농지보전부담금 부과처분 취소청구

1. 사건개요 청구인은 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 산 ○○-○번지 일원에서 골프장 등 레저사업을 영위하는 자로, 2015. 1.경 ○○시 도시계획시설(체육시설:○○리조트) 사업시행자지정 및 실시계획인가를 신청하였고, 피청구인은 2015. 2. 16. ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○번지 등 17필지(12,841㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 농지보전부담금 납부 등을 조건으로 ○○도시계획시설 실시계획인가를 고시한 후, 2015. 2. 24. 청구인에게 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금 271,491,360원 부과 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 2. 당사자 주장 가. 청구인 주장 1) 청구인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 산○○-○번지 일원에서 27홀 규모의 골프장 등 레저업을 영위하는 사업자인바, 2015년 1월경 골프백 이동을 위하여 기존에 설치된 바 있던 노후한 모노레일을 철거하고 대신 전동카트를 도입하는 내용의 체육시설 조성계획을 추진하기로 하고, 피청구인에게 카트용 도로 건설 등을 위한 사업계획변경승인신청을 하였는데, 피청구인은 위 신청에 따른 사업계획변경승인을 하면서 2015. 2. 24. 그 승인조건으로 해당 토지 중 지목이 농지로 되어 있는 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 ○○-○번지 일원 토지에 대하여 「농지법」 제38조제1항의 규정에 따라 이 사건 처분하였다. 2) 청구인이 이 사건 골프장을 양수하기 전 운영사인 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)는 1970. 8. 30. 골프장업을 최초 등록(경기 제11호)하여 18홀 코스의 대중골프장사업을 운영하던 중 1979. 9. 24. 동코스 9홀의 증설에 관한 사업계획변경승인(교통부 개발 1530-9556)을 받아 골프코스를 증설하였고, 1980. 1. 7. 다시 골프장 증설의 사업계획변경승인(교통부 개발 1537.1-37)을 받아 부지면적 505,800.3평(1,672,075㎡), 클럽하우스 면적 1,039.16평, 골프코스 27홀 규모의 골프장 시설(골프장명 : ○○○○○○○)을 갖추게 되었는데, 그 후 1984년경 청구인이 ○○○○의 영업을 포괄적으로 양수한 이후 1989. 7. 1. 위 골프장에 관하여 회원제 골프장으로 새로 체육시설업 등록을 마쳤고, 청구인은 그 후에도 1990. 3. 2. 체육시설업(골프장) 사업계획변경승인을 받아 총 면적 3,580.1㎡ 규모로 클럽하우스를 증축(증축면적 : 231.67㎡)한 바 있고, 같은 해 12. 21.에는 다시 골프장 사업계획변경인가를 받아 기존의 차고를 철거하는 대신 기숙사, 창고, 사무실 등의 부대시설을 신축하였고, 그 이후에도 1991. 4. 3. 클럽하우스 증축(3,603.79㎡), 1993. 3. 19. 저수펌프장 이전 증개축(132㎡), 2000. 6. 27. 모노레일 설치 및 카트고 신축 및 동코스 1번 홀 그늘집 개축, 2001. 7. 19. 남코스 1번 홀 그늘집 개축 등으로 수차례 더 사업계획변경승인을 받거나 경미한 사항의 사업계획변경통보를 하였다. ○○○○과 사업 양도양수 이후의 청구인은 현재의 골프장의 모습을 갖추기 위하여 여러 차례에 걸친 골프장 및 부대시설의 증설 작업을 하였고, 그 과정에서 관할청인 피청구인으로부터 사업계획변경승인을 받기 위하여 피청구인이 요구하는 인가조건을 빠짐없이 모두 이행하였는바, 골프장 내에 위치한 농지에 관한 농지보전부담금의 납부도 중요한 이행사항이었다. 3) 피청구인은 농지보전부담금 납부자료를 제출하지 못한다는 이유로 이 사건 처분을 하였으나 이는 심히 부당한 처분인바, 청구인은 이 사건 사업계획변경승인을 하면서 기존에 농지보전부담금을 납부한 자료를 모두 뒤져보았는데, 청구인이 ○○○○으로부터 이 사건 골프장을 인수한 이후에 납부자료는 모두 찾았으나, 유독 ○○○○이 골프장을 운영하던 시절에 납부한 농지보전부담금에 관한 자료를 끝내 발견하지 못하였는바, 청구인이 ○○○○을 인수할 당시 청구인에 대한 감정이 좋지 못하여 업무의 인계인수에 소극적이었던 관계로 농지보전부담금에 관한 자료를 ○○○○ 측으로부터 넘겨받지 못한 것으로 추정되나, 이 사건 골프장은 1970년 최초 등록한 이래 수십 년 동안 여러 차례에 걸쳐 사업계획변경인가를 거치면서 현재의 시설을 갖추게 된 곳이고, 이 사건 토지는 골프장 페어웨이의 한복판에 위치한 토지들로서 최초 골프장 설치 및 수차례의 사업계획변경인가에 농지보전부담금의 납부가 핵심적이고도 가장 중요한 전제조건 중의 하나였기 때문에 당연히 이 사건 토지들은 농지보전부담금을 납부 완료한 것이 명백하며, 만약 그 납부가 일부라도 이루어지지 않았다면 상식적으로 생각하더라도 위와 같은 사업계획변경 승인과 그에 따른 공사가 순조롭게 이루어졌을 리 만무하다 할 것이다. 4) 피청구인이 농지보전부담금을 부과한 토지는 이미 오래전에 골프장용지(체육시설)로 형질변경 되었는바, 농지법에 의하면 농지란 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생 식물 재배지로 이용되는 토지를 의미하는 것이고, 이 사건 토지는 1970년대에 이미 골프장조성공사가 완료되어 농지로서의 기능을 완전히 상실하였으므로 이 사건 토지가 농지임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법한 처분이다. 