농지보전부담금 부과처분 취소청구

1. 사건개요 청구인은 청구외 OOO(이하 ‘OOO’이라 한다)과 함께 OO시 OO동 00번지 토지 및 지상 건축물 2동(이하 각 ‘이 사건 토지’, ‘이 사건 건축물’이라 한다)에 관하여 2018. 11. 8. 청구외 △△(이하 ‘△△’이라 한다)과 매매계약을 체결하고 같은 해 12. 4. 이 사건 토지와 이 사건 건축물의 각 2분의 1 지분에 관한 소유권이전등기를 마친 소유자이다. 피청구인은 청구인이 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 농지를 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자에 해당한다는 이유로 농지보전부담금 부과처분 사전통지를 한 후, 한국농어촌공사에게 농지보전부담금 86,750,000원 부과결정을 통보하였고, 이에 한국농어촌공사는 2023. 6. 5. 청구인에게 농지보전부담금 86,750,000원 납부통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 2. 이 사건 처분의 위법·부당 여부 가. 관계법령 【건축법】 제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다. <개정 2014. 1. 14.> ③ 제1항에 따라 허가를 받으려는 자는 허가신청서에 국토교통부령으로 정하는 설계도서와 제5항 각 호에 따른 허가 등을 받거나 신고를 하기 위하여 관계 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 국토교통부장관이 관계 행정기관의 장과 협의하여 국토교통부령으로 정하는 신청서 및 구비서류는 제21조에 따른 착공신고 전까지 제출할 수 있다. <개정 2013. 3. 23., 2015. 5. 18.> ⑤ 제1항에 따른 건축허가를 받으면 다음 각 호의 허가 등을 받거나 신고를 한 것으로 보며, 공장건축물의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조의2와 제14조에 따라 관련 법률의 인ㆍ허가등이나 허가등을 받은 것으로 본다. <개정 2009. 6. 9., 2010. 5. 31., 2011. 5. 30., 2014. 1. 14., 2017. 1. 17., 2020. 3. 31.> 7. 「농지법」 제34조, 제35조 및 제43조에 따른 농지전용허가ㆍ신고 및 협의 ⑥ 허가권자는 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 다른 행정기관의 권한에 속하면 그 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 협의 요청을 받은 관계 행정기관의 장은 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 제8항에 따른 처리기준이 아닌 사유를 이유로 협의를 거부할 수 없고, 협의 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다. <개정 2017. 1. 17.> 【농지법】 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다. 이하 같다)를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 5. 27., 2013. 3. 23., 2023. 8. 16.> <각 호 생략> 제35조(농지전용신고) ① 농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설의 부지로 전용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2009. 5. 27., 2012. 1. 17.> 1. 농업인 주택, 어업인 주택, 농축산업용 시설(제2조제1호나목에 따른 개량시설과 농축산물 생산시설은 제외한다), 농수산물 유통ㆍ가공 시설 제38조(농지보전부담금) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다. <개정 2009. 5. 27.> 1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자 ④ 농지를 전용하려는 자는 제1항 또는 제2항에 따른 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 농지전용허가ㆍ농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다) 전까지 납부하여야 한다. <신설 2015. 1. 20.> ⑥ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2015. 1. 20.> 3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 제40조(용도변경의 승인) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 절차를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장의 승인을 받아야 한다. 1. 제34조제1항에 따른 농지전용허가 ② 제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다. 제51조(권한의 위임과 위탁 등) ③ 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제35조에 따라 농지관리기금의 운용ㆍ관리업무를 위탁받은 자에게 제38조제1항 및 제40조제2항에 따른 농지보전부담금 수납 업무를 대행하게 할 수 있다. <개정 2008. 