폐수배출시설 설치신고 수리불가 취소청구

1. 사건개요 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○○로 ○○○, ○층에 본점을 두고 콘크리트용 화학 혼화제 등을 생산하는 사업자로, 용인시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ ○○ 11,378㎡에 ‘도시관리계획 도시계획시설(연구소)’인 ○○○○ ○○○센터(이하 ‘이 사건 연구시설’이라 한다)를 2020. 11. 6. 준공하여 운영하고 있다. 청구인은 2013. 2.경 이 사건 연구시설의 건축을 위해 용인시에 도시관리계획결정을 제안하였고, 용인시는 한강유역환경청장과 전략환경영향평가 협의내용 등을 기초로 2014. 1. 28. 용인도시관리계획(연구시설: ○○○○○○○) 결정 고시하였는데, 그 결정 조건으로 ‘전략환경영향평가에 따른 조치계획을 성실히 이행할 것과, 결정조건 미이행 시 도시관리계획 결정이 취소될 수 있음’을 명기하였다. 청구인은 2024. 4. 15. 피청구인에게 이 사건 연구시설에 대하여 폐수배출시설 설치 신고를 하였고, 피청구인은 같은 해 5. 27. 청구인에게 당초 실시한 전략환경영향평가 협의내용을 준수하여야 한다는 이유로 폐수배출시설 설치신고 수리 불가함을 통보하였다. 청구인은 2025. 1. 22. 피청구인에게 재차 이 사건 연구시설에 대한 폐수배출시설 설치 신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 하였고, 피청구인은 2025. 2. 24. 청구인에게 2024. 5. 27.자 수리 불가 사유와 동일한 사유로 청구인의 폐수배출시설 설치 신고 수리 불가(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 통지하였다. 2. 이 사건 처분의 위법ㆍ부당 여부 가. 관계법령 【환경영향평가법】 제46조의2(변경협의) ① 사업자는 제43조부터 제45조까지의 규정에 따라 협의한 사업계획 등을 변경하는 경우로서 원형대로 보전하도록 한 지역 또는 개발에서 제외하도록 한 지역을 추가로 개발하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하면 사업계획 등의 변경에 따른 환경보전방안을 마련하여 이를 변경하는 사업계획 등에 반영하여야 한다. ② 승인등을 받아야 하는 사업자는 제1항에 따라 사업계획 등을 변경하려는 경우에는 환경보전방안에 대하여 미리 승인기관의 장의 검토를 받아야 한다. ③ 승인등을 받지 아니하여도 되는 사업자가 제1항에 따라 환경보전방안을 마련하거나 승인기관의 장이 제2항에 따라 환경보전방안을 검토하는 경우에는 환경부장관의 의견을 들어야 한다. ④ 제1항에 따른 환경보전방안의 반영 여부에 대한 확인ㆍ통보에 관하여는 제30조제2항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “협의 내용”은 “환경보전방안”으로 본다. [본조신설 2017. 11. 28.] 【구 환경영향평가법 시행령】(2016. 11. 29. 대통령령 제27637호로 일부개정되기 전의 것) ■ [별표 2] <개정 2015. 12. 30.> <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025676"></img> 【환경영향평가법 시행령】 제7조(전략환경영향평가 대상계획의 종류) ② 법 제9조제2항에 따른 전략환경영향평가 대상계획(이하 “전략환경영향평가 대상계획”이라 한다)의 구체적인 종류는 별표 2와 같다. ■ 환경영향평가법 시행령 [별표 2] <개정 2025. 2. 18.> <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025678"></img> 제59조(소규모 환경영향평가 대상사업 및 범위) 법 제43조제1항에 따른 소규모 환경영향평가를 실시하여야 하는 지역, 개발사업의 종류 및 범위는 별표 4와 같다. ■ 환경영향평가법 시행령 [별표 4] <개정 2025. 2. 18.