농지보전부담금환급 거부처분 취소청구

1. 사건개요 청구 외 ◎◎◎는 2019. 5. 16. 피청구인으로부터 경기도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지, ○○번지, ○○번지, ○○번지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 건축허가(농지전용협의 포함)를 받고, 농지전용부담금을 모두 납부하였다. 이후 청구인은 위 ◎◎◎로부터 이 사건 토지를 매수하고, 2019. 8. 16. 피청구인으로부터 위 건축허가에 대한 변경허가(농지전용변경협의 : ◎◎◎→ 청구인)를 받고, 2020. 4. 23. 피청구인으로부터 「중소기업창업지원법」에 따른 창업사업계획승인을 받았다. 청구인은 2020. 6. 30. 피청구인에게 농지보전부담금 환급신청을 하였고, 피청구인은 2021. 1. 12. 청구인에게 농지보전부담금 환급불가결정(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다) 통지를 하였다. 2. 당사자 주장 요지 가. 청구인 주장 1) ◎◎◎(현 청구인 대표이사)과 ◇◇◇(현 청구인 감사, 전 (주)◇◇◇◎◎ 대표이사), ◎◎◎(현 청구인의 감사로 재직 중인 ◇◇◇가 과거 대표이사로 재직하던 (주)◇◇◇◎◎의 감사로 재직 중이던 자로 청구인의 사업계획에 따라 위 ○○리 ○○ 토지 등을 매수한 자)는 추후 청구인(대표이사 ◎◎◎)을 설립하여 경기도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○, 동소 ○○, 동소 ○○, 동소 ○○ 토지(이하 ‘○○리 ○○ 토지 등’이라 한다)를 매입한 후, 같은 곳에서 음료공장을 운영하는 계획을 세웠다(갑 제1호증 법인 등기사항전부증명서, 갑 제2호증 법인 등기사항전부증명서). 그러나, 일반법인은 농지를 구입할 수 없는 사정으로 위 ○○리 ○○ 토지 등을 2016. 3.경부터 순차적으로 ◎◎◎와 ◎◎◎의 명의로 매수하였고, 그 과정에서 발생한 대출이자 등 비용은 당시 (주)◇◇◇◎◎(대표이사 ◇◇◇)측이 모두 부담하였다(갑 제3호증 부동산 등기사항전부증명서, 갑 제4호증 대출거래내역현황). 이후, 위 ○○리 ○○ 토지 등에 ◎◎◎ 명의로 위 음료공장 관련 사업계획에 관한 개발과 공장 건축에 관한 신청을 하여 허가를 득하였다. 그 과정에서 ◎◎◎에게 「농지법」에 의한 농지전용부담금 117,031,650원(가산금 포함)이 부과되었고, 이 역시 청구인과 ◇◇◇가 모두 부담하여 납부하였다(갑 제5호증 농지보전부담금 납입확인서). 위 ○○리 ○○ 토지 등에 대한 각종 허가를 득하고 농지전용부담금까지 모두 납부한 이후, 청구인은 ◎◎◎ 등으로부터 위 ○○리 ○○ 토지 등을 매입하고, 관련 사업계획과 허가명의를 모두 청구인으로 변경하였다(갑 제6호증 건축관계자 변경신고필증). 그 이후 ○○군 일자리경제팀에서 청구인의 사업계획이 「중소기업창업지원법」의 적용을 받는 것으로 확인되어, 같은 법에 의해 지원을 받을 수 있는 취득세 감면, 농지보전부담금 감면 등의 내용을 안내받게 되었다. 우선, 청구인은 「중소기업창업지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업에 해당되어 취득세의 100분의 75를 경감(지방세특례제한법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)제1항 제1호의 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 제조업을 경영하는 중소기업의 경우 창업일로부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다) 받을 수 있어 기 납부한 취득세 중 100분의 75를 환급받을 수 있었다(갑 제7호증 지방세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정청구 결과 통지). 이후 청구인은 「중소기업창업지원법」 제39조의3(부담금의 면제)제1항 제1호에 따라 농지법 제38조 제1항에 따른 농지보전부담금의 면제를 받고자 기 납부한 농지보전부담금의 환급을 신청하는 내용의 ‘농지보전부담금환급금 및 환급가산금청구서’를 2020. 6. 30.경 ○○군청에 접수하였다(갑 제8호증 농지보전부담금환급금 및 환급가산금청구서). 그러나, ○○군은 2021. 1. 12. 청구인의 농지보전부담금환급신청에 대하여 환급거부 처분을 하였다(갑 제9호증 농지보전부담금환급금 환급불가 결정 알림). 2) 이 사건의 처분(또는 부작위)의 위법·부당성 형식적으로는 위 ○○리 ○○ 토지 등은 ◎◎◎ 등이 매입하여 개발과 건축 등에 관한 각종 허가를 득하여 사업을 진행하는 외관을 갖추었으나, 그 실질은 청구인이 위 ○○리 ○○ 토지 등에 음료공장을 건축하여 운영하려는 사업계획의 구체적인 실현방법이었을 뿐이다. 청구인은 「중소기업창업지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업임은 ○○군의 지방세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정청구 결과 통지에 따라 확인된 사실로 「중소기업창업지원법」의 적용 대상 기업이다. 