OOO가 구판사업 등에 사용하는 부동산에 대한 취득세 등 감면 여부

이유 처분청이 2009.9.25. 청구법인에게 한 취득세 313,521,540원, 농어촌특별세 31,352,150원, 등록세 125,408,620원, 지방교육세 25,081,720원, 합계 495,364,030원의 부과처분 중에서 청구법인이 구판사업을 위하여 사용하는 OOO 부분에 대하여는 그 사용면적과 공용부분에 대하여 취득세와 등록세의 경감율을 100분의 75로 하여 경정하고, 청구법인이 회원의 교육·지도·지원사업에 사용하고 있는 2층 도서관 및 4층 강당부분에 대하여는 목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아 그 사용면적과 공용부분에 대하여 취득세와 등록세의 경감율을 100분의 50으로 하여 경정한다. 1. 처분 개요 가. 청구법인은 2009.8.28. OOO 건축물(지하 2층, 지상 5층, 연면적 12,065.62㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득하고, 이 건 건축물 중 지하 1층(OOO 판매제조시설) 및 지상 2층(OOO 사무실) 부분 건축물(OOO과 OOO 사무실을 합하여이 건 OOO이라 한다)에 대하여는「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제3항 및「OOO 감면조례」제10조의2 제2항 규정에 의하여 판매시설에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2009.9.18. 취득세 및 등록세를 75% 감면신청하였고, 이 건 건축물 중 지하 2층(은행문서고), 지상 1층(은행객장) 및 지상 4층(대강당) 부분 건축물에 대하여는「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제4항 제2호 감면규정에 의하여 업무시설(금융업소)인 신용사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2009.9.18. 취득세 및 등록세를 25% 감면신청하였다. 나. 처분청이 이 건 건축물 중 지상 1층 금융업소(은행객장)에 대하여는 신용사업용부동산으로 보아 취득세 등 25%를 감면하고, 나머지 건축물에 대하여는 취득세 등의 감면사유에 해당하지 않는 부동산으로 보아 감면신청을 반려하자, 청구법인은 그 취득가액(16,353,241,915원)을 과세표준으로 하고「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 313,521,540원, 농어촌특별세 31,352,150원, 등록세 125,408,620원, 지방교육세 25,081,720원, 합계 495,364,030원을 2009.9.25. 신고납부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO에게 2009.10.30. 이의신청을 하여 2010.1.21. 기각결정 통지를 받고 2010.4.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1)「지방세법」제266조 제3항에서 농업협동조합중앙회(이하농협중앙회라 한다)가 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감한다라고 규정하고 있고,「OOO 감면조례」제10조의2에서는 구판사업 등의 부동산의 범위에 대하여 구매판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물 내지 보관 가공무역 및 그 부속사업용 토지와 건축물이라 하여 감면대상으로 규정하고 있으며, 농업협동조합에 대한 지방세 감면대상은「지방세법」제266조 제5항에서 개별 법령 또는 법인등기부에서 정한 업무에 직접 사용하는 부동산으로 규정하고 있어, OOO에 대해서는 고유업무용일 것을 감면요건으로 하고 있지 아니하여 조합과 OOO에 대한 지방세법상 감면대상이 동일하지 아니하다. (2) OOO의 구판사업에 대한 감면여부는「지방세법」제266조 제3항 및 지방자치단체의 조례에서 규정하고 있는 구판사업의 범위를 기준으로 판단하여야 하는 것이지, 조합의 감면요건인 고유업무용 부동산인지 여부를 기준으로 판단해서는 아니되고, OOO는 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(지역 농협축협) 등 법인을 그 회원으로 하는 연합회적 성격을 갖는 조직으로서 전체 농업인의 농산물 유통의 활성화 및 농산물 판로의 개척 등의 사업을 수행할 수 있는 농업협동조합법상 유일한 조직이라는 점과 OOO가 사업의 수행으로 발생하는 수익의 대부분은 회원인 조합과 농업인의 발전을 위해 사용되어 진다는 점 등에 비추어 보면 취득세와 등록세 등이 경감되는 OOO의 구판사업은 비회원 등의 이용이 제한되는 고유업무인 농업협동조합법상의 구매판매 사업과 같은 것으로 볼 수 없다. (3) 처분청이 감면 거부 근거로 제시한 구 행정자치부 심사결정례(제2006-469호, 2006.10.30.)