> <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025680"></img> 제63조의2(소규모 환경영향평가서의 변경협의) ① 법 제46조의2제1항에서 “원형대로 보전하도록 한 지역 또는 개발에서 제외하도록 한 지역을 추가로 개발하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2019. 12. 31., 2023. 12. 19.> 1. 협의기준을 변경하는 경우 2. 법 제45조제1항에 따른 협의 내용에 포함된 사업 규모가 사업의 승인등을 받은 날부터 10년 이내에 30퍼센트 이상 증가되는 경우(누적된 변경으로 증가한 규모가 법 제45조제1항에 따른 협의 및 법 제46조의2에 따른 변경협의 내용에 포함된 규모보다 30퍼센트 이상인 경우를 포함한다) 또는 사업 규모의 증가로 사업의 승인등을 받은 날부터 10년 이내에 증가되는 부지면적이 별표 4에 따른 소규모 환경영향평가 대상사업의 규모 이상인 경우. 다만, 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제2조제4호의2에 따른 지적확정측량에 따라 사업면적이 증가되거나 이미 협의한 사업계획 등에 따라 준공된 선형사업이 추가로 증가되는 경우 또는 선형사업이 최소 지역범위(평가항목별 영향을 받게 되는 지역 중 최소 지역범위를 말한다)에서 증가되는 경우는 제외한다. 3. 법 제45조제1항에 따른 협의 내용에 포함된 부지면적(법 제46조의2에 따른 변경협의를 한 경우에는 최종 협의 내용에 포함된 전체 부지면적을 말한다)의 30퍼센트 이상을 토지이용계획으로 변경하는 경우(법 제45조제1항에 따른 협의, 법 제46조의2제3항에 따른 변경협의를 한 후 해당 협의에 포함된 최종 부지면적의 30퍼센트 미만으로 토지이용계획이 여러 차례 변경된 때에는 그 여러 차례 변경된 면적을 누적하여 토지이용계획으로 변경하는 면적을 산정한다). 다만, 협의 내용에 포함된 녹지면적이 감소하지 않는 경우는 제외한다. 4. 법 제45조제1항에 따른 협의 내용에서 원형대로 보전하거나 개발에서 제외하도록 한 지역의 5퍼센트를 초과하여 토지이용계획을 변경하는 경우(누적된 변경으로 증가한 면적이 5퍼센트를 초과하는 경우를 포함한다) 5. 사업계획 등을 승인하거나 사업계획 등을 확정한 후 5년 이내에 사업을 착공하지 아니한 경우. 다만, 사업을 착공하지 아니한 기간 동안 주변 여건이 경미하게 변한 경우로서 승인기관장등이 환경부장관과 협의한 경우에는 그러하지 아니하다. 【물환경보전법】 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2016. 1. 27., 2017. 1. 17., 2018. 10. 16., 2021. 4. 13.> 1. “물환경”이란 사람의 생활과 생물의 생육에 관계되는 물의 질(이하 “수질”이라 한다) 및 공공수역의 모든 생물과 이들을 둘러싸고 있는 비생물적인 것을 포함한 수생태계(水生態系, 이하 “수생태계”라 한다)를 총칭하여 말한다. 1의2. “점오염원”(點汚染源)이란 폐수배출시설, 하수발생시설, 축사 등으로서 관로ㆍ수로 등을 통하여 일정한 지점으로 수질오염물질을 배출하는 배출원을 말한다. 2. “비점오염원”(非點汚染源)이란 도시, 도로, 농지, 산지, 공사장 등으로서 불특정 장소에서 불특정하게 수질오염물질을 배출하는 배출원을 말한다. 3. “기타수질오염원”이란 점오염원 및 비점오염원으로 관리되지 아니하는 수질오염물질을 배출하는 시설 또는 장소로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다. 4. “폐수”란 물에 액체성 또는 고체성의 수질오염물질이 섞여 있어 그대로는 사용할 수 없는 물을 말한다. 7. “수질오염물질”이란 수질오염의 요인이 되는 물질로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다. 8. “특정수질유해물질”이란 사람의 건강, 재산이나 동식물의 생육(生育)에 직접 또는 간접으로 위해를 줄 우려가 있는 수질오염물질로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다. 