현재 「중소기업창업지원법」 제39조의3(부담금의 면제) 조항은 같은 법 제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여 사업을 개시한 날부터 7년 동안 다음 「농지법」 제38조 제1항에 따른 농지보전부담금을 면제한다고 규정하고 있다. 한편, 「중소기업창업지원법」 제33조(사업계획의 승인) 조항은 제조업을 영위하고자 하는 창업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하고, 이에 대한 시장, 군수 또는 구청장의 승인을 받아 사업을 할 수 있다고 규정하여 사업계획의 승인이 부담금의 면제에 선행하는 것임을 확인할 수 있다. 즉, 중소기업은 사업계획의 승인을 받기 위해서는 필연적으로 사업을 영위하기 위한 토지를 매입하여야 하고, 그 토지가 농지에 해당한다면 농지의 전용허가를 득하여야 하며, 동시에 농지보전부담금을 부담하게 되어 사업계획의 승인을 받기 전 즉 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 조건이 성취되기 전에 농지보전부담금을 부담하여야 하는 상황이 발생하게 되고, 현실적으로도 이런 일들이 많이 벌어지고 있는 것으로 알고 있다. 현실에서는 중소기업이 농지를 매입하여 농지의 전용허가 신청을 하고, 각종 허가를 신청함과 동시 또는 순차적으로 사업계획의 승인을 신청하는 경우에 「중소기업창업지원법」 제39조의3(부담금의 면제) 규정을 감안하여 농지전용부담금 납부고지를 미루거나, 납부를 유예한 상태에서 「중소기업창업지원법」 제33조에 따른 사업계획이 승인되면 농지전용부담금을 면제해주고 있다는 안내를 받았다. 이 사건 환급신청의 경우 법이 예상한 방법을 벗어나 ◎◎◎ 등이 농지를 매입하여, 농지의 전용허가 등 각종 허가를 득한 후, 「중소기업창업지원법」의 적용을 받는 청구인이 위 ○○리 ○○ 토지 등을 다시 매입하고, 각종 허가의 명의를 변경하는 방법으로 사업을 진행하였지만, 실질적으로 청구인이 모든 것을 부담하고 계획한 것이 분명함으로 기 납부한 농지보전부담금은 「중소기업창업지원법」 제39조의3(부담금의 면제)의 규정에 따라 환급되어야 할 것이다. 예를 들어 청구인이 현재 ○○군에서 진행 중인 사업을 직접 농지의 전용허가를 포함한 각종 허가를 신청하고, 이와 함께 사업계획의 승인을 신청하여 결과적으로 농지보전부담금을 면제받았을 경우와 차이를 둘 이유가 전혀 없기도 하다. 또한, 청구인이 사업을 진행함과 동시에 ○○군의 담당자로부터 안내가 바로 있었다면 마찬가지로 농지보전부담금을 면제받을 수 있었을 것이므로 이 역시 이 환급신청의 경우와 차이를 둘 이유가 없다고 할 것이다. 3) 결론 「중소기업창업지원법」은 청구인과 같은 중소기업의 설립을 촉진하고 성장 기반을 조성하여 중소기업의 건전한 발전을 통한 건실한 산업구조의 구축에 기여함을 목적으로 하고 있다. 「중소기업창업지원법」의 목적과 ○○군과 지역사회의 발전에 기여하고자 하는 중소기업이 그 창업 과정에서 법률의 규정을 정확히 알지 못하고 관할 관청으로부터 관련 안내도 받지 못한 사정으로 법의 규정에 의하여 충분히 면제받을 수 있었던 농지보전부담금을 늦게나마 환급받지 못한다면 이 또한 공평한 결과라 할 수 없을 것이다. 위 사실관계 등을 면밀히 검토하시어 기 납부한 농지보전부담금을 환급받을 수 있도록 청구취지와 같은 재결을 구한다. 나. 피청구인 주장 1) 「농지법」제38조 제5항은 농지관리기금을 운용·관리하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급하여야 한다고 규정하고 있고, 「창업 중소기업에 대한 농지보전부담금 면제절차 관련 업무처리지침(경기도 농업정책과 2020. 04. 13.)」공문에는 창업 중소기업에 대한 농지보전부담금 면제 절차에 대해 창업사업계획승인 의제 총괄부서에서 요청한 협의 건에 대하여만 농지보전부담금을 조건부로 면제한다고 규정하고 있으며, 「농지보전부담금 환급 관련 세부기준 검토결과 안내(경기도 농업정책과 2020.06.02.)」공문에는 농지보전부담금 환급 결정을 검토함에 있어 ①인허가 전 자격 충족여부 ② 감면요청(환급결정)시 자격 유지 여부 ③납부일로부터 5년 이내 여부를 확인하여 세 가지 조건을 모두 충족한 경우에만 환급 결정이 가능하다고 규정하고 있다. 2) 위와 같이 관련 법령 및 업무처리지침에서 농지보전부담금 환급을 결정하기 위해서는 해당 건축허가(농지전용협의)이전부터 환급 자격을 충족하여야 한다는 의미임에도 불구하고, 청구인은 최초 건축허가일인 2009. 5. 16. 및 건축변경허가(관계자변경)일인 2019. 8. 16. 일 기준으로 창업사업계획승인 자격을 충족하지 못하였다. 또한, 창업중소기업에 대한 농지보전부담금 면제 절차에 따르면, 사업계획승인 의제 총괄부서(○○군 일자리경제과)에서 요청한 협의 건에 대하여 농지보전부담금을 조건부로 면제한다고 규정되어 있음에 따라, 청구인이 2020. 