2. 29., 2008. 12. 29., 2013. 3. 23.> 【농지법 시행령】 제45조(전용허가 등과 농지보전부담금의 납부) ① 농림축산식품부장관이나 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 법 제34조ㆍ법 제35조 및 법 제43조에 따라 농지전용의 허가 또는 농지전용의 신고수리를 하려는 때에는 법 제38조제1항에 따른 농지보전부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)의 전부 또는 일부를 미리 납부하게 하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2016. 1. 19.> ② 법 제38조제1항제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 농지보전부담금의 납부대상이 되는 농지의 전용이 수반되는 인가ㆍ허가ㆍ승인ㆍ신고 수리 등(이하 이 항 및 제46조제1항에서 “인가등”이라 한다)을 하려는 관계 행정기관의 장은 농지보전부담금이 납부되었는지 확인한 후 인가등을 하여야 한다. <개정 2016. 1. 19.> 제46조(농지전용허가 등의 통지) ① 제45조제2항에 따라 인가등을 하려는 관계 행정기관의 장은 인가등의 신청이 있은 때에는 지체 없이 그 사실을 농림축산식품부장관(제71조제1항제5호 및 같은 조 제2항제4호에 따라 농지보전부담금의 부과ㆍ징수 등에 관한 권한을 위임받은 자를 포함한다) 및 해당 농지의 관할 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 통보하여야 한다. <개정 2016. 1. 19.> ② 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제45조제1항에 따라 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 미리 납부하게 하려는 경우 또는 제1항에 따른 통보를 받은 경우에는 농지의 면적, 농지보전부담금의 제곱미터당 금액 및 제52조에 따른 감면비율 등 농지보전부담금의 부과에 필요한 사항을 기재한 부과명세서에 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 농림축산식품부장관 또는 시ㆍ도지사에게 통지하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2014. 12. 30., 2016. 1. 19.> 제47조(농지보전부담금의 부과결정) ①농림축산식품부장관은 제45조제1항에 따라 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 미리 납부하게 하거나 제46조에 따른 통보 또는 통지를 받은 때에는 농지보전부담금의 부과에 관한 다음 각 호의 사항을 결정하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2016. 1. 19.> 1. 농지보전부담금의 부과금액 2. 농지보전부담금이 감면되는 시설인 경우에는 그 감면비율 3. 그 밖에 농지보전부담금의 징수에 필요한 사항 ② 제1항제1호에 따른 농지보전부담금의 부과금액은 법 제38조제7항 각 호의 농지보전부담금의 부과기준일 현재의 법 제38조제7항 및 이 영 제53조에 따라 산정된 제곱미터당 금액에 전용하는 농지의 면적을 곱하여 산출한 금액(법 제38조제6항에 따른 감면대상인 경우에는 그 금액에 제52조 및 별표 2에 따른 감면비율을 적용한 금액을 말한다)으로 한다. <개정 2019. 6. 25.> 제48조(농지보전부담금 수납업무의 대행 등) ①농림축산식품부장관은 법 제51조제3항에 따라 법 제38조제1항 및 법 제40조제2항에 따른 농지보전부담금의 수납업무를 한국농어촌공사로 하여금 대행하게 한다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 6. 26., 2013. 3. 23.> ② 농림축산식품부장관은 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 제47조제1항 각 호의 사항을 기재한 농지보전부담금부과결정서에 관련 서류를 첨부하여 한국농어촌공사에 통보하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 6. 26., 2013. 3. 23.> 제49조(농지보전부담금의 납부통지 등) ① 한국농어촌공사는 농림축산식품부장관으로부터 제48조제2항에 따른 통보를 받으면 그 통보받은 내용에 따라 농지보전부담금을 내야 하는 자(이하 “납입의무자”라 한다)에게 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금의 납입을 통지하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 6. 26., 2013. 3. 23.> ② 한국농어촌공사가 제1항에 따라 농지보전부담금의 납입을 통지하는 때에는 납입금액 및 그 산출근거, 납입기한과 납입장소를 구체적으로 밝혀야 한다. <개정 2009. 6. 26.> ③ 제2항에 따른 농지보전부담금의 납부기한은 납부통지서 발행일부터 농지전용허가 또는 농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다) 전까지로 한다. <개정 2016. 1. 19.