제33조(배출시설의 설치 허가 및 신고) ① 배출시설을 설치하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환경부장관의 허가를 받거나 환경부장관에게 신고하여야 한다. 다만, 제9항에 따라 폐수무방류배출시설을 설치하려는 자는 환경부장관의 허가를 받아야 한다. <개정 2018. 10. 16.> ② 제1항에 따라 허가를 받은 자가 허가받은 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에는 변경허가를 받아야 한다. 다만, 그 밖의 사항 중 환경부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우 또는 환경부령으로 정하는 사항을 변경한 경우에는 변경신고를 하여야 한다. ③ 제1항에 따라 신고를 한 자가 신고한 사항 중 환경부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우 또는 환경부령으로 정하는 사항을 변경한 경우에는 환경부령으로 정하는 바에 따라 변경신고를 하여야 한다. ④ 환경부장관은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 신고 또는 변경신고를 받은 날부터 환경부령으로 정하는 기간 내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다. <신설 2018. 10. 16.> ⑤ 환경부장관이 제4항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다. <신설 2018. 10. 16.> ⑥ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 허가ㆍ변경허가를 받으려 하거나 신고ㆍ변경신고를 하려는 자가 제35조제1항 단서에 해당하는 경우와 같은 조 제4항에 따른 공동방지시설을 설치 또는 변경하려는 경우에는 환경부령으로 정하는 서류를 제출하여야 한다. <개정 2018. 10. 16.> ⑦ 환경부장관은 상수원보호구역의 상류지역, 특별대책지역 및 그 상류지역, 취수시설이 있는 지역 및 그 상류지역의 배출시설로부터 배출되는 수질오염물질로 인하여 환경기준을 유지하기 곤란하거나 주민의 건강ㆍ재산이나 동식물의 생육에 중대한 위해를 가져올 우려가 있다고 인정되는 경우에는 관할 시ㆍ도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 배출시설의 설치(변경을 포함한다)를 제한할 수 있다. <개정 2018. 10. 16.> ⑧ 제7항에 따라 배출시설의 설치를 제한할 수 있는 지역의 범위는 대통령령으로 정하고, 환경부장관은 지역별 제한대상 시설을 고시하여야 한다. <개정 2018. 10. 16.> ⑨ 제7항 및 제8항에도 불구하고 환경부령으로 정하는 특정수질유해물질을 배출하는 배출시설의 경우 배출시설의 설치제한지역에서 폐수무방류배출시설로 하여 이를 설치할 수 있다. <개정 2018. 10. 16.> ⑩ 제9항에 따라 배출시설의 설치제한지역에서 폐수무방류배출시설을 설치할 수 있는 지역 및 시설은 환경부장관이 정하여 고시한다. <개정 2018. 10. 16.> ⑪ 제1항 및 제2항에 따른 허가 또는 변경허가의 기준은 다음 각 호와 같다. <개정 2018. 10. 16.> 1. 배출시설에서 배출되는 오염물질을 제32조에 따른 배출허용기준 이하로 처리할 수 있을 것 2. 다른 법령에 따른 배출시설의 설치제한에 관한 규정에 위반되지 아니할 것 3. 폐수무방류배출시설을 설치하는 경우에는 폐수가 공공수역으로 유출ㆍ누출되지 아니하도록 대통령령으로 정하는 시설 전부를 대통령령으로 정하는 기준에 따라 설치할 것 [전문개정 2013. 7. 30.] 【물환경보전법 시행령】 제31조(설치허가 및 신고 대상 폐수배출시설의 범위 등) ① 법 제33조제1항 본문에 따라 설치허가를 받아야 하는 폐수배출시설(이하 “배출시설”이라 한다)은 다음 각 호와 같다. <개정 2012. 7. 20., 2014. 