는 농업협동조합법에 의한 조합(지역농·축협)에 대한 결정례로서, 동 심사결정례를 OOO에 적용하는 것은「지방세법」및「농업협동조합법」의 법리를 잘못 적용한 것이고, 조합(지역 농협축협)이 운영하는 OOO 등 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대한 취득세 등 지방세 감면은「지방세법」제266조 제5항을 적용하여야 하고, OOO가 운영하는 OOO은 구판사업 등의 범위 등을 규정하고 있는「지방세법」제266조 제3항에 의하여 감면여부를 판단하여야 하나, 처분청에서는 청구법인이 운영하는 OOO은 조합원비조합원 구분없이 불특정다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없으므로 고유업무에 직접 사용되는 부동산으로 볼 수 없다 하여 감면거부 결정을 하였으나, 이는 OOO가 운영하는 OOO과 조합이 운영하는 OOO의 지방세 감면 조문 및 감면 취지, 운영형태 등을 간과한 사안으로 이 건과는 본질적으로 다른 구 행정자치부 심사결정례를 그대로 원용할 수 없음이 명백하다 할 것이고, OOO가 운영중인 OOO은 지역 관내 조합원을 위한 판매장인 조합의 OOO 사업과 달리 회원이 생산한 농축산물을 취합하여 전국적인 소비지 유통망을 통해 판매하는 사업으로 전국을 그 사업 영역으로 하고 있으며,「지방세법」에서도 OOO의 특수성과 공공성을 인정하여, OOO의 경제사업을 지원하기 위해 고유업무라는 용어 대신 구판사업 등이라고 하여 그 사업의 자율적인 운영을 조합 보다 폭넓게 보장하고 있으므로, OOO가 운영하는 OOO에 대해서는「지방세법」제266조 제3항을 적용하여 지방자치단체의 조례가 정하는 구판사업의 범위에 해당하는지 여부만을 가지고 취득세 등 감면여부를 판단하여야 한다. (4) 처분청의 주장과 같이 이 건 OOO에 대하여 사업이용량 기준으로 지방세 감면대상 여부를 판단하는 경우, OOO의 판매사업장으로 회원(농업인 포함) 외 일반사업자로부터 농·축산물 매입실적이 전체 매입량의 3분의 1을 초과하는지 여부로 판단해야 할 것이므로 OOO의 판매사업은 회원의 조합원인 농업인이 생산한 농산물을 매입하여 일반인에게 판매하는 사업으로 판매사업 해당여부는 회원(농업인 포함)으로부터 농·축산물(제조, 가공품 포함) 등을 매입한 실적을 기준으로 OOO의 전체 매입액 중 비회원으로부터의 매입량이 3분의 1를 초과하는지 여부로 판단하여야 한다. (5) 청구법인의 2010회계연도 농·축산물 총 매입량액 2,585,723,027원 중 회원 등으로부터 매입한 실적이 2,087,033,008원으로 전체 매입액의 80.7%, 비농업인으로부터 매입한 실적은 19.3%로서, 이 건 OOO의 경우에도 전체 개장 후 현재까지 2개년간 전체 구입액 중 80% 이상을 회원(농업인 포함)으로부터 구입하고 있어 비회원의 사업이용량 초과는 없으므로 OOO의 목적사업인 판매사업 성립요건을 충족하고 있고, 이 건 OOO의 2010사업연도 총 매입액 4,888백만원 중 농·축산물 매입액은 2,586 백만원으로 52.9%를 차지하고 있으며, 총매출액 7,956백만원 중 농·축산물은 3,433백만원으로 전체매출액의 43.1%를 차지하는 등 개점 이후 농·축산물 취급비중이 꾸준히 늘고 있는 추세로 농업인의 안정적인 판로 확보 및 농가 소득증대를 주된 기능으로 하고 있는 농·축산물판매장임을 알 수 있다. 그럼에도 불구하고, 처분청의 의견대로 OOO의 구판사업용 부동산에 대하여 지방세 감면요건을 사업이용량 기준으로 판단하여야 한다면, 사업이용량 계산방법은 OOO 정관 제4조 및 제113조에 의해 특정사업장의 일정기간이 아닌 OOO 전체의 1회계연도 (1.1.～12.31.) 기간에 사업 종류별 비회원(비농업인) 사업이용 초과 여부를 판단함이 타당하므로, OOO가 2009년도 및 2010년도에 회원에게 비료, 농약, 유류, 농기계, 생활물자, 생필품 등을 공급한 구매사업 비율이 80.2%, 79.1%로 대부분을 회원들에게 공급하고 있어 구매사업의 경우에도 비회원의 이용량 제한규정(연간 3분의 1 이내)에 현저하게 미달하고, 청구법인의 구판사업은 OOO 정관 제113조의 비회원 이용량 제한 규정(연간 1/3 이내)에도 저촉되지 아니하므로, 청구법인의 이 건 OOO도 구판사업에 직접 사용하고 있는 부동산으로서<a href='#' onclick="LawRef('지방세법