 경우 교육목적에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분의 당부 ② 청구법인이 취득한 쟁점부동산에서 산학협력단이 창업보육센터를 운영하는 경우에는 취득세 및 재산세를 감면할 수 있는지 여부 ③ 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있는지 여부

① 학교법인과 산학협력단은 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위 내에서 각각 권리와 의무의 주체가 되는 것으로서 독립적으로 법인등기부등본이 작성되어 있고, 그 운영도 독립적으로 이루어지므로 별개의 권리․의무 주체인바, 쟁점부동산은 산학협력단이 사용하는 부동산으로서 학교법인인 청구법인이 해당사업에 직접 사용하는 것으로 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어려움. ②「지방세특례제한법」〔2016.12.27. 법률 제14475호로 개정(시행 2017.1.1.)된 것)〕제60조 제3항 제1의2호에서 학교 등이 취득한 창업보육센터용 부동산을 산학협력법에 따른 산학협력단이 운영하는 경우를 감면대상에 포함하였으므로 쟁점부동산 중 청구법인이 취득하여 산학협력단이 운영하는 창업보육센터용 부동산에 대하여 과세된 2016년 이전 재산세 등은 감면대상이 아니라 하겠으나, 동 부동산에 대한 2017년도 재산세 등은 위 조항이 개정된 이후에 납세의무가 성립한 것이므로 감면대상으로 판단됨. ③ 쟁점부동산이 취득세 감면대상에 해당하는 지에 대하여 세법 해석상 견해 대립이 있었다고 보기 어렵고, 그 외 청구법인의 신고의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 아니하므로 처분청이 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 없다고 판단됨