11. 24., 2019. 10. 15.> 1. 특정수질유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 배출되는 배출시설 2. 「환경정책기본법」 제38조에 따른 특별대책지역(이하 “특별대책지역”이라 한다)에 설치하는 배출시설 3. 법 제33조제8항에 따라 환경부장관이 고시하는 배출시설 설치제한지역에 설치하는 배출시설 4. 「수도법」 제7조에 따른 상수원보호구역(이하 “상수원보호구역”이라 한다)에 설치하거나 그 경계구역으로부터 상류로 유하거리(流下距離) 10킬로미터 이내에 설치하는 배출시설 5. 상수원보호구역이 지정되지 아니한 지역 중 상수원 취수시설이 있는 지역의 경우에는 취수시설로부터 상류로 유하거리 15킬로미터 이내에 설치하는 배출시설 6. 법 제33조제1항 본문에 따른 설치신고를 한 배출시설로서 원료ㆍ부원료ㆍ제조공법 등이 변경되어 특정수질유해물질이 제1호에 따른 기준 이상으로 새로 배출되는 배출시설 ② 법 제33조제1항 본문에 따라 배출시설의 설치신고를 하여야 하는 경우는 다음 각 호와 같다. <개정 2014. 11. 24., 2017. 1. 17.> 1. 제1항에 따른 설치허가 대상 배출시설 외의 배출시설을 설치하는 경우 2. 제1항 각 호에 해당하는 배출시설 중 폐수를 전량 위탁처리하는 경우로서 위탁받은 폐수를 처리하는 시설이 제1항제2호부터 제5호까지의 규정에서 정하는 지역 또는 구역 밖에 있는 경우 3. 제1항제2호부터 제5호까지에 해당하는 배출시설 중 특정수질유해물질이 제1항제1호에 따른 기준 이상으로 배출되지 아니하는 배출시설로서 배출되는 폐수를 전량 공공폐수처리시설 또는 공공하수처리시설에 유입시키는 경우 제31조(설치허가 및 신고 대상 폐수배출시설의 범위 등) ① 법 제33조제1항 본문에 따라 설치허가를 받아야 하는 폐수배출시설(이하 “배출시설”이라 한다)은 다음 각 호와 같다. <개정 2012. 7. 20., 2014. 11. 24., 2019. 10. 15.> 1. 특정수질유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 배출되는 배출시설 2. 「환경정책기본법」 제38조에 따른 특별대책지역(이하 “특별대책지역”이라 한다)에 설치하는 배출시설 3. 법 제33조제8항에 따라 환경부장관이 고시하는 배출시설 설치제한지역에 설치하는 배출시설 4. 「수도법」 제7조에 따른 상수원보호구역(이하 “상수원보호구역”이라 한다)에 설치하거나 그 경계구역으로부터 상류로 유하거리(流下距離) 10킬로미터 이내에 설치하는 배출시설 5. 상수원보호구역이 지정되지 아니한 지역 중 상수원 취수시설이 있는 지역의 경우에는 취수시설로부터 상류로 유하거리 15킬로미터 이내에 설치하는 배출시설 6. 법 제33조제1항 본문에 따른 설치신고를 한 배출시설로서 원료ㆍ부원료ㆍ제조공법 등이 변경되어 특정수질유해물질이 제1호에 따른 기준 이상으로 새로 배출되는 배출시설 ② 법 제33조제1항 본문에 따라 배출시설의 설치신고를 하여야 하는 경우는 다음 각 호와 같다. <개정 2014. 11. 24., 2017. 1. 17.> 1. 제1항에 따른 설치허가 대상 배출시설 외의 배출시설을 설치하는 경우 2. 제1항 각 호에 해당하는 배출시설 중 폐수를 전량 위탁처리하는 경우로서 위탁받은 폐수를 처리하는 시설이 제1항제2호부터 제5호까지의 규정에서 정하는 지역 또는 구역 밖에 있는 경우 제32조(배출시설 설치제한 지역) 법 제33조제8항에 따라 배출시설의 설치를 제한할 수 있는 지역의 범위는 다음 각 호와 같다. <개정 2012. 1. 17., 2012. 7. 20., 2014. 11. 24., 2017. 1. 17., 2019. 10. 15.> 1. 취수시설이 있는 지역 2. 「환경정책기본법」 제38조에 따라 수질보전을 위해 지정ㆍ고시한 특별대책지역 3. 「수도법」 제7조의2제1항에 따라 공장의 설립이 제한되는 지역(제31조제1항제1호에 따른 배출시설의 경우만 해당한다) 4. 