> 제52조(농지보전부담금의 감면) 법 제38조제6항에 따른 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율은 별표 2와 같다. <개정 2016. 1. 19.> 제59조(용도변경의 승인) ① 법 제40조제1항에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 5년을 말한다. ② 제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다. ③ 법 제40조제1항에서 “다른 목적으로 사용하려는 경우”란 해당 시설의 용도를 변경하거나 농지전용목적사업의 업종을 변경하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역ㆍ계획관리지역 및 개발진흥지구에 있는 토지는 제3호의 경우에 한정한다. <개정 2007. 11. 15., 2007. 11. 30., 2009. 11. 26., 2014. 12. 30., 2016. 3. 29., 2018. 1. 16.> 3. 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되는 시설에서 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하려는 경우 ④ 법 제40조제2항에 따라 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자가 내야 하는 농지보전부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 면적에 대하여 전용된 해당 토지에 대한 제47조제2항에 따른 농지보전부담금 부과기준일 당시의 농지보전부담금의 단위당 금액과 용도변경승인 당시의 해당 감면비율을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 농지보전부담금을 뺀 금액으로 한다. ⑤ 제4항에 따른 농지보전부담금의 부과결정ㆍ납부통지 및 납부절차 등에 관하여는 제45조부터 제49조까지의 규정을 준용한다. <개정 2016. 1. 19.> ■ 농지법 시행령 [별표 2] <개정 2022. 6. 28.> 농지보전부담금 감면대상 및 감면비율(제52조 관련) 3. 법 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖의 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우(법 제38조제6항제3호 관련) (단위: 퍼센트) <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=158829159"></img> 【농지법 시행규칙】 제41조(농지보전부담금의 납부통지) ①한국농어촌공사는 영 제49조제1항에 따라 별지 제32호서식 및 별지 제34호서식에 따른 농지보전부담금 납부통지서를 농지보전부담금을 내야 하는 자(이하 “납부의무자”라 한다)에게 보내야 한다. <개정 2009. 6. 29., 2012. 7. 18., 2016. 1. 21.> 【행정절차법】 제3조(적용 범위) ① 처분, 신고, 확약, 위반사실 등의 공표, 행정계획, 행정상 입법예고, 행정예고 및 행정지도의 절차(이하 “행정절차”라 한다)에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다. <개정 2022. 1. 11.> 제23조(처분의 이유 제시) ① 행정청은 처분을 할 때에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다. 1. 신청 내용을 모두 그대로 인정하는 처분인 경우 2. 단순ㆍ반복적인 처분 또는 경미한 처분으로서 당사자가 그 이유를 명백히 알 수 있는 경우 3. 긴급히 처분을 할 필요가 있는 경우 제24조(처분의 방식) ① 행정청이 처분을 할 때에는 다른 법령등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 문서로 하여야 하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 전자문서로 할 수 있다. <개정 2022. 1. 11.> <각호 생략> 제26조(고지) 행정청이 처분을 할 때에는 당사자에게 그 처분에 관하여 행정심판 및 행정소송을 제기할 수 있는지 여부, 그 밖에 불복을 할 수 있는지 여부, 청구절차 및 청구기간, 그 밖에 필요한 사항을 알려야 한다. 나. 판 단 1) 인정사실 이 사건 청구서, 답변서, 건축허가통지, 건축물대장, 현장사진, 의견서 및 이 사건 처분서 등에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 가) 청구인과 OOO은 2018. 11. 8. △△과 다음 계약서면으로 이 사건 건축물에 관한 매매계약을 하고 2018. 12. 4. 농업진흥구역인 이 사건 토지와 이 사건 건축물의 각 지분 2분의 1에 관하여 소유권이전등기를 한 소유자들이다. <2018. 11. 8. 공장매매계약서 부동산 표시부분, 매도인 표시부분 발췌> -삭제 나) 피청구인은 2017. 6. 27. 농업회사법인인 △△에게 이 사건 토지 위 농산물 가공·처리시설 신축에 관한 건축허가를 하였다. 다) 이 사건 건축물 건축물대장상 이 사건 건축물 중 가동은 제조업소 용도의 00㎡ 작업장 및 00㎡ 화장실이고, 나동은 제조업소 용도의 00㎡ 작업장으로 2018. 11. 15. 이 사건 건축물에 대한 사용승인이 있었다. 라) 이 사건 건축물은 2023. 