4. 23. 창업사업계획 승인 이후에 농지보전부담금 환급 청구한 사항은 관련 지침에 적합하지 아니한 바, 농지보전부담금 환급 불가 결정이 위법·부당하다는 취지의 청구인의 주장은 이유 없다. 3) 따라서 피청구인이 청구인에게 한 이 사건 처분은 적법·타당한 처분이라 할 것이며 청구인의 주장은 이유가 없으므로, 위와 같은 사정을 고려하시어 청구인의 청구를 기각하여 주기 바란다. 3. 이 사건 청구의 위법·부당 여부 가. 관계법령 【농지법】 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ①농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 5. 27., 2013. 3. 23.> 1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우 3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우 4. 「산지관리법」 제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우 5. 「하천법」에 따라 하천관리청의 허가를 받고 농지의 형질을 변경하거나 공작물을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 ②주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다. <개정 2008. 2. 29., 2009. 5. 27., 2011. 4. 14., 2013. 3. 23.> 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역을 지정하거나 도시ㆍ군계획시설을 결정할 때에 해당 지역 예정지 또는 시설 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우. 다만, 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역을 다른 지역으로 변경하거나 이미 지정된 주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 도시ㆍ군계획시설을 결정하는 경우는 제외한다. 1의2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 계획관리지역에 지구단위계획구역을 지정할 때에 해당 구역 예정지에 농지가 포함되어 있는 경우 2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우 제42조(원상회복 등) ①농림축산식품부장관, 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 행위를 한 자에게 기간을 정하여 원상회복을 명할 수 있다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2017. 10. 31.> 1. 제34조제1항에 따른 농지전용허가 또는 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가를 받지 아니하고 농지를 전용하거나 다른 용도로 사용한 경우 2. 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고 또는 제36조의2에 따른 농지의 타용도 일시사용신고를 하지 아니하고 농지를 전용하거나 다른 용도로 사용한 경우 3. 제39조에 따라 허가가 취소된 경우 4. 농지전용신고를 한 자가 제39조에 따른 조치명령을 위반한 경우 ②농림축산식품부장관, 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장은 제1항에 따른 원상회복명령을 위반하여 원상회복을 하지 아니하면 대집행(代執行)으로 원상회복을 할 수 있다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23.> ③제2항에 따른 대집행의 절차에 관하여는 「행정대집행법」을 적용한다. 【중소기업창업지원법】 제33조(사업계획의 승인) ①제조업(「통계법」 제22조제1항에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 말한다)을 영위하고자 하는 창업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하고, 이에 대한 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장만을 말한다. 이하 같다)의 승인을 받아 사업을 할 수 있다. 사업자 또는 공장용지의 면적 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2013.8.6, 2017.11.28> ②시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항에 따른 사업계획의 승인을 할 때에는 그 공장의 건축면적이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제8조에 따른 기준공장면적률에 적합하도록 하여야 한다. ③시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항에 따른 사업계획의 승인 신청을 받은 날부터 20일 이내에 승인 여부를 알려야 한다. 