물류단지 내 주차장 부지와 공공용지(녹지)가 재산세 별도합산과세대상인 물류단지시설용 토지인지 여부(경정)

이유 1. 처분청이 2009.9.14. 청구법인에게 한 재산세 63,216,080원, 지방교육세 12,643,210원, 합계 75,859,290원의 부과처분은 주차장 부지 중 물류단지 내 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지는 별도합산과세대상으로 구분하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 2. 처분청이 2009.9.16. 청구법인에게 한 2006년도분 재산세 415,970원, 지방교육세 83,190원, 합계 499,160원의 부과처분과 2007년도 과오납금 환부분 재산세 12,430,890원, 지방교육세 2,486,180원, 합계 14,917,070원과 2008년도 과오납금 환부분 재산세 18,470,190원, 지방교육세 3,694,020원, 합계 22,164,210원은 주차장 부지 중 물류단지 내 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지에 대하여는 별도합산과세대상으로 구분하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 3. 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분 개요 가. 처분청은 청구법인 소유의 OOO OOO OOO OOOOO 외 4필지 토지 265,500㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 당초 2006년도에는 별도합산과세대상 132,750㎡와 감면대상 132,750㎡로 과세유형을 분류하여 재산세 등 2,152,160원을, 2007년도에는 별도합산과세대상 231,163.91㎡와 감면대상 22,567.50㎡로 과세유형을 분류하여 재산세 등 48,491,400원을, 2008년도에는 별도합산과세대상 231,163.91㎡와 감면대상 22,567.50㎡로 과세유형을 분류하여 재산세 등 72,737,100원을 부과고지 하였다가 그 후 이 건 토지 과세유형 분류에 잘못이 있다고 판단하고 2006년도분은 별도합산과대상 57,515.29㎡, 종합합산과세대상 75,234.71㎡, 감면대상 132,750㎡로 재분류하여 산출한 세액(재산세 등 2,651,320원)에서 이미 납부한 세액을 차감한 재산세 등(441,880원)으로, 2007년도분은 별도합산과세대상 101,277.72㎡, 종합합산과세대상 72,481.29㎡, 감면대상 43,114.39㎡, 비과세대상 36,858.01㎡로 재분류하여 산출한 세액(재산세 등 33,574,330원)에서 이미 납부한 세액을 차감한 재산세 등(과오납금 14,917,060원)으로, 2008년도분은 별도합산과세대상 105,296.24㎡, 종합합산과세대상 68,470.14㎡, 감면대상 43,107.03㎡, 비과세대상 36,858.01㎡로 재분류하여 산출한 세액(재산세 등 50,572,880원)에서 이미 납부한 세액을 차감한 재산세 등(과오납금 22,164,220원)으로 하여 2009.9.16. 청구법인에게 부과고지 하였다. 나. 한편, 2009년도에는 이 건 토지의 과세유형을 별도합산과세대상 105,296.24㎡, 종합합산과세대상 68,470.14㎡, 감면대상 43,107.03㎡, 비과세대상 36,858.01㎡로 하여 분류하여 산출한 재산세 등 75,859,290원을 2009.9.14. 청구법인에게 부과고지 하였다(상세내역 아래 표 참조). 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.11. 심판청구를 제기하였다. (표) 각 연도별 재산세 등 과세내역 현황 구 분 산 출 세 액(원) 합계 재산세 지방교육세 2006 당 초 2,152,160 1,793,470 358,690 변 경 2,651,320 2,209,440 441,880 차 액 499,160 415,970 83,190 2007 당 초 48,491,400 40,409,500 8,081,900 변 경 33,574,330 27,978,610 5,595,720 차 액 - 14,917,070 - 12,430,890 - 2,486,180 2008 당 초 72,737,090 60,614,250 12,122,840 변 경 50,572,880 42,144,060 8,428,820 차 액 - 22,164,210 - 18,470,190 - 3,694,020 2009 정 당 75,859,290 63,216,080 12,643,210 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 (O)OOOO (O)OOOOOOOO, OO OOOOOOO OOOOOOOO OOOOO 사이의 합작법인 설립계약에 따라 설립되어 의류 및 생활필수품 판매업 등을 목적사업으로 하는 사업자로서 2007.5.22. 