1. 12. 현재 다음과 같이 유통창고로 이용되고 있고, OOO은 피청구인의 원상회복 시정명령에 대하여 2023. 2. 15. 이 사건 건축물을 2021년부터 식품유통장으로 이용 중이라고 하는 한편 영업상의 이유로 4월말까지 원상회복 기한을 줄 것을 요청하는 의견서를 제출하였다. <2023. 1. 12. 현장사진> - 생략 마) 피청구인은 2022. 12. 2. 청구인과 OOO이 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자에 해당한다는 이유로 이 사건 처분의 사전통지를 하고 청구인과 OOO의 의견을 제출받았다. 바) 피청구인은 2023. 5. 26. 한국농어촌공사에게 이 사건 처분인 농지보전부담금 86,750,000원 부과결정을 통지하였고, 한국농어촌공사는 2023. 6. 5. 청구인과 OOO에게 다음과 같은 납부고지서로 농지보전부담금 86,750,000원 납부통지를 하였다. <2023. 6. 5. 납부고지서 일부 발췌> - 생략 사) 청구인은 2023. 6. 20. 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 행정심판을 청구하는 한편 2023. 6. 23. 이 사건 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다. 2) 「농지법」 제38조제1항, 제4항, 제40조제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제59조에 따르면 농지전용허가를 받은 자 등은 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 농지전용허가 전까지 납부하여야 하고, 농지전용허가를 거쳐 사용된 토지를 5년 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 관할 행정청장의 승인을 받아야 하며, 그러한 용도변경 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다. 한편 「농지법」 제35조제1항제1호, 제38조제6항제3호, 같은 법 시행령 제52조, 별표 2 제3호거목에 따르면 농·어업인 주택, 농축산업용 시설, 농수산물 유통ㆍ가공 시설 등 같은 법 제35조제1항각호에서 정한 시설 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에는 농지보전부담금을 감면할 수 있고, 농업회사법인이 설치하는 농수산물 가공ㆍ처리시설의 경우 농지보전부담금의 감면율은 100%이다. 또한 「농지법」 제51조제3항, 같은 법 시행령 제48조제1항에 따르면 농지보전금 수납업무는 한국농어촌공사가 대행하는바, 이에 관한 「농지법 시행령」 제47조, 제48조제2항, 제49조, 같은 법 시행규칙 제41조제1항에 따르면 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 미리 납부하게 하거나 농지전용허가 등을 통지받은 경우 농지보전부담금액, 감면비율 등 농지보전부담금의 부과에 관한 사항을 결정하여 그 결정서에 관련 서류를 첨부하여 한국농어촌공사에 통보하여야 하며, 그 통보를 받은 한국농어촌공사는 납입금액 및 그 산출근거, 납입기한과 납입장소를 구체적으로 밝혀 「농지법 시행규칙」 별지 제32호 서식 및 별지 제34호 서식에 따른 농지보전부담금 납부통지서로 납입을 통지하여야 한다. 3) 청구인은 이 사건 처분이 「행정절차법」상 이유제시의무, 서면교부의무, 불복방법 고지의무 등을 위반하여 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다. 위에서 본 것과 같이 「농지법」 제51조제3항, 같은 법 시행령 제47조부터 제49조 및 같은 법 시행규칙 제41조제1항은 농지보전부담금의 부과결정 및 통보에 관한 사항을 규정하고 있는 한편, 「행정절차법」 제23조제1항, 제24조제1항, 제26조는 행정청의 이유제시 의무, 서면교부의무, 불복방법 고지의무를 규정하고, 다만 같은 법 제3조제1항은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우에는 처분의 절차에 관하여 「행정절차법」을 적용하지 않도록 규정하고 있다. 한편 「행정절차법」 제23조제1항에서 처분의 상대방에게 처분의 근거와 이유를 제시하도록 규정하고 있는 것은 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데에 별다른 지장이 없었던 것으로 인정되는 경우에는 처분서에 처분의 근거와 이유가 구체적으로 명시되어 있지 않았다 하더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법한 것으로 된다고 할 수는 없다(대법원 2009. 12. 10. 선고 2007두20348 판결 참조). 살피건대 한국농어촌공사가 청구인에게 통지한 「농지법 시행규칙」 별지 제34호 서식에 따른 납입고지서에는 부과근거로 「농지법」 제38조제1항, 제7항, 같은 법 시행규칙 제47조의2, 부과기준으로 개발공시지가의 30% 및 ㎡당 상한액, 전용목적으로 농산물 가공·처리시설, 전용농지로 이 사건 토지가 기재되어 있고, 이의가 있을 때는 관할청에 이의를 제기할 수 있고 별도로 행정심판 또는 행정소송을 청구할 수 있다고 기재되어 있음을 인정할 수 있다. 그리고 실제로 청구인은 이 사건 행정심판으로 이 사건 처분의 취소를 구하는 한편 같은 취지의 행정소송을 제기하여 이 사건 처분에 불복하고 있다. 