(1) 이 건 심판청구가 적법한지 여부

이유 서울특별시 OOO구청장이 2012.11.22. 청구법인에게 한 서울특별시 OOO 및 법인설립 등기에 따른 등록세 중과세 대상이 아니어서 과다 납부한 등록세액을 환급해 달라는 경정청구 거부처분 중 1. 청구법인이 2010.11.29. 신고납부한 법인설립 등기에 따른 등록세와 관련된 심판청구는 이를 각하하고, 2. 2010.11.26. 법인분할로 인해 취득한 서울특별시 OOO에 대한 등록세율을 15/1000의 3배 중과세율 적용하여 그 세액을 경정하며, 3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 소재 주식회사 OOO로부터 서울특별시 OOO에 2010.11.26. 법인분할로 인해 기존 분할법인 서울지점의 자산부채를 포괄승계 받아 쟁점부동산 소재지를 본점으로 하여 부동산 매매 및 임대업 등을 영위하는 분할신설법인으로서, 2010.12.14. 처분청으로부터 구 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10461호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항 제10호 및 같은 법 제120조 제1항 제9호 규정에 의거 쟁점부동산에 대한 취득세 및 등록세를 100% 감면받았다. 나. 2011.12.28. 분할법인의 주주 이OOO 외 2인은 분할신설법인으로부터 받은 주식 86,925주를 청구법인의 주주인 박OOO에게 유상으로 처분함에 따라 청구법인은 “분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 주식을 그 받은 날로부터 3년 내에 처분하면 당초 감면받은 취득세 및 등록세를 추징” 하도록 규정한 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호 및같은 법 제120조 제1항 제9호 단서 조항에 의거 과세표준 OOO으로 하여 취득세(농어촌특별세 포함) OOO 및 등록세OOO, 합계 OOO을 2012.1.30. 신고납부하였다. 다. 한편, 청구법인은 2010.12.2. 분할신설법인 설립등기 당시 구 지방세법(2010.6.8. 법률 제10361호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항 규정에 의한 3배 중과세율이 적용되는 것으로 보아 법인등기 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2010.11.29. 신고납부하였다. 라. 이후, 2012.10.4. 청구법인은 구 지방세법 시행령 제102조제6항과 구 조세특례제한법 제119조제1항 후단 조항에 의거 쟁점부동산 및 법인설립 등기에 따른 등록세 중과세 대상이 아니라고 주장하면서 처분청에 과다 납부한 등록세액 OOO을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2012.11.22. 이를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 ( 주위적 청구 ) (1) 구 지방세법 시행령 제102조제6항 규정에 의하면, “분할등기일 현재 5년이상 계속사업을 영위한 대도시내 내국법인이 법인의 분할(적격분할의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있으므로 청구법인은 분할등기일 현재 5년이상 사업을 영위한 부산의 본점법인(설립후 5년 경과)과 서울의 지점법인(설치후 5년경과)을 둔 기존 내국법인이 분할에 의하여 부산에 본점을 둔 내국법인을 분할법인로, 서울의 지점을 둔 기존 내국법인을 분할신설법인으로 설립등기하므로써 대도시내에 새로이 법인이 설립되었지만 사실상 종전 서울지점의 일부가 분할되어 계속 본점법인으로 존속하는 것으로 새로운 법인의 설립도 아니고 대도시외의 내국법인이 대도시내로 전입한 것도 아닌 기존 OOO법인이 분할되면서 형태만 본점으로 바꾸어 등기한 것에 불과하므로 등록세 중과세 입법목적(대도시의 인구집중 억제)과 기존 법인과의 형평성에 비추어 볼 때 이러한 법인이 취득하는 부동산 및 법인설립 등기에 대하여 등록세를 중과하는 것은 부당하다. (2) 또한, 구 조세특례제한법 제119조제1항에서는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 구 지방세법 제138조제1항에 의한 세율을 적용하지 아니한다”하고 규정하면서, 제10호는 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우 설립당시 법인세법 제46조제2항 각 호의 요건에 갖춰 적법하게 분할되어 설립된 이상 청구법인이 취득한 부동산 등기에 따른 등록세 중과세율은 적용되지 아니할 뿐만 아니라 감면받은 세액 또한 중과세로 감면을 받지 아니한 일반세율로 감면받았다고 보아야 할 것이다. 여기서, 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제10호에서 법인분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기라 함은 법인설립등기 뿐만 아니라 부동산 등기까지 포함OOO한다고 할 것이다. (3) 한편, 등록면허세율에 있어서도 법인 인적분할로 인하여 취득하는 부동산의 등기의 경우 유상승계취득에 따른 등록세율 2%가 아닌 무상승계취득에 따른 세율 1.5%를 적용하여야 하고OOO, 법인등기 세율은 4/1,000가 아닌 기타등기 세율OOO이 적용되어야 한다OOO. ( 예비적 청구 ) 구 조세특례제한법 제119조제1항에 의하면, “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 구 지방세법 제138조제1항에 의한 세율을 적용하지 아니한다”하고 하면서, 제10호는 “법인세법 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만 법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 감면받은 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있는 바, 여기서 법인세 제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 분할이란 제1호(사업목적의 분할), 제2호(지분의 연속성), 제3호(사업의 계속성)의 사유가 모두 충족하는 경우를 말한다. 따라서, 감면받은 등록세가 추징되는 ‘법인세법 제46조의3제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우’도 ‘각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우’와는 구별되어야 하므로 제1호(사업의 폐지, 청구법인 : 해당없음), 제2호(주식의 처분, 청구법인 : 해당) 중 어느 하나의 사유가 발생하는 것만으로는 감면받은 등록세를 추징할 수 없다. 나. 처분청 의견 ( 원처분청(서울특별시 OOO구청장) ) (1) 지방세법과 조세특례제한법 등에 의하여 감면되는 경우에 그 면제요건을 갖추지 못하여 추징할 때에는 해당 법규에 의하여 중과세 대상법인이 된다고 할 때 그 세액은 중과세율로 추징해야 할 것이며, 일부 경감하는 경우에도 그 납부세액은 중과세액에서 경감비율을 적용하여 산출하는 것이 대도시내에서의 법인설립이나 그에 따른 부동산 등기에 관하여는 일반세율의 3배를 중과하도록 규정한 구 지방세법 제138조제1항 등 관계법규와 그 입법취지에 합당하다 할 것이다OOO. 이러한 법리에 비추어 보면, 청구법인은 OOO 소재 분할법인의 부동산 임대부분이 분할되면서 서울특별시 OOO에 설립되고 법인설립에 따른 부동산 등기를 한 것이고, 이는 대도시외의 법인이 대도시내에 새로이 본점을 설립하고 부동산을 등기한 경우이므로 구 지방세