나. 피청구인 주장 1) 「농지법」에서는 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지, 그 토지의 개량시설과 그 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 유지(溜池), 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방, 그 밖에 농지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 시설의 부지 등을 농지로 규정하고 있다. 2) 「농지법」 제38조제1항에서 같은 법 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자, 같은 법 제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자, 같은 법 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자, 같은 법 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자, 같은 법 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자, 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다고 규정하고 있다. 3) 청구인은 농지보전부담금을 이미 오래전에 납부하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 증거자료를 살펴보면 청구인은 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○-○ 전 3,517㎡ 중 114㎡를 제외하고는 이 사건 토지에 관하여 농지전용부담금 또는 구 농지조성비를 납부한 사실이 없으므로 이 사건 처분은 적법한 것이다. 4) 한편 청구인은 이 사건 토지가 이미 오래 전에 체육시설로 형질변경 되었다고 주장하나, 이 사건 토지의 상류에는 농업용수를 공급하는 ○○저수지가 위치하고 있고, 구거 역시 농지법상 농지에 해당되며, ○○저수지는 아직도 몽리면적 11.4ha(114,000㎡)에 대하여 농업용수를 공급하는 농업생산기반시설로 이용되고 있고, 농지가 불법 전용된 경우와 농지보전부담금 부과처분에 관하여 대법원은 “벼 경작지로 이용되어 오다가 건물부지, 주차장, 잔디밭 등으로 불법형질 변경된 토지에 대하여, 전체 토지면적 중 건물부지가 차지하는 부분이 극히 일부이고 주차장이나 잔디밭에 깔린 자갈, 잔디 등은 비교적 쉽게 걷어낼 수 있는 점 등에 비추어 농지의 성격을 완전히 상실하여 농지로 회복이 불가능한 상태에 있는 것이 아니라 농지의 성격을 일시적으로 상실하여 원상회복이 비교적 용이한 상태에 있다고 보아 구 농지법상 농지에 해당한다”고 판시(대법원 2007.05.31. 선고 2006두8235 판결)하고 있는바, 이 사건 토지의 현황을 살펴보면 그 상류에 ○○저수지가 있어 이 사건 토지를 통해 인근 몽리지역에 농업용수를 공급하고 있고, 이 사건 토지 상에는 어떤 영구적인 시설물도 존재하지 않아 쉽게 농지로 원상복구가 가능한 점, 농지의 불법형질변경을 ○○할 경우 이는 농지를 불법전용한 자에게 공법상 특혜를 주는 결과가 발생하는데 이는 행정의 합목적성이나 사회적 정의에 반하는 점 등을 종합적으로 고려해보면 이 사건 처분은 적법하다. 3. 이 사건 처분의 위법·부당 여부 가. 관계법령 【국토계획 및 이용에 관한 법률】 [시행 2015.7.7.] [법률 제12974호, 2015.1.6., 일부개정] 제30조(도시·군관리계획의 결정) ① 시·도지사는 도시·군관리계획을 결정하려면 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 국토교통부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 해양수산부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 도시·군관리계획을 결정하려면 관계 중앙행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 협의 요청을 받은 기관의 장은 특별한 사유가 없으면 그 요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제시하여야 한다. <개정 2011.4.14., 2013.3.23.> ⑦ 시장 또는 군수가 도시·군관리계획을 결정하는 경우에는 제1항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 "시·도지사"는 "시장 또는 군수"로, "시·도도시계획위원회"는 "제113조제2항에 따른 시·군·구도시계획위원회"로, "「건축법」 제4조에 따라 시·도에 두는 건축위원회"는 "「건축법」 제4조에 따라 시 또는 군에 두는 건축위원회"로, "특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사"는 "시장 또는 군수"로 본다. <개정 2011.4.14., 2013.7.16.