휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 취득한 이 건 부동산에 대하여 취득세를 중과세한 처분의 적법 여부

이유 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.2.1. 서울특별시 OOO와 그 지상 건축물(지하 1층, 지상 4층, 4320.53㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매로 취득하고, 취득가액 OOO에 표준세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO을 신고납부하였다. 나. 처분청은 2012년 4월 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 조OOO이 2009.12.15. 청구법인의 지분 100%를 인수한 후 인수일로부터 5년 이내인 2011.2.1. 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 사실, 그리고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 쟁점토지에 대한 가압류 해지비용 OOO을 가압류권자에게 직접 지급한 후 이를 법인장부상 건물 및 토지가액으로 계상하고도 쟁점부동산 취득가액에서 제외하여 신고한 사실을 확인하고, 2013.1.10. 쟁점해지비용을 포함한 과세표준에 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부 세액을 제외한 취득세 등 OOO을 청구법인에게 부과고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.4.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 지방세법 제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제27조 제3항은 대도시에서 휴면법인 인수 이후 5년 이내에 대도시내 부동산을 취득하는 경우 이를 취득세 중과대상으로 규정하고 있는 바, 동 중과규정은 대도시로의 인구유입과 경제력 집중을 억제함으로써 대도시민의 생활환경을 개선하고 국토의 균형발전을 도모하기 위한 것으로, 중과 요건인 휴면법인 인수에 해당되는지 여부는 해당 휴면법인의 인수행위가 대도시로의 새로운 인구유입과 경제력 집중을 유발시키는 법인의 신설행위에 준하는지 여부로 판단하여야 한다OOO. 이 건의 경우, 청구법인의 대주주인 조OOO과 이OOO가 2009.12.15. 현재 폐업 중인 청구법인 발행주식의 100%를 인수한 것은 사실이나, 동 인수행위는 청구법인의 구 상호인 OOO의 상호 인지도 등을 활용할 목적의 영업인수에 해당할 뿐이라고 할 것이므로, 처분청이 청구법인 인수를 법인의 설립행위에 준하는 휴면법인 인수로 보아 취득세를 중과한 처분은 부당하다. 설령, 청구법인 인수를 법인의 설립행위에 준하는 휴면법인 인수로 본다고 하더라도, 청구법인 인수 시점인 2009.12.15. 당시에는 “휴면법인 인수일로부터 5년 이내의 부동산 취득”에 대하여 취득세를 중과하는 규정이 존재하지 아니하였다가 2010.1.1. 지방세법이 개정되면서 비로소 휴면법인 인수가 취득세 중과대상으로 포함되었는 바, 이는 기존 법령에서는 중과세 배제대상이던 것이 법령 개정으로 중과 배제 혜택이 상실된 부진정소급입법이라고 할 것이므로, 개정 규정에 따른 취득세 중과는 국민의 재산권을 침해하는 것이며 신뢰보호원칙에 위배되는 부당한 처분이다. (2) 또한, 대도시 중과제외업종에 해당되는 OOO와 병원으로 사용되는 부분에 대하여는 취득세 중과가 취소되어야 할 것인 바, 쟁점부동산 취득 시점인 2011.2.1. 현재 시행중이었던 지방세법(법률 제10416호로 개정된 것) 제13조 제2항 단서는 대도시 중과제외업종에 “직접 사용할 목적으로” 부동산을 취득하는 경우에 한하여 중과대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있으나, 위 지방세법이 개정되기 전 지방세법(법률 제10221호로 개정된 것) 제13조 제2항 단서는 단지 “대통령령으로 정하는 업종의 부동산을 취득하는 경우” 중과대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있었으며, 위 지방세법(법률 제10416호로 개정된 것) 부칙 제13조는 “종전의 지방세법(법률 제10221호로 개정된 것)에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 지방세법에 따른다”라고 규정하고 있으므로, 이 건은 종전의 지방세법(법률 제10221호로 개정된 것)이 적용되어 “대통령령으로 정하는 업종의 부동산을 취득하는 경우”에 해당되기만 하면 중과대상에서 제외되는 것이고 “직접 사용” 여부는 중과제외요건이 아니라고 할 것이다. 