따라서 위와 같은 「농지법」의 각 규정이 「행정절차법」 제3조제1항에서 정한 다른 법률에서 정한 경우에 해당한다는 피청구인의 주장이 타당한 것으로 보이는 점은 별론으로 하더라도, 이 사건 처분서인 납입고지서상 각 기재에 따르면 이 사건 처분이 「행정절차법」을 위반한 것으로도 보기 어렵다고 봄이 상당하므로(대법원 2012. 6. 28. 선고 2012두3019 판결 참조) 이에 관한 청구인의 주장은 이유가 없다. 4) 청구인은 이 사건 처분이 「농지법 시행규칙」 별지 제34호 서식만으로 통지되고, 같은 시행규칙 별지 제32호 서식은 통지되지 않았으므로 위법하다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다. 「농지법 시행규칙」 제41조제1호는 ‘한국농어촌공사는 영 제49조제1항에 따라 별지 제32호 서식 및 별지 제34호 서식에 따른 농지보전부담금 납부통지서를 농지보전부담금을 내야 하는 자에게 보내야 한다.’고 규정하는바, 이에 따른 같은 시행규칙 별지 제32호 서식은 ‘농지보전부담금 납부통지서(부본)’, 별지 제34호 서식은 ‘납부통지서 및 지로영수증(고객용)’이며, 위 별지 제32호 서식은 한국농어촌공사 보관용이라고 기재되어 있다. 그렇다면 「농지법 시행규칙」 제41조제1호의 문언상 반드시 두 서식을 함께 보내야 한다고 단정하기 어려운 점, 위 각 서식의 제목 및 본문 내용상 위 별지 제32호 서식은 한국농어촌공사의 농지보전부담금 수납업무 관리를 위한 것으로 보이는 점, 위 별지 제32호 서식에는 별지 제34호 서식에 있는 부과근거, 부과기준, 불복방법 등의 기재가 없는 점 등에 비추어 보면, 농지보전부담금 처분 시 위 별지 제34호 서식으로 고지하여야 한다고 봄이 상당하고, 따라서 이에 관한 청구인의 주장은 이유가 없다. 5) 청구인은 △△이 농지보전부담금 감면사실을 알리지 아니하고 매도하여 막대한 차익을 얻었고, 청구인은 △△이 창고로 건설한 건축물을 그대로 창고로 사용하였으므로 농지보전부담금이 △△을 상대로 부과되었어야 한다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다. 인정사실에 따르면 △△은 농업법인으로서 농산물 가공·처리시설에 관한 건축허가를 신청하여 「농지법」 제35조제1항제1호, 제38조제6항제3호, 같은 법 시행령 제52조, 별표 2 제3호거목에 따라 농지보전부담금을 감면받은 사실과 청구인이 농산물 가공·처리시설로 허가받은 이 사건 건축물을 유통창고로 전용한 사실을 인정할 수 있다. 청구인은 △△이 이 사건 건축물을 창고로 건축하였으므로 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 청구인이 아닌 △△이라고 주장하나, ① 이 사건 건축물의 사용승인일 2018. 11. 15. 현재 이 사건 건축물은 제조업소 용도의 작업장이었던 것으로 보이는 점, ② 이 사건 건축물에 관한 매매계약서는 공장매매에 관한 것인 점, ③ 위 계약서상 매도인인 △△이 ‘농업법인유한회사 △△’으로 기재된 점 등으로 볼 때, △△이 위 사용승인 전 매매계약을 하고 그로 인하여 상당한 이익을 얻은 사정 등에 관한 청구인의 주장 및 입증만으로는 △△이 처음부터 이 사건 건축물을 유통창고 용도로 건축하였다는 점을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 근거가 없다. 이상의 사정에 더하여 청구인이 현재까지도 이 사건 건축물을 허가받은 농산물 가공·처리시설의 용도가 아닌 유통창고로 사용중인 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 청구인이 이 사건 처분의 상대방이 아니라는 주장은 이유가 없다고 봄이 상당하다. 6) 청구인은 이 사건 처분이 청구인의 부담금액을 특정하지 아니하여 위법하다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다. 살피건대 이 사건 처분 사유는 농지인 이 사건 토지를 농지보전부담금의 감면비율이 다른 용도로 전용하였다는 것으로, 위에서 본 것과 같이 청구인이 OOO과 함께 농업회사법인의 농산물 가공·처리시설을 유통창고로 전용한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 청구인을 상대로 한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없는 한편, 공유자에게 농지보전부담금을 부과하는 경우 그 공유지분 등에 따라 농지보전부담금을 나누어 부과하여야 한다는 청구인의 주장을 인정할 아무런 근거가 없다. 청구인의 공유관계는 공유자들 사이에 내부적인 책임분담비율에 관한 것으로 봄이 상당하며, 이를 이유로는 이 사건 처분이 위법하다거나 부당하다고 볼 수 없다. 7) 청구인은 농지보전부담금은 신청에 의하여만 부과할 수 있다고 주장하나 이 사건 처분은 「농지법」 제40조제2항, 같은 법 시행령 제59조에 따라 한 것인바, 위 규정에 따르면 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 하고, 그 납부에 관하여는 농지전용허가 시에 농지보전부담금 납부 절차에 따르도록 규정하고 있으므로, 농지보전부담금을 신청에 의하여만 부과할 수 있다는 청구인의 주장을 인정할 근거가 없다. 3. 결 론 그렇다면, 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.