> [전문개정 2009.2.6.] [제목개정 2011.4.14.] [시행일:2012.7.1.] 제30조 중 특별자치시장에 관한 개정규정 제88조(실시계획의 작성 및 인가 등) ① 도시·군계획시설사업의 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 도시·군계획시설사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다. <개정 2011.4.14.> ② 도시·군계획시설사업의 시행자(국토교통부장관, 시·도지사와 대도시 시장은 제외한다. 이하 제3항에서 같다)는 제1항에 따라 실시계획을 작성하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장의 인가를 받아야 한다. 다만, 제98조에 따른 준공검사를 받은 후에 해당 도시·군계획시설사업에 대하여 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하기 위하여 실시계획을 작성하는 경우에는 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장의 인가를 받지 아니한다. <개정 2011.4.14., 2013.3.23., 2013.7.16.> ③ 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 도시·군계획시설사업의 시행자가 작성한 실시계획이 제43조제2항에 따른 도시·군계획시설의 결정·구조 및 설치의 기준 등에 맞다고 인정하는 경우에는 실시계획을 인가하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 기반시설의 설치나 그에 필요한 용지의 확보, 위해 방지, 환경오염 방지, 경관 조성, 조경 등의 조치를 할 것을 조건으로 실시계획을 인가할 수 있다. <개정 2011.4.14., 2013.3.23.> ⑥ 제1항·제2항 및 제4항에 따라 실시계획이 작성(도시·군계획시설사업의 시행자가 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장인 경우를 말한다) 또는 인가된 때에는 그 실시계획에 반영된 제30조제5항 단서에 따른 경미한 사항의 범위에서 도시·군관리계획이 변경된 것으로 본다. 이 경우 제30조제6항 및 제32조에 따라 도시·군관리계획의 변경사항 및 이를 반영한 지형도면을 고시하여야 한다. <신설 2011.4.14., 2013.3.23.> [전문개정 2009.2.6.] 【농지법】[시행 2015.1.20.] [법률 제13022호, 2015.1.20., 일부개정] 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2007.12.21., 2009.4.1., 2009.5.27.> 1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 가. 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 「초지법」에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다. 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2008.2.29., 2009.5.27., 2013.3.23.> 1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우 3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우 4. 「산지관리법」 제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우 5. 「하천법」에 따라 하천관리청의 허가를 받고 농지의 형질을 변경하거나 공작물을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 ② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2009.5.27., 2011.4.14., 2013.3.23.> 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역·상업지역 또는 공업지역을 지정하거나 도시·군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역·상업지역·공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역·상업지역·공업지역에 도시·군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다. 1의2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우 2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우 제38조(농지보전부담금) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 "농지보전부담금"이라 한다)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다. <개정 2009.5.27.