제1호부터 제3호까지에 해당하는 지역의 상류지역 중 배출시설이 상수원의 수질에 미치는 영향 등을 고려하여 환경부장관이 고시하는 지역(제31조제1항제1호에 따른 배출시설의 경우만 해당한다) 제44조(기준 이내 배출량의 산정 등) ② 확정배출량은 다음 각 호의 방법에 따라 산정한다. <개정 2023. 4. 4.> 1. 확정배출량은 부과기간의 일일평균 기준 이내 배출량에 부과기간 중의 실제 조업일수를 곱하여 산정한 양을 킬로그램 단위로 표시한 양으로 한다. 2. 제1호에 따른 일일평균 기준 이내 배출량은 법 제46조에 따른 수질오염물질 측정결과를 기준으로 다음 각 목의 방법에 따라 산정한다. 가. 일일평균 기준 이내 배출량은 일일평균배출량에서, 방류수수질기준농도에 일일평균유량을 곱하여 산정된 배출량을 뺀 나머지 양으로 한다.\ 나. 일일평균배출량은 배출구별로 법 제46조에 따라 측정된 각각의 일일오염물질배출량을 합산한 후 이를 수질오염물질 측정횟수로 나누어 산정한다. 다만, 부과기간에 법 제68조에 따른 검사결과를 통보받은 경우에는 법 제46조에 따른 수질오염물질 측정결과에 따라 산정된 일일평균배출량과 통보받은 일일오염물질배출량을 합산한 후, 검사횟수에 1을 더한 값으로 나누어 산정한다. 다. 일일오염물질배출량은 측정 당시의 배출농도에 그 날의 폐수총량(이하 “일일유량”이라 한다)을 곱하여 산정하고, 일일유량의 산정에 관하여는 제47조제4항을 준용하되, 공공하수처리시설의 경우에는 그 운영자가 하수처리구역에서 유입되는 별표 13에 따른 제1종부터 제4종까지의 사업장의 폐수량을 측정하는 경우에는 측정폐수량으로 하고, 측정하지 아니하는 경우에는 별표 13에 따른 제1종부터 제4종까지의 사업장이 법 제33조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 배출시설 설치허가ㆍ변경허가를 신청하거나 신고ㆍ변경신고를 할 때에 제출한 자료, 법 제38조제3항에 따른 배출시설 및 방지시설 운영기록부 및 법 제68조에 따른 검사결과 등을 기초로 산정하여 제출하는 자료로 한다. <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025940"></img> 제81조(권한의 위임) ① 환경부장관은 법 제74조제1항에 따라 다음 각 호의 권한을 시ㆍ도지사에게 위임한다. <개정 2012. 1. 17., 2012. 7. 5., 2014. 1. 28., 2015. 5. 26., 2017. 1. 17., 2019. 10. 15., 2020. 11. 24., 2021. 11. 23., 2025. 1. 21.> 2. 법 제33조제1항에 따른 배출시설의 설치허가ㆍ신고수리 및 폐수무방류배출시설의 설치허가, 같은 조 제2항 및 제3항에 따른 배출시설의 변경허가ㆍ변경신고수리 및 폐수무방류배출시설의 변경허가 【물환경보전법 시행규칙】[시행 2025. 4. 11.] [환경부령 제1169호, 2025. 4. 11., 타법개정] 제4조(특정수질유해물질) 법 제2조제8호에 따른 특정수질유해물질은 별표 3과 같다. ■ 물환경보전법 시행규칙 [별표 3] <개정 2017. 1. 19.> 특정수질유해물질(제4조 관련) 1. 구리와 그 화합물 2. 납과 그 화합물 3. 비소와 그 화합물 4. 수은과 그 화합물 5. 시안화합물 6. 유기인 화합물 7. 6가크롬 화합물 8. 카드뮴과 그 화합물 9. 테트라클로로에틸렌 10. 트리클로로에틸렌 11. 삭제 <2016. 5. 20.> 12. 폴리클로리네이티드바이페닐 13. 셀레늄과 그 화합물 14. 벤젠 15. 사염화탄소 16. 디클로로메탄 17. 1, 1-디클로로에틸렌 18. 1, 2-디클로로에탄 19. 클로로포름 20. 1,4-다이옥산 21. 디에틸헥실프탈레이트(DEHP) 22. 염화비닐 23. 아크릴로니트릴 24. 브로모포름 25. 아크릴아미드 26. 나프탈렌 27. 폼알데하이드 28. 에피클로로하이드린 29. 페놀 30. 펜타클로로페놀 31. 스티렌 32. 비스(2-에틸헥실)아디페이트 33. 안티몬 【한강유역 폐수배출시설 설치제한을 위한 대상 지역 및 시설 지정】 제2조(배출시설설치제한지역) 이 고시에 의해 폐수배출시설의 설치를 제한하는 대상지역(이하 "배출시설설치제한지역"이라 한다)은 별표 1과 같다. 