(1) 폐기물처리시설의 2단계 매립공사 중 1단계 사용(매립) 종료신고가 수리되었다하여 그 사실상의 지목이 변경(유지 → 잡종지)되어 취득세 납세의무가 성립된 것으로 볼 수 있는지 여부 및 그 과세표준 산정의 적법 여부

이유 1. 처분청이 2012.4.10. OOO에 대하여 종합합산과세대상으로 구분하여 청구법인에게 한 2007년 재산세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 별도합산과세대상으로 구분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 2. 나머지 청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요 가. 처분청은 2007년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유한 OOO 전체 부지 1,486,003㎡(2011년 공부상 면적) 중 OOO에 대하여 공업용 취수장으로 사용된 공장용지로 보아 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 과세하였다. 나. 한편, 청구법인은 2003.12.31. OOO시장과 처분청 및 OOO 모색을 위한 시민위원회(4자간) 간에 체결된 OOO공장 부지 내 OOO상의 의무이행을 위하여 2005.12.30. 이 사건 토지 중 OOO에 관리형매립시설인 폐기물처리시설(시설규격 4,810,000㎥, 이하 “이 건 폐기물처리시설”이라 한다) 설치승인(1단계 : 115,670㎡, 2단계 180,000㎡)을 받고, 이 사건 토지 내 해수(海水)를 퍼낸 후 이 건 폐기물처리시설 설치공사를 하여 OOO공장 내에 적치되어 있는 OOO를 탈수과정 등을 거쳐 단계별로 매립하였는바, 1단계 설치승인을 받은 OOO에 대한 OOO 매립을 완료한 후 2010.3.25. 처분청에 1단계 폐기물처리시설(이하 “1단계 폐기물처리시설”이라 한다) 사용종료신고를 하여 2010.6.21. 사용종료신고 수리를 받았다. 다. OOO시장은 2011년 11월중에 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 이 사건 토지가 도시관리계획상 공업지역이 아닌 녹지지역에 소재하고 있고, 2006년 9월에 폐기물처리시설 공사 착공으로 이 사건 토지에 있던 공업용 해수를 퍼내어 2007년 재산세 과세기준일부터 실제 사용현황이 잡종지에 해당하므로 분리과세대상인 ‘공장용지’가 아니라고 하여 종합합산과세대상 토지로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다. 라. 처분청은 위 과세자료 통보 내용에 따라 이 사건 토지에 대하여 당초 분리과세대상에서 종합합산과세대상으로의 변경에 따른 재산세액을 재산정한 후 그 차액에 대하여 2007년 재산세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 청구법인에게 2012.4.10. 부과고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 사건 토지는 공공용 재산으로서 구「지방세법」제185조 제2항 규정에 따라 재산세 비과세대상에 해당한다. 공공용 재산이란 ‘지방자치단체가 직접 공공용으로 사용하거나 사용하기로 결정한 재산과 사용을 목적으로 건설 중인 재산’을 의미하고, 공원은 공공용재산에 해당(구「공유재산 및 물품관리법」제5조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제25조)하며, “토지의 지상전체가 공원으로 사용되는 경우, 지하 부분이 수익사업에 사용된다고 하더라도 구 「지방세법」제234조의12 제1호 소정의 종합토지세 비과세 대상에 해당”(대법원 1998.12.22. 선고, 97누1563 판결)하는 것인바, 이 사건 토지는 이 건 OOO에 따라 유원지로 조성될 예정으로서, OOO시장이 2006.5.30. 이 사건 토지를 포함한 대상부지(유원지 등)에 대하여 도시계획시설에 대한 실시계획을 인가·고시하여 재산세 과세기준일 당시 이 사건 토지가 이미 공원으로 제공될 토지의 구역, 면적 등이 확정된 상태이므로 재산세 비과세 대상으로 보아야 한다. (2) 이 사건 토지는 공장용건축물의 부속토지로서 분리과세대상으로 구분하여야 한다. (가) 이 사건 토지는 OOO로서 공장용 건축물의 부속토지에 해당한다. 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」(2007.8.3. 