> 1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자 2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자 2의2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자 3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자 4. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자 5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자 ② 농림축산식품부장관은 정부투자기관·지방공사 및 지방공단이 산업단지의 시설용지로 농지를 전용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 농지의 전용으로서 농지보전부담금을 한꺼번에 내기 어려운 부득이한 사유가 있다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 할 수 있다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23.> ③ 농림축산식품부장관은 제2항에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내려는 자에게 나누어 낼 농지보전부담금에 대한 납입보증보험증서 등을 미리 예치하게 하여야 한다. 다만, 농지보전부담금을 나누어 내려는 자가 국가나 지방자치단체, 그 밖에 대통령령으로 정하는 자인 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23.> ④ 농지관리기금을 운용·관리하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급하여야 한다. 1. 농지보전부담금을 낸 자의 허가가 제39조에 따라 취소된 경우 2. 농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우 3. 그 밖에 이에 준하는 사유로 전용하려는 농지의 면적이 당초보다 줄어든 경우 ⑤ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23.> 1. 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 ⑥ 농지보전부담금은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 범위에서 대통령령으로 정하는 부과기준을 적용하여 산정한 금액으로 한다. ⑦ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 납부기한까지 내지 아니하면 납부기한이 지난 후 10일 이내에 10일 이내의 기간을 정한 독촉장을 발급하여야 한다. <개정 2009.5.27., 2013.3.23.> ⑧ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 제7항에 따른 납부기한까지 부담금을 내지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 가산금을 부과하여야 한다. <신설 2009.5.27., 2012.1.17., 2013.3.23.> 1. 납부기한이 지난 날부터 1주일 이내에 납부하는 경우: 체납된 금액의 100분의 1에 해당하는 금액 2. 납부기한이 지난 날부터 1주일이 지난 다음에 납부하는 경우: 체납된 금액의 100분의 5에 해당하는 금액 ⑨ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 독촉장을 받고 지정된 기한까지 부담금과 가산금을 내지 아니하면 국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다. <신설 2009.5.27., 2013.3.23.> ⑩ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 해당 농지보전부담금에 관하여 결손처분을 할 수 있다. 다만, 제1호·제3호 및 제4호의 경우 결손처분을 한 후에 압류할 수 있는 재산을 발견하면 지체 없이 결손처분을 취소하고 체납처분을 하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2009.5.27., 2013.3.23.> 1. 체납처분이 종결되고 체납액에 충당된 배분금액이 그 체납액에 미치지 못한 경우 2. 농지보전부담금을 받을 권리에 대한 소멸시효가 완성된 경우 3. 체납처분의 목적물인 총재산의 추산가액(推算價額)이 체납처분비에 충당하고 남을 여지가 없는 경우 4. 체납자가 사망하거나 행방불명되는 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 징수할 가능성이 없다고 인정되는 경우 ⑪ 농림축산식품부장관은 제51조에 따라 권한을 위임받은 자 또는 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제35조제2항에 따라 농지관리기금 운용·관리 업무를 위탁받은 자에게 농지보전부담금 부과·수납에 관한 업무를 취급하게 하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 수수료를 지급하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2008.12.29., 2009.5.27., 2012.1.17., 2013.3.23.