따라서, 쟁점부동산에 대하여 부과된 취득세 중과분 중에서 대도시 중과제외업종에 해당되는 OOO와 병원으로 사용되는 부분의 중과분은 취소되어야 한다. (3) 처분청은 청구법인이 매도인OOO에게 대여의 취지로 지급한 가압류해지대금 OOO도 취득가액에 포함된다 하여 이를 신고누락액으로 취득세를 부과고지하였으나, 매매계약서에는 매도인이 취득일 이전에 설정된 가압류를 잔금일 이전까지 모두 말소할 것을 명시하고 있으며, 다만, 매도인이 자금사정으로 가압류해지대금을 지급하지 못하게 되자 원활한 소유권이전을 위하여 청구법인이 가압류해지대금을 매도인에게 대여하였던 것이고, 또한 해당 금전이 가압류해지대금으로 쓰일 것이 불확실하여 청구법인이 가압류권자에게 직접 지급을 한 것이다. 그런데, 청구법인은 이를 법인장부에 계상하면서 담당자의 착오로 대여금이 아닌 쟁점부동산의 취득가액으로 반영하였고, 이를 취득연도인 2011년 결산마감 후인 2012년 초에 인지하였지만 이미 결산마감이 끝난 뒤라 법인장부를 수정할 수 없어 결국 2012년도에 계정 분류 오류수정사항으로 반기별 결산서에 반영을 하였다. 따라서, 청구법인이 매도인에게 지급한 가압류해지대금은 취득가액에 포함되는 직간접 비용이 아니라 매도인에 대한 대여금에 불과하며, 금전대여가 부동산매매계약 당사자 간의 거래라는 사실만으로 해당 금액을 취득가액으로 보고 취득세를 부과한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 2001.11.30. 부가가치세법 시행령 제10조에 따라 폐업신고되었던 법인으로서 지방세법 제13조 제2항 제1호에 규정된 “휴면법인”에 해당되고, 청구법인의 현 대표이사인 조OOO 등이 2009.12.15. 청구법인의 발행주식 100%를 인수한 것은 대도시 내 법인 설립에 해당되는 것이며, 청구법인은 휴면법인 인수 이후 5년 이내인 2011.2.1. 쟁점부동산을 취득한 것이므로 쟁점부동산은 대도시 부동산 취득에 따른 취득세 중과 대상에 해당된다. 이에 대하여, 청구법인은 중과 요건인 휴면법인 인수에 해당되는지 여부를 해당 휴면법인의 인수행위가 법인의 신설행위에 준하는지 여부로 판단하여야 한다고 주장하나, 지방세법시행령 제27조는 취득세 중과세 대상이 되는 휴면법인의 범위를 구체적이고 명시적으로 열거하고 있으므로 휴면법인의 인수에 대하여 개별 사안에 따라 달리 해석할 여지는 없다고 할 것이다. 또한, 청구법인은 취득세 중과가 소급입법이고 신뢰보호원칙에 위배된 것으로서 부당하다고 주장하나, 취득세 중과세 납세의무 성립시기는 휴면법인 인수일이 아니라 해당 법인이 부동산을 취득하는 때이므로 취득세 중과가 소급입법이라는 청구법인의 주장은 타당하지 아니할 뿐만 아니라, 새로운 법의 시행일 전부터 계속되고 있는 사실 및 법률관계에 대하여 새로운 법을 적용하는 부진정소급입법은 원칙적으로 소급금지의 원칙에 위배되지 아니한다고 할 것이다. (2) 청구법인은, 이 건에 대하여는 종전의 지방세법(법률 제10221호로 개정된 것)이 적용되어야 하므로 “직접 사용” 여부는 중과제외요건이 아니고, 따라서, 대도시 중과제외업종에 해당되는 OOO와 병원으로 사용되는 부분은 중과분에서 제외되어야 한다고 주장하나, “종전의 지방세법”이 적용되는 범위는 2010.12.31.까지 취득하는 부동산에 한정되는 것이고, 청구법인은 쟁점부동산을 2011.2.1. 취득하였으므로 쟁점부동산에 대하여는 (구)지방세법(법률 제10416호로 개정된 것)이 적용되어야 하고, 따라서, “직접 사용”의 경우에만 중과제외에 해당된다고 할 것인데, 지방세법상 해당사업에 직접 사용한다는 것의 의미는 제3자가 아닌 부동산 소유자 자신이 그 목적사업에 사용하는 경우로 한정되는 것이므로, 쟁점부동산의 임차인들이 취득세 중과제외업종을 영위하고 있다고 하더라도 청구법인으로서는 쟁점부동산을 임대업에 사용하고 있는 이상 쟁점부동산을 취득세 중과제외업종에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없다. 따라서, OOO와 병원으로 사용되는 부분이 중과분에서 제외되어야 한다는 주장은 타당하지 아니하다. (3) 청구법인은, 이 건 가압류해지대금이 매도인에게 대여한 대여금으로서 법인장부상 이를 착오로 쟁점부동산의 취득가액으로 반영하였고, 이후 2112년도 계정분류 오류수정사항으로 반기별 결산서에 반영하였다고 주장하면서 「회계 오류 수정 분개장」을 제출하였으나, 이는 처분청의 세무조사 결과 통지 후 제출된 것으로서 청구법인이 내부적으로 얼마든지 작성이 가능한 것이므로, 이를 착오를 객관적으로 입증할 자료로 보기는 어렵다고 할 것이다. 또한, 일반적인 부동산 매매거래에서 매수인은 가압류 등의 권리관계 말소 여부를 확인하고 잔금을 지급하는 것이 통상적인 형태이므로, 청구법인이 지급한 가