이 건 토지상에 「유통산업발전법」 제2조 및 제8조 규정에 의한 대규모점포(쇼핑센터)를 개설 등록하였음에도, 처분청은 이 건 토지에 대하여 2009년도 재산세를 과세함에 있어 토지이용계획표상 물류시설용지와 지원시설용지가 구분되어 있을뿐더러 도로를 사이에 두고 분리되어 있다는 이유로 종합합산과세대상으로 구분하면서, 다만 지원시설용지 중 주차장의 경우 부설주차장 설치기준에 따른 기준면적(2,553㎡)과 일부 건축물(변전소, 양수장, 주유소)의 부속토지(7,353㎡)에 대해서는 별도합산과세대상으로 구분하였고, 물류단지 준공 이후에 기부채납 예정으로 있던 공공시설용지 중 녹지(81,140㎡) 또한 별도합산과세대상이 아닌 종합합산과세대상으로 구분한 후 「지방세법」 제280조 제5항의 규정을 적용하여 물류단지 내 시설(상류시설 및 물류시설)의 사용(직접 사용 및 임대)비율에 따라 상류시설 및 물류시설용지, 지원시설용지를 안분하여 직접 사용분(3.6%)은 재산세의 100분의 50을 경감하였으나 임대분(96.4%)은 재산세의 경감대상에서 배제하였으며, 공공시설용지에 대해서도 직접 사용하는 부분을 안분하여 해당 면적에 대하여만 재산세의 100분의 50을 경감하였으며, 당초 2006년도분은 물류단지 전체 부지(265,500㎡)를 별도합산과세대상으로 구분한 후 물류단지개발사업시행자인 청구법인이 물류단지를 개발하기 위하여 취득한 토지로 보아 재산세의 100분의 50을 경감하였고, 준공인가 전 사용허가(2007.4.16.) 이후인 2007년도분 및 2008년도분에 대해서는 물류단지 전체 부지(253,731.10㎡) 중 도로(22,567.50㎡) 부분은 비과세한 후 나머지 토지(231,163.60㎡)에 대하여는 재산세의 100분의 50 경감없이 별도합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 과세하였다가 2009년도분 재산세 과세시점에 그 기준을 변경하여 실시계획상의 토지이용계획 및 토지이용현황에 따라 2006년2007년2008년도분에 대해서도 2009년도분 과세기준과 동일한 기준을 적용하여 재산세 등을 경정하여 부과고지하였는바, 물류단지개발사업과 관련된 토지가 그 이용계획상 물류시설용지, 지원시설용지, 공공시설용지로 구분되어 있다고 하여 이를 각각 별개의 개발사업 내지는 조성사업으로 보고 재산세 과세대상을 각각 구분한 것은 물류산업의 발전을 촉진하고 국토의 균형발전을 위하여 제정된 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」과 이에 대하여 세제혜택을 주고 있는 「지방세법」상의 입법취지에 부합되지 아니할 뿐만 아니라 건축물의 부속토지에 대한 해석 및 조세형평에도 위배된다 하겠으므로, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따라 개발된 이 건 물류단지의 특성, 물류시설과 지원시설의 관계, 지원시설용지의 실제 이용현황 등을 살펴보고 종합적으로 판단하여야 할 것이다. 첫째, 지원시설용지의 경우 「지방세법 시행령」 제131조의2 제1항 제2호에서는 건축물의 부속토지 중 골프장용 토지 등을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제131조 제1항 및 제2항에서는 도시지역 이외에 건축물이 있는 경우에는 그 건축물 바닥면적의 7배 범위안의 토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있으며, 위 규정에서 건축물의 부속토지라 함은 공부상이나 건축허가상 건축물의 부지로 되어 있는 토지를 말하는 것이 아니라 당해 건축물과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 건축물 용도에 따른 토지의 객관적 이용현황에 따라 결정