> ⑫ 농지관리기금을 운용·관리하는 자는 제1항에 따라 수납하는 농지보전부담금 중 제11항에 따른 수수료를 뺀 금액을 농지관리기금에 납입하여야 한다. <개정 2009.5.27.> ⑬ 농지보전부담금의 납부기한, 납부 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2009.5.27.> 【농지법 시행령】[시행 2015.1.1.] [대통령령 제25917호, 2014.12.30., 일부개정] 제2조(농지의 범위) ③ 법 제2조제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.11.26, 2012.7.10, 2013.3.23, 2013.12.30., 2014.12.30> 1. 법 제2조제1호가목의 토지의 개량시설로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설 가. 유지(溜池), 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방 나. 그 밖에 농지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 시설 제45조(전용허가 등과 농지보전부담금의 납입) ① 농림축산식품부장관이나 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 법 제34조ㆍ법 제35조 및 법 제43조에 따라 농지전용의 허가ㆍ협의 또는 농지전용의 신고수리를 하려는 때에는 법 제38조에 따른 농지보전부담금을 미리 납입하게 하거나 그 납입을 해당 허가 등의 조건으로 하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23.> ② 법 제38조제1항제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 농지보전부담금의 납입대상이 되는 농지의 전용이 수반되는 인가ㆍ허가ㆍ승인ㆍ신고 수리 등(이하 이 항 및 제46조제1항에서 "인가등"이라 한다)을 하려는 관계 행정기관의 장은 농지보전부담금의 납입을 인가등의 조건으로 하여야 한다. 제46조(농지전용허가 등의 통지) ① 관계 행정기관의 장은 제45조제2항에 따라 농지보전부담금의 납입을 조건으로 해당 인가등을 한 때에는 지체 없이 그 사실을 농림축산식품부장관(제71조제1항제5호 및 같은 조 제2항제4호에 따라 농지보전부담금의 부과ㆍ징수 등에 관한 권한을 위임받은 자를 포함한다)에게 통보하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23., 2014.12.30.> ② 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제45조제1항에 따라 농지보전부담금을 미리 납입하게 하거나 그 납입을 조건으로 하는 경우와 제1항에 따른 통보를 받은 경우에는 농지의 면적, 농지보전부담금의 제곱미터당 금액 및 제52조에 따른 감면비율 등 농지보전부담금의 부과에 필요한 사항을 기재한 부과명세서에 농림축산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 농림축산식품부장관 또는 시ㆍ도지사에게 통지하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23., 2014.12.30.> ③ 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장이나 관계 행정기관의 장은 제1항 또는 제2항에 따라 통보 또는 통지한 내용이 변경되거나 누락 또는 흠이 있으면 지체 없이 그 사실을 농림축산식품부장관, 시ㆍ도지사나 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장에게 통지 또는 통보하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2013.3.23., 2014.12.30.> 제48조(농지보전부담금 수납업무의 대행 등) ① 농림축산식품부장관은 법 제51조제3항에 따라 법 제38조제1항 및 법 제40조제2항에 따른 농지보전부담금의 수납업무를 한국농어촌공사로 하여금 대행하게 한다. <개정 2008.2.29., 2009.6.26., 2013.3.23.> ② 농림축산식품부장관은 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 제47조제1항 각 호의 사항을 기재한 농지보전부담금부과결정서에 관련 서류를 첨부하여 한국농어촌공사에 통보하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2009.6.26., 2013.3.23.> 제53조(부과기준) ① 법 제38조제6항에 따른 농지보전부담금의 제곱미터당 금액은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 한다. ② 제1항에 따라 산정한 농지보전부담금의 제곱미터당 금액이 농림축산식품부령으로 정하는 금액을 초과하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 금액을 농지보전부담금의 제곱미터당 금액으로 한다. 나. 판 단 1) 인정사실 이 사건 청구서와 답변서, ○○도시계획시설(체육시설:○○리조트) 사업시행자 및 실시계획 인가 신청서, ○○도시계획시설(체육시설:○○리조트) 실시계획 인가 고시, 농지보전부담금 부과결정 통보, 농지보전부담금 납부여부 확인 공문 등에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다. 가) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 산 ○○-○번지 일원에서 골프장 등 레저사업을 영위하는 자로, 2015. 1.경 ○○도시계획시설(체육시설:○○리조트) 사업시행자지정 및 실시계획인가를 신청하면서, 이 사건 토지에 대하여 농지전용협의를 요청하였다. 나) 피청구인은 2015. 2. 16. 이 사건 토지에 대하여 농지보전부담금 납부 등을 인가조건으로 ○○도시계획시설(체육시설:○○리조트) 실시계획 인가를 고시하였고, 2015. 2. 24. 청구인에게 「농지법」 제38조에 따라 이 사건 처분하였다. 다) 피청구인이 청구인에게 부과한 농지보전부담금 산출내역은 아래와 같다. <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=159269831"></img> 라) 한편, 이 사건 골프장은 ○○○○이 1970. 8. 30. 18홀 코스로 최초 등록한 이래, 1980년경 골프장 증설의 사업계획변경승인을 받아 1982. 7. 31. 경기도로부터 27홀 505,800.3평(1,672,067.11㎡) 규모로 골프장 변경등록을 하였고, 1984년경 청구인은 ○○○○의 영업을 포괄적으로 양수하였다. 2) 「농지법」 제2조 및 같은 법 시행령 제2조에 따르면 농지란, 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지와 그 토지의 개량시설인 유지(溜池), 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방과 그 토지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 시설을 말하고, 같은 법 제34조제2항제1호에 따르면 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역·상업지역 또는 공업지역을 지정하거나 도시·군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우 등에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 하며, 같은 법 제38조제1항제2호에서 같은 법 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항 및 같은 법 시행령 제53조에서 농지보전부담금의 제곱 미터당 금액은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 해당 농지 개별공시지가의 100분의 30으로 한다고 규정하고 있다. 3) 피청구인은 「농지법」 제2조제1호 가목 및 같은 법 시행령 제2조제3항에 따르면 농지란 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지와 그 토지의 개량시설 등을 말하는바, 이 사건 토지의 지목이 전, 답, 구거로서 농지법상 농지에 해당하고, 청구인이 농지전용부담금을 납부한 사실이 없으므로 이 사건 처분은 적법·타당하다고 주장하므로 살피건대, 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금 부과 처분이 적법하기 위해서는 그 토지가농지여야 하는데, 「농지법」 제2조제1호 가목 및 같은 법 시행령 제2조제3항에 따르면 농지란 전·답, 과수원, 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지와 그 토지의 개량시설 등을 말하고, 대법원은 “어떠한 토지가 농지인지 여부는 공부상의 지목 여하에 불구하고 당해 토지의 사실상의 현상에 따라 가려야 하는 것이고, 따라서 그 토지가 공부상 지목이 전으로 되어 있다고 하여도 농지로서의 현상을 상실하고 그 상실한 상태가 일시적이라고 볼 수 없다면 그 토지는 더 이상 ‘농지’에 해당하지 않게 되고 그 결과 구 농지법에 따른 농지전용허가의 대상이 되는 것도 아니라고 할 것이다(대법원 2009. 4. 16. 선고 2007도6703 전원합의체 판결, 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누18901 판결 , 대법원 1996. 9. 24. 선고 96도1536 판결 등 참조)”라고 판시하고 있는바, 이 사건 골프장은 전 영업자인 ○○○○이 1970. 8. 30. 18홀 코스로 최초 등록한 이래, 1980년경 골프장 증설의 사업계획변경승인을 받아 1982. 7. 31. 경기도로부터 27홀 505,800.3평(1,672,067.11㎡) 규모로 골프장 변경등록을 마쳐 현재의 부지 모습을 갖추게 되었고, 2003. 1. 22.에는 ○○도시관리계획에 따라 체육시설로 결정된 사실이 있으며, 이 사건 토지가 골프장의 페어웨이, 그린 등에 위치해 있어 1970년경부터 골프장으로 조성되어 농지로서의 실질을 이미 상실하였고 그 상태가 일시적이라고도 볼 수 없다 할 것이어서, 피청구인이 골프장 조성 당시에 이 사건 토지에 농지전용부담금을 부과하지 않고 이미 농지로서의 실질을 상실한 시점에 이 사건 토지가 농지임을 전제로 이 사건 처분한 것은 위법·부당하다고 할 것이다. 4. 결 론 그렇다면 이 사건 행정심판 청구는 이유 있다고 인정되므로 주문과 같이 재결한다.