법률 제8603호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호와 같은 법 시행령(2007.9.10. 대통령령 제20261호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 제2호 및 같은 법 시행규칙(2007.10.1. 산업자원부령 제424호로 개정되기 전의 것) 제2조 제4호에서 ‘공장’이라 함은 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 당해 공장부지 안에 설치하는 부대시설인 ‘폐기물처리시설 및 환경오염방지시설’ 등을 공장의 부대시설로 규정하고 있으므로, OOO 등의 매립에 사용되면서 OOO공장 부지 내에 위치하고 있는 이 사건 토지는 공장의 부대시설인 관리형(자가) 폐기물처리시설로서 공장의 일부로 보아야 하고, 국세청장은 이 사건 토지에 관한 유권해석OOO에서 “화학제품 제조업 법인이 수개의 공장 중 하나를 분할함에 있어서 분할하는 공장에서 발생한 폐기물의 처리를 위한 공장용지 내의 침전지와 동 폐기물을 매립하기 위한 공장용지 내의 저수지를 분할신설법인이 분할법인으로부터 포괄 승계받아 분할 전·후의 제품 생산과정에서 발생한 폐기물을 침전 또는 매립하는 데 사용하는 경우에는 동 침전지 및 저수지는 「법인세법」제46조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제80조 제3항의 규정에 의한 분할신설법인이 승계한 사업에 직접 사용하는 자산으로 보는 것”이라고 하였는바, 이는 이 사건 토지를 관리형(자가) 폐기물처리시설로서 공장의 일부로 본 것이며, 이 사건 토지는 2004년까지는 OOO공장의 유수지로, 그 이후에는 OOO의 매립지로 사용되고 있는바, 지상 정착물의 효용과 편익을 위해 사용된다면 지상정착물의 부속토지에 해당한다는 판시OOO에 기초할 때, 공장용 건축물의 부속토지에 해당한다. (나) 지방세법령 해석상 이 사건 토지가 반드시 ‘공업지역’에 소재하여야 분리과세대상이 된다고 볼 수 없다. 「지방세법 시행령」에서 공장용지는 “공업지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위의 토지”로 정의되는바, 이때 부속토지까지 공업지역에 소재하여야 하는지가 문제로 ‘공업지역에 있는’의 수식대상이 바로 뒤 어순에 오는 ‘공장용 건축물’이라고 보는 것이 문언에 충실한 해석이라 하겠다. 또한, 구「지방세법 시행규칙」별표4 제3호 나목에서 “도시계획상의 녹지지역, 활주로, 철로, 6미터 이상의 도로 및 접도구역은 공장입지기준면적에 포함되는 것으로 한다”고 규정하고 있는바, 이는 공장용 건축물의 부속토지가 공업지역에 존재하지 않음이 전제된 것이라 하겠고, 이 사건 토지는 그 지상건축물의 효용과 편익에 제공된 것이므로 녹지지역에 소재한다는 이유로 위 토지를 무조건 부속토지에서 제외한다고 해석하는 것은 위 시행규칙을 형해화시키고 입법취지에도 반하는 것으로서 부당하고, 분리과세대상인지 여부도 주된 개념인 지상건축물을 기준으로 판단하여야 하며, 이 사건 토지가 OOO 매립지로서 공업지역에 소재하고 있는 OOO공장의 효용과 편익을 위하여 사용되고 있고, 공장입지기준면적에 포함되는 이상 ‘공업지역에 소재하는 공장용 건축물의 부속토지’로서 분리과세대상에 해당하는 것이다. (다) 더구나 이 사건 토지는 1970.2.9. 공업지역으로 최초 지정된 후 1975.5.16. OOO에 속하게 되었다는 이유만으로 녹지지역으로 변경지정되었는바, 공장부속시설로 사용되는 이용 현황상 아무런 변동이 없음에도 녹지지역으로 변경 지정되었다는 이유만으로 분리과세대상이 아니라고 새롭게 해석하는 것은 비과세관행, 납세자 재산권의 부당침해라는 점에서 부당하다. (3) 예비적 청구로서 가사, 처분청의 주장과 같이 공장용 건축물과 그 부속토지 모두가 공업지역에 있어야 분리과세대상에 해당된다고 하더라도, 구 「지방세법 시행령」제131조의2 제1항 제1호 규정에 따라 ‘공업지역’을 제외한 광역시지역에 소재하는 공장용 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상에 해당하는바, 이 사건 토지는 OOO시지역 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위 이내에 속하므로 별도합산과세대상에 해당된다고 할 것이므로, 종합합산과세대상의 세율을 적용하여 재산세 등을 부과한 처분은 어느 모로 보나 위법하다.