다만, 별표1에서 지정한 지역 중에서 최종 방류 폐수가 한강수계가 아닌 다른 수계로 배출되는(폐수 방류구 위치 조정, 지반 조정 등 임의로 수계를 변경하여 배출하는 경우를 제외) 지역은 제외한다. [별표 1] 배출시설 설치제한 지역 □ 팔당호등 영향권역 <경기도> : 11시ㆍ군 63읍ㆍ면 <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025942"></img> 【행정기본법】[시행 2025. 3. 18.] [법률 제20824호, 2025. 3. 18., 일부개정] 제34조(수리 여부에 따른 신고의 효력) 법령등으로 정하는 바에 따라 행정청에 일정한 사항을 통지하여야 하는 신고로서 법률에 신고의 수리가 필요하다고 명시되어 있는 경우(행정기관의 내부 업무 처리 절차로서 수리를 규정한 경우는 제외한다)에는 행정청이 수리하여야 효력이 발생한다. 나. 판 단 1) 인정사실 이 사건 청구서 및 답변서, 폐수배출시설 설치 신고서, 용인시 고시 제2014-30호, ○○○○경기행심○○○ 재결서, 이 사건 처분서 등에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다. 가) 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○○로 ○○○, ○층에 본점을 두고 콘크리트용 화학 혼화제 등을 생산하는 주식회사로, 용인시 ○○구 ○○동 ○○○-○○ ○○ 11,378㎡에 ‘도시관리계획 도시계획시설(연구소)’인 ○○○○ ○○○센터를 건축하여 운영하고 있다. 나) 청구인은 이 사건 연구시설 건축을 위해 2013. 2. 용인시에 도시관리계획결정 제안서를 접수하였고 용인시는 2013. 11. 「구 환경영향평가법 시행령」(대통령령 제27637호로 일부개정되기 전의 것) 제7조 제2항에 따라 한강유역환경청장과 전략환경영향평가 협의를 완료하였다. 한강유역환경청장은 전략환경영향평가 협의내용으로 해당 사업부지 내에 폐수배출시설 입지를 제한하여야 한다는 내용을 아래와 같이 제시하였다. 다) 용인시는 전략환경영향평가 협의내용 등을 기초로 2014. 1. 28. 용인도시관리계획(연구시설: ○○○○○○○) 결정 고시(용인시 고시 제2014-30호)하였고, 그 결정 조건으로 ‘전략환경영향평가에 따른 조치계획을 성실히 이행할 것과, 결정조건 미이행 시 도시관리계획 결정이 취소될 수 있음’을 명기하였다. 라) 청구인은 2014. 10. 27. 이 사건 연구시설에 대한 건축허가를 받았으나, 청구인이 2016. 1. 11. 용인시에 도시계획시설 협의내용 이행계획서를 제출하면서 하루 0.04㎥의 폐수가 발생한다고 기재하였고, 용인시는 2016. 4. 1. 청구인이 도시관리계획결정 및 실시계획인가 조건인‘폐수 미발생 조건’을 위반하였다는 사유로 건축허가를 취소하였다. 마) 이에 청구인은 2016. 4. 20. 경기도행정심판위원회에 ○○○○경기행심○○○호로 건축허가 취소처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였고, 위 위원회는 2016. 7. 13. 도시관리계획 결정 및 실시계획 인가 조건에서 이 사건 부지에 연구시설 건설의 조건으로 삼은 것은 ‘폐수 미발생’이 아니라 ‘폐수배출시설 입지’를 제한하는 취지이며, 이 사건 연구시설의 폐수발생량이 폐수배출시설 기준 미만이므로 폐수배출시설에 해당하지 않아 도시관리계획 결정조건 위반이 아니라고 판단하여 청구인의 청구를 인용하였다. 바) 청구인은 2020. 11. 6. 이 사건 연구시설을 준공하였다. 사) 청구인은 2022. 7. 1. 용인시장에게 이 사건 연구시설의 운영계획 변경이 필요하여 폐수배출시설 설치 신고를 하고자 하는데, 기존 전략환경영향평가서상 협의의견 내용을 변경하기 위한 변경협의 대상에 해당하는지 질의하였고, 용인시장(환경과)은 같은 해 7. 