쟁점부동산을 대도시 내에서 중과제외업종(자원재활용업종)에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세 중과를 제외할 수 있는지 여부

이유 경기도 OOO이 2012.11.8. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 1. 경기도 OOO의 취득에 대한 취득세 세율을 1,000분의 40으로 하여 그 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요 가. 청구법인은 지방세법 제13조 제2항에 따른 대도시(이하 “대도시”라 한다) 내인 경기도 OOO를 본점으로 하고, 폐지고철폐플라스틱용기류 및 재활용품의 수집운반, 가공처리, 가공판매업 등을 목적으로 하여 2011.7.26. 설립된 법인으로서, 법인설립 이후 5년 이내인 2012.6.29. 대도시 내인 경기도 OOO OOOO OOO OOO-O OOOO O,OOOO 외 2필지, 합계 3,971㎡(명세 (별지 1), 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 곳 지상 건축물 451.61㎡((별지 1), 이하 “쟁점건축물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 다음, 같은 날 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 지방세법 제13조 제2항의 대도시내 부동산 취득에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다가, 2012.10.15. 쟁점건축물에 대한 철거 및 멸실신고를 하고서, 향후 같은 곳에 새로운 건축물을 신축하여 대도시 중과 제외업종(이하 “중과제외업종”이라 한다)에 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 하면서 2012.10.31. 경정청구를 제기하였다. 나. 이에 대하여 처분청은 쟁점부동산이 중과제외업종에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다 하여 2012.11.8. 경정청구 거부통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.1.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 지방세법 제13조 제2항의 중과제외업종인 자원재활용업종을 사업으로 영위하는 법인인 바, 위 중과제외업종에 직접 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득하였고, 2013.1.21. 현재 쟁점건축물 철거 후 신축건축물에 대한 건축허가절차를 진행하고 있다. (2) 이에 대해 처분청은, 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 후 일정기간(2012.6.29. ~ 2012.10.14.) 이를 보유하다 멸실하였기 때문에 쟁점건축물을 중과제외업종에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 중과세율을 적용한 것은 정당하다는 입장이나, 이와 관련한 행정안전부 질의회신에서는 기존 건물 및 그 부속토지를 매수하여 기존 건물을 즉시 멸실하고 그 지상에 건물을 신축하거나, 중과대상업종에 사용하지 아니하고 중과제외업종에 직접 사용하는 경우 기존 건물등의 취득에 따른 취득세는 중과세 대상에 해당하지 아니한다고 하였고, 지방세법 제13조 제3항 제1호 가목에서는 정당한 사유없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 중과제외업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 과세관청이 실지조사를 통해 중과세율을 적용하여 과세할 수 있도록 사후 관리규정을 별도로 두고 있는 바, 청구법인이 쟁점부동산을 중과제외업종에 직접 사용하기 위하여 취득한 후 현재까지 다른 어떠한 용도로도 사용한 적이 없는 이상 이를 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 것으로 보아야 하며, 청구법인이 착오로 과다납부한 취득세는 환급되어야 한다. (3) 또한, 청구법인이 쟁점건축물 취득 즉시 이를 철거하지 못한 것은 신축건물의 건축허가시 인접토지OOO 소유주와의 다툼 때문인 바, 쟁점건축물 철거 및 신축건물의 배수로 사용에 따른 사용료 문제를 해결하기 위하여 일정기간이 경과한 것이며, 결국 인접토지 소유주로부터 사용승낙을 얻어 인접토지에 대한 매매계약을 체결하고 쟁점건축물 철거를 2012.11.23. 완료하였으며, 현재 신축건축물의 건축허가가 진행중이다. 나. 