이 경우 20일 이내에 승인 여부를 알리지 아니한 때에는 20일이 지난 날의 다음 날에 승인한 것으로 본다. ④중소벤처기업부장관은 창업에 따른 절차를 간소화하기 위하여 제1항에 따른 사업계획 승인에 관한 업무를 처리할 때 필요한 지침을 작성하여 고시할 수 있다. <개정 2017.7.26> 제39조의3(부담금의 면제) ① 제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여는 사업을 개시한 날부터 7년 동안 다음 각 호의 부담금을 면제한다. <신설 2015. 2. 3., 2018. 12. 31.> 1. 「농지법」 제38조제1항에 따른 농지보전부담금 나. 판 단 1) 인정사실 이 사건 행정심판 청구서, 답변서, 처분서 등의 기재 내용을 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. 가) 청구 외 ◎◎◎는 2019. 5. 16. 이 사건 토지에 관하여 건축허가(농지전용협의 포함)를 받고, 농지전용부담금 117,031,650 중 34,631,650원은 2019. 3. 12.에, 82,400,000원은 2019. 7. 15.에 모두 납부하였다. 나) 청구인은 위 ◎◎◎로부터 이 사건 토지를 매수하고, 2019. 8. 16. 피청구인으로부터 위 건축허가에 대한 변경허가(농지전용변경협의 : ◎◎◎→ 청구인)를 받고, 2020. 4. 23. 피청구인으로부터 「중소기업창업지원법」에 따른 창업사업계획승인을 받았다. 다) 청구인은 2020. 6. 30. 피청구인에게 농지보전부담금 환급신청을 하였고, 피청구인은 2021. 1. 12. 청구인에게 감면 자격을 인허가일 이전부터 충족할 것이라는 환급신청자격 요건을 미충족함을 이유로 이 사건 처분을 하였다. 2) 청구인은 이 사건 토지를 사실상 청구인의 사업을 위해 ◎◎◎ 명의로 취득하고 개발과 건축 등에 관한 허가를 받은 것으로 이후 청구인이 적법하게 ◎◎◎로부터 이 사건 토지를 매수하고 건축허가 변경허가도 받았고 청구인은 「중소기업창업지원법」 적용 대상 기업이므로 농지보전부담금은 면제되어야 하므로 ◎◎◎가 기 납부한 농지보전부담금은 환급되어야 한다고 주장하므로 살펴본다. 「중소기업창업지원법」 제39조의3 제1항에서는 ‘제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여는 사업을 개시한 날부터 7년 동안 다음 각 호의 부담금을 면제한다. 1. 「농지법」 제38조제1항에 따른 농지보전부담금’이라고 규정하고, 같은 법 제33조 제1항에서는 ‘제조업(「통계법」 제22조제1항에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 말한다)을 영위하고자 하는 창업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하고, 이에 대한 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장만을 말한다. 이하 같다)의 승인을 받아 사업을 할 수 있다.’고 규정하고 있다. 즉, 시장 등으로부터 창업사업계획 승인을 받은 창업자의 경우 「농지법」 제38조 제1항에 따른 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 것이다. 이 사건을 보건대, 청구 외 ◎◎◎는 2019. 5. 19. 이 사건 토지에 대한 건축허가를 받고 농지전용부담금을 2019. 3. 12. 및 2019. 7. 15. 에 나누어 모두 납부하였고, 청구인은 2020. 4. 23. 비로소 「중소기업창업지원법」에 따른 창업사업계획 승인을 받았다. 따라서 ◎◎◎가 이 사건 토지에 관한 건축허가를 받고 농지전용부담금을 납부한 것이 사실은 청구인의 사업을 위한 것이라고 하더라도 ◎◎◎와 청구인은 별개의 법인격으로, 「중소기업창업지원법」에서는 창업사업계획 승인을 받은 창업자에게 농지보전부담금을 면제를 규정하고 있는바, 청구 외 ◎◎◎는 위 법에 따른 창업자가 아니므로 농지전용부담금 면제대상이 아니고 따라서 피청구인이 위 ◎◎◎가 납부한 농지전용부담금을 환급할 의무는 없다고 할 것이다. 즉, 창업승인 이후에야 농지보전부담금 면제의 법률효과가 발생하는바, 「중소기업창업지원법」상 창업자가 제3자가 농지전용부담금을 이미 납부한 토지를 매수한 후 건축허가 변경허가를 받았다고 하더라도 농지부담금 면제의 효력이 제3자가 농지전용협의를 포함한 건축허가를 받은 때로 소급한다고 볼 수는 없다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유 없고, 그 외 이 사건 처분이 위법·부당하다는 점에 대한 입증도 없으므로 이 사건 처분은 적법·타당하다. 4. 결 론 그렇다면, 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.