27. ‘환경부 국토환경정책과 및 한강유역환경청 환경평가과 확인 결과, 금회 사업계획 변경내용은 「환경영향평가법」 제46조의2 및 시행령 제63조2에 따른 소규모환경영향평가 변경협의 대상에 해당하지 않으며, 사업계획 변경시 환경영향이 최소화되도록 구체적인 저감방안을 마련하여 승인부서의 검토를 받으라’고 회신하였다. 아) 청구인은 2024. 4. 15. 피청구인에게 이 사건 연구시설에 아래와 같은 내용으로 폐수배출시설 설치 신고를 하였다. 자) 피청구인은 2024. 5. 27. 청구인에게 폐수배출시설 설치 신고에 대하여 부서협의 결과 아래와 같이 당초 실시한 전략환경영향평가 협의내용을 준수하여야 한다는 이유로 폐수배출시설 설치신고 수리 불가함을 통보하였다. 차) 이에 청구인은 2024. 7. 피청구인에게 이의신청하였고, 피청구인은 2024. 8. 23. 청구인에게 ‘당시 폐수배출시설의 입지를 제한한 것은 국토계획법에 따른 도시계획시설 결정조건으로, 사업계획 제출에 따른 협의(동의) 하에 사업승인 조건부로 실시계획인가된 사항으로 기조건을 준수하여야 함’이라는 사유로 이의신청 기각결정을 통지하였다. 카) 청구인은 2025. 1. 22. 피청구인에게 2024. 4. 15.자. 신고와 같은 내용으로 이 사건 연구시설에 폐수배출시설 설치 신고를 하였다. 타) 피청구인은 2025. 2. 24. 청구인에게 2024. 5. 27.자 수리 불가 사유와 동일한 사유로 이 사건 처분인 폐수배출시설 설치 신고 수리 불가를 통지하였다. 2) 본안전 항변에 대한 판단 가) 피청구인은, 청구인의 2024. 4. 15.경 폐수배출시설 설치 신고와 이 사건 처분의 원인이 된 청구인의 2025. 1. 22.경 이 사건 신고는 실질적으로 동일한 내용이고, 이 사건 처분은 피청구인의 2024. 5. 27.경 폐수배출시설 설치 신고 불가 통보와 동일한 처분으로 새로운 처분이라고 볼 수 없으므로, 2024. 5. 27.경 이 사건 처분일을 기준으로 90일 이내 또는 이의신청에 대한 2024. 8. 23.자 불인용 통지일로부터 90일 이내 행정심판을 제기하였어야 하나, 이 사건 청구는 역수상 청구기간이 경과되었음이 명백하므로 「행정심판법」 제27조 제1항이 정하는 불변기간을 경과하여 부적법 각하되어야 한다고 주장한다. 나) 살피건대, 거부처분은 관할 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한 경우에는 새로운 거부처분이 있는 것으로 보아야 할 것인바(대법원 2002. 3. 29. 2000두6084 판결, 대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두52764 판결 참조), 2024. 5. 27. 피청구인으로부터 폐수배출시설 설치 신고 불가 통보를 받은 바 있는 청구인이 2025. 1. 22.경 동일한 내용의 폐수배출시설 설치 신고를 한 것에 대하여 피청구인이 2025. 2. 24. 폐수배출시설 설치신고 수리 거부 처분을 한 것은 새로운 거부처분에 해당한다고 할 것이고, 위 거부처분일로부터 90일 이내에 제기된 이 사건 심판청구는 적법하므로, 이 부분에 대한 피청구인의 주장은 받아들이지 아니한다. 3) 이 사건 처분의 적법 여부 가) 2014년 이 사건 도시계획시설 결정 당시에는 「구 환경영향평가법 시행령」(2016. 11. 29. 대통령령 제27637호로 일부 개정되기 전의 것) 제7조 제2항에 따라 도시관리계획의 기반시설 설치가 전략환경영향평가 대상이었으나, 위 시행령이 일부 개정됨에 따라 도시관리계획에 따른 도시계획시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 계획은 전략환경평가 대상에서 제외되고 소규모영향평가 대상으로 전환되어, 현재 이 사건 도시계획시설은 소규모영향평가 대상에 해당한다. 