① 이 건 심판청구 중 일부가 적법한지 여부

이유 1. 청구인이 2009.5.29.～2010.12.31. 취득한 OOOO OOO OOO OOO OO O O,OOOOO OO O,OOO,OOOO에 대하여 처분청에 신고납부한 농어촌특별세 합계 OOO에 대한 심판청구는 이를 각하한다. 2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 개발계획 변경고시에 따라 사업시행자의 자격으로 OOOO OOO OOO OOO OO O O,OOOOO OO O,OOO,OOOO를 2009년 5월 ～ 2011년 1월 사이에 순차적으로 취득하고, 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산업단지 조성에 따른 취득세 및 등록세 감면세액에 해당하는 농어촌특별세를 처분청에 각각 신고납부하였다. 나. 그 후, 청구법인은 위 취득 토지 중 국가지방자치단체에 무상으로 귀속되는 토지 781,210㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 구 「농어촌특별세법」(2010.12.30 법률 제10422호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 규정에 따라 농어촌특별세가 비과세되는 것이라 하여 이 건 부동산의 취득세 감면분에 해당하는 농어촌특별세 OOO과 등록세 감면분에 해당하는 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 환급하여야 한다고 주장하며 2012.7.17. 처분청에 경청청구를 하였으며, 처분청은 2012.9.6. 이유가 없다는 뜻을 청구법인에게 통보하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 한 경정청구는 「지방세기본법」에 의한 청구이기는 하나, 지방세가 아닌 농어촌특별세의 환급을 구하는 처분의 신청이라는 점에서 일종의 이의신청에 해당한다고 할 것이고, 「국세기본법」에서 이미 경정청구제도가 시행되고 있으므로, 이 건 부동산 중 2011년 이전에 취득한 토지의 경정청구 거부처분에 대하여 90일 이내에 이 건 심판청구를 제기한 것은 적법하다고 하겠다. (2) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하면서 농어촌특별세를 우선 납부한 후에 개별토지에 대한 공공시설의 용도별 세부내역을 산정하여 공공시설의 면적에 대해서는 환급을 신청하고 있으며, 2008.12.3. 이 건 산업단지 개발계획고시에서 무상귀속 토지의 위치와 면적이 특정됨에 따라 2009.3.26. 보상계획공고OOO를 하여 2009년 5월부터 토지보상에 착수하였고, 이 건 산업단지의 실시계획 승인고시(2011.2.10.) 전인 2010년 5월 경에 OOO에 실시계획승인 신청을 하면서 무상귀속과 대체에 관한 계획도 첨부하여 무상귀속예정 토지의 대부분이 실시계획승인 시 무상귀속 토지로 인정되었는바, 청구법인의 사업은 국가산업단지 조성사업으로서 관련법에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 농어촌특별세가 비과세되므로, 처분청에서 이 건 산업단지 실시계획승인 고시일 이후 취득한 토지에 대하여만 기부채납용 토지로 보아 농어촌특별세를 환급하는 것은 공익사업에 대한 국가경쟁력 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위한다는 취지에 반하는 것으로, 이 건 부동산에 대한 농어촌특별세를 환급하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 처분청에 2009.5.29.～2011.1.21. 이 건 부동산의 취득신고 후 농어촌특별세를 납부하였으므로 이 건 부동산 중에서 2009.5.29.～2010.12.31. 사이에 취득한 것에 대하여 불복하여 심판청구를 제기하고자 하였다면 각각 취득신고일부터 90일 이내에 제기하였어야 함에도 90일을 경과하여 제기하였으므로 각하대상이라 하겠다. (2) 이 건 부동산 중 2011년도에 취득한 토지에 대하여 살펴보면, 2012.4.16. 행정안전부장관 질의회신에서 산업단지개발실시계획 승인·고시일 이후에 취득하는 부동산만이 취득세 등의 비과세대상이 되는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 해당한다고 회신한 바 있으며, 청구법인의 경우, 2011.2.10. 이 건 산업단지개발실시계획 승인고시OOO가 있었고, 이 건 부동산은 위 실시계획 승인고시일 이전인 2009.5.29.～2011.1.21. 사이에 취득하였으므로, 이 건 부동산 중 2011년도에 취득한 부동산은 구「지방세법」(2010.12.27 법률 제10416호 개정되기 전의 것) 제106조 제2항 및 제126조 제2항에서 규정하는 취득세 및 등록세 비과세 대상이 되는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당되지 아니하므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 2011.1.1. 경정청구 제도 시행 이전에 취득한 토지에 대하여 신고납부한 농어촌특별세의 불복청구기간 경과 여부 ② 산업단지실시계획승인고시일 이전에 취득등기한 토지에 대하여 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득등기하는 것으로 보아 농어촌특별세를 비과세하는 것이 타당한지 여부 나. 관련법령 (1) 구 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제72조(청구대상) ① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다. ⑤ 제72조 제1항에 따른 심판청구에 관하여 이 법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」제7장 제3절의 규정을 준용한다. 제74조 (심사청구 및 심판청구) ③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세에 있어서는 조세심판원장에게 심판청구를, 시·군세에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다. 제106조(국가 등에 대한 비과세) ② 국가지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(寄附採納)(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 제126조(국가 등에 대한 비과세) ② 국가지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 제276조(산업단지 등에 대한 감면) ③「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 「산업기술단지지원에 관한 특례법」에 의한 사업시행자 및 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정하는 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 사업시행자가 산업단지산업기술단지벤처기업집적시설 또는 신기술창업집단지역을 개발조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.(이하 생략) (2) 지방세법(2010.12.27. 법률 제10416호로 개정된 것) 제9조(비과세 등) ② 국가지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(寄附採納)(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. (3) 구 농어촌특별세법(2010.12.30 법률 제10422호로 개정되기 전의 것) 제4조(비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것 제7조(신고·납부 등) ① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. (4) 구 농어촌특별세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제4조(비과세) ⑥ 법 제4조 제12호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다. 5.「지방세법」제106조 제2항, 제107조 제1호제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, (이하 중간생략)의 규정에 의한 감면 제9조 (불복) 지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 「지방세법」의 예에 의한다. 다만, 지방자치단체의 심사결정에 불복이 있는 경우에는 조세심판원에 심판청구를