처분청 의견 (1) 기존의 철거된 건물의 취득과 장차 신축될 건물의 취득은 각각 독립된 취득행위로서 세율, 대도시 중과 등의 과세요건이 개별적으로 적용되어야 하고, 정당한 사유없이 부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 중과제외업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 대도시 중과세율이 적용되어야 한다(지방세법 제13조 제3항 제1호 가목). (2) 만약, 청구법인이 쟁점건축물을 철거멸실하지 않고 취득일부터 1년 이내에 중과제외업종에 직접 사용하였거나, 쟁점건축물과는 별도로 건축물을 신축하고서 이를 중과제외업종에 사용한 경우라면 이는 중과세 대상이 아니라고 할 것이나, 이 건의 경우, 쟁점건축물은 그 취득 후 1년이 경과하기 전에 철거멸실되었고, 쟁점건축물이 철거멸실될 때까지 청구법인이 쟁점건축물을 중과제외업종에 직접 사용하지 아니한 이상, 쟁점부동산은 지방세법 제13조 제3항 제1호 가목에 규정된 중과제외업종에 직접 사용해야 하는 유예기간(1년)을 충족하지 못한 것으로서 중과제외업종에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다. (3) 청구법인이 행정안전부에 질의한 사항에 대하여 경기도가 회신한 내용도 “취득하여 즉시 멸실하고 그 지상에 건물을 신축하는 경우”라는 조건으로 기존 건물 등의 취득이 취득세 중과세에 해당되지 아니한다는 것인 바, 비록 청구법인이 쟁점건축물의 취득 후 즉시 철거를 하지 못한 사유가 인접토지 소유주들과의 다툼을 해결하는 데 일정한 시간을 소요한 점에 있다고 하더라도, 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 후 약 5개월이라는 기간이 지난 후에 이를 철거하였다는 것은 일단 쟁점건축물이 기존 용도대로 계속 사용되어질 것을 전제로 할 수밖에 없으므로, 이 건이 “취득하여 즉시 멸실하고 그 지상에 건물을 신축하는 경우”에 해당된다고 보기 어렵다고 할 것이고, 또한, 과세형평의 원칙상 기존 건물을 철거하고 중과제외업종에 사용하기 위한 건물을 신축할 예정으로 쟁점부동산을 취득한 것이라는 사정만으로는 이를 건물이 없는 토지나 적어도 건물이 철거 중에 있는 토지를 취득하는 경우와 동일하게 볼 수는 없다고 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 대도시 중과제외업종에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부 나. 관련법령((별지 2)에 기재) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2011.7.26. 대도시 내인 경기도 OOO를 본점으로 하고(2012.3.31. 본점 소재지를 쟁점토지로 변경), 지방세법 제13조 제2항의 중과제외업종인 “폐지, 고철 폐플라스틱용기류 및 재활용품의 수집운반, 가공처리, 가공판매업 등”을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다(청구법인의 「등기사항전부증명서」, 「사업자등록증」). (2) 청구법인은 2012.6.29. 대도시 내에 소재한 쟁점토지와 그 지상의 쟁점건축물을 매매로 취득한 다음(「부동산매매계약서」), 같은 날 대도시내 부동산 취득에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고납부하였다가, 쟁점부동산은 중과제외업종을 영위하기 위하여 취득한 부동산임에도 착오로 중과세율을 적용하여 취득세 등을 신고납부하였다고 하면서 2012.10.31. 경정청구를 제기하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점부동산이 중과제외업종에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다 하여 2012.11.8. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다. (3) 청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시 건축물대장상의 용도는 “근린생활시설(골프연습장)”인 것으로 나타나며[쟁점건축물의 「(말소)건축물대장」], 처분청 소속 세무공무원이 2012.10.8. 현지출장하여 작성한 「출장복명서(지영동 413-2)」에 의하면 쟁점건축물은 골프연습장으로 사용하던 건물로 출장일 현재 영업을 하지 않고 있으며, 청구법인이 어떤 용도로든 사용하는 흔적은 보이지 아니한다고 기재되어 있다. (4) 쟁점부동산의 「매매계약서(2012.3.13.)」에는 “청구법인은 쟁점토지를 분뇨 및 폐기물 처리시설 용도로 개발할 예정”이라고 기재되어 있다. (5) 청구법인은 2012.10.12. 처분청에 쟁점건축물에 대한 철거신고서를 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 2012.10.15. 「건축물철거멸실신고필증」을 교부하였으며, 쟁점건축물의 「건축물대장」은 2012.11.13. 직권말소OOO되었다. (6) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제13조 제2항은 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우 그 취득세는 같은 법 제11조에 규정된 일반세율을 적용하도록 규정하고 있는 바, 쟁점부동산 취득 당시 청구법인이 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 이를 취득한 것인지에 대하여 본다. (나) 먼저 쟁점건축물에 대하