나) 환경부는 질의회신에서, 위 시행령의 개정 이전에 도시기반시설 설치를 위한 도시관리계획 결정을 위해 전략환경영향평가 협의를 완료한 경우에는 소규모환경영향평가를 받은 것으로 간주되며, 소규모 환경영향평가 협의한 사업자가 사업계획을 변경하는 경우 같은 법 제46조의2 및 시행령 제63조의2에 따른 변경협의 사유(협의기준 변경, 사업규모 30% 이상 증가, 토지이용계획 30% 변경, 원형보전지역 등 5% 이상 개발, 승인 후 5년 이내 미착공)에 해당하는 경우에는 변경협의 절차를 이행하여야 하나, 변경협의 대상에 해당하지 않는 경우, 사업자는 배출시설 설치 시 환경영향이 최소화되도록 구체적인 저감방안을 마련하고, 승인기관의 장은 변경사항이 적정한지 등을 종합적으로 검토하여 변경승인 여부를 판단하는 것이 바람직하다는 취지로 회신하였다. 다) 한편, 피청구인과 용인시 사이의 문건에 의하면, 청구인의 이 사건 신고 건은 소규모 환경영향평가 재협의 및 변경협의 대상에 해당하지 않는 것으로 되어 있고, 이 사건에서 피청구인은 이에 대하여 다투지 않는 것으로 보인다. 라) 그렇다면, 피청구인은 이 사건 배출시설 설치와 관련하여 청구인이 마련한 환경영향 저감방안이 적정한지 여부에 대한 종합적인 검토를 하여 변경승인 여부를 판단하였어야 하나, 이러한 절차를 거치지 않고 선행 도시계획시설결정 처분의 부가조건에 위배된다는 이유만으로 수리를 거부한 것은 아래 사정에 비추어 볼 때, 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하거나 부당하다고 판단된다. (1) 청구인이 설치하고자 하는 폐수배출시설에서 배출되는 폐수에 포함된 오염물질은 PH, TOC, SS, N-H(광유), T-P, 음이온계면활성제, 생태독성이고, 이 중에 ‘특정수질유해물질’에 해당하는 오염물질은 없으며, 배출되는 오염물질도 모두 배출허용기준 이내에 있고, 폐수처리업자에게 전량 위탁처리할 예정이라고 하므로, 청구인의 사업장에서 직접 공공의 수로로 유출될 가능성은 없는 것으로 보인다. 「물환경보전법」 제33조 제1항 및 같은 법 시행령 제31조 제2항에 따르면, 특정수질유해물질 배출량이 허가 기준을 초과하지 않는 배출시설은 설치허가가 아닌 설치신고 대상에 해당하는바, 이 사건 연구시설에서 배출되는 폐수는 「물환경보전법」 제2조 제8호 및 같은 법 시행규칙 [별표 3]에 따른 특정수질유해물질에 해당하는 오염물질을 포함하지 않으며 배출되는 오염물질은 모두 배출허용기준을 충족하여, 설치신고 대상 시설에 해당한다. (2) 위 설치신고는 수리를 요하는 신고로서, 형식적 요건을 갖추어 시장 등 행정관청에 적법하게 신고한 경우, 행정관청은 그 신고를 수리하여야지 실체적인 이유를 내세워 신고 수리를 거부할 수 없고(대법원 2014. 10. 15. 선고 2014두37658 판결 참조), 행정청이 법령이 정한 요건 이외의 사유를 들어 수리를 거부하는 것은 위 법령의 목적에 비추어 이를 거부해야 할 중대한 공익상의 필요가 있다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한한다(대법원 2017. 5. 30. 선고 2017두34087 판결 참조). 한편, 거부해야 할 중대한 공익상의 필요가 있다는 점에 대하여는 피청구인이 주장·입증을 하여야 하나, 이 사건에 있어서 피청구인은 이에 대하여 구체적인 주장이나 입증자료를 전혀 제출하지 않고 있다. (3) 「물환경보전법 시행령」[별표 13]은 폐수의 확정배출량을 기준으로 제1종부터 제5종으로 나누고 있고, 그중 가장 낮은 수준의 폐수배출시설에 해당하는 제5종 사업장은 1일 50㎥ 미만의 폐수를 배출하는 것을 기준으로 하는데, 이 사건 폐수배출시설은 최대 1일 1.53㎥에 불과하다. 이 사건 시설은 연구시설로서 순수한 연구시설임이 확인이 되고 청구인의 생산공장은 아산공장에 소재하고 있는 것으로 보아 폐수배출량이 많지 않을 것으로 보인다. (4) 청구인은 인근에 있는 초등학교 등하교 시간을 피하여 위탁처리 차량이 월 1-2회 연구소 진출입로를 이용하도록 할 계획이라고 하며, 아파트 후문 진입로와 간섭이 발생하지 않도록 해당 지역에 1명, 연구시설과 초등학교를 접하는 교차로 인근에 2명, 총 3명의 신호수를 배치하고 필요시 초등학교 등하굣길 교통도우미 인원을 추가 배정하여 안전에 만전을 기할 계획이라고 한다. 3. 결 론 그렇다면, 청구인의 주장을 인정할 수 있으므로 청구인의 청구를 받아들이기로 하여 주문과 같이 재결한다.