협의기준초과부담금부과처분취소청구

1. 사건개요 피청구인은 2004. 11. 10. 청구인이 운영하는 폐기물소각시설(이하 "이 건 소각시설"이라 한다)의 대기오염배출농도가 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제33조에 의한 협의기준을 초과하였다는 이유로 청구인에 대하여 총 3억 2,849만 4,930원의 환경영향평가 협의기준초과부담금을 부과(이하 "이 건 처분"이라 한다)하였다. 2. 청구인 주장 이에 대하여, 청구인은 다음과 같이 주장한다. 가. 청구인은 150톤/일 처리규모의 폐기물소각시설 2기를 보유하고 일반ㆍ지정폐기물처리업 허가를 받아 일반폐기물(처리량 240톤/일)과 지정폐기물인 폐유(처리량 30톤/일)를 소각처리하는 폐기물처리업체로서, 청구인이 이 사업을 양수하기 전에 ○○개발(주)이 폐기물처리업을 허가받기 위하여 환경영향평가를 완료하였고, 1994. 4. 18. 구 「환경영향평가법」상 협의내용을 피청구인으로부터 통보받았으며, 1994년 8월경 이 건 소각시설의 시설공사를 착공하여 1997년 12월경 공사를 완공하고 1999년 10월경부터 시설운영을 시작하였으나 3년여에 걸친 인근주민들의 소각시설 설치 반대시위 등으로 인하여 시설이 가동중단 상태에 있다가 2002. 6. 22. 청구인이 이를 양수한 것으로, 청구인은 이 건 소각시설을 양수할 당시 피청구인이나 ○○개발(주)로부터 환경영향평가 협의내용에 대하여 자세한 내용을 듣지 못하였고 소각시설의 운영인력이 전부 교체되어 환경영향평가 협의내용을 상세히 파악하지 못한 상황에서 이 건 소각시설을「대기환경보전법」상의 배출허용기준에 맞게 운영하면 될 것으로 생각하고 운영하였다. 나. 협의기준초과부담금제도는 구「환경영향평가법」(1997. 3. 7. 법률 제5302호) 제27조의2제1항 및 동법 시행령 제14조의3에 의하여 새로 도입된 제도로서, 당초에 ○○개발(주)가 환경영향평가 협의내용을 협의하고 피청구인으로부터 환경영향평가협의내용을 통보받은 1994. 4. 18.경은 협의기준초과부담금제도가 도입되기 이전으로, 환경영향평가 협의당시 협의내용에 포함되어 있는 배출기준은 단순히 설계기준으로 예측된 자료이고 협의기준초과부담금의 부과기준이 되는 동법령상 ‘협의기준’은 아니라 할 것이므로, 협의기준초과부담금 제도가 법률에 규정되기 이전에 환경영향평가 협의내용에 포함되어 있던 협의기준을 초과한다고 하여 부담금을 부과하는 것은 법률을 소급적용하는 것으로 법률불소급원칙에 위반된다. 다. 구「환경영향평가법」제27조의2제1항에 의한 협의기준초과부담금 부과대상사업은 동법 제18조제1항의 규정에 의하여 승인기관의 장 등에게 통보한 협의내용으로서 동법 제19조제2항의 규정에 의하여 사업계획 등에 반영ㆍ확정된 협의기준이 포함되어 있는 경우라 할 것인바, ○○개발(주)와 청구인은 피청구인이 1999. 7. 30. 지정폐기물처리업 허가시 부여한 "환경영향평가 협의내용 및 환경영향 저감방안을 이행하여야 한다"는 내용의 허가조건에 따라 이 건 소각시설을 적법하게 설치ㆍ완료하여 운영하여 왔고, 환경영향평가 평가서에 배출허용기준을 준수할 것을 명시한 바는 있으나, 환경영향평가 협의당시 협의내용에 포함되어 있는 배출기준은 단순히 설계기준으로 동법령상 ‘협의기준’은 아니라 할 것이어서 동법 제19조제2항의 규정에 의하여 사업계획 등에 반영ㆍ확정한 바 없다 할 것이므로, 법령상 협의기준초과부담금 부과대상이 아닌 청구인에 대하여 행한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. 라. 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제33조에 의하면, 환경부장관은 동법 제21조제2항의 규정에 의하여 협의내용을 반영한 사업계획 등이 확정되고 협의내용에 협의기준이 포함되어 있는 경우에 협의기준초과부담금을 부과ㆍ징수하는데, 협의기준은 사업자가 평가서에 이를 제시하는 경우와 대상사업의 시행으로 인하여 영향을 받게 되는 지역에서 「대기환경보전법」상의 배출허용기준 등으로는 「환경정책기본법」 제10조의 규정에 의한 환경기준을 유지하기 어렵거나 환경의 악화를 방지할 수 없다는 것이 인정되는 경우에 한하여 협의내용에 이를 포함할 수 있다고 되어 있는바, 청구인이 이 건 소각시설에 대하여 협의할 당시에는 협의기준초과부담금제도가 도입되기 이전으로, 협의기준초과부담금의 부과기준인 협의기준이 아닌 단순한 설계기준으로 제시한 것이다. 마. 환경영향평가 협의기준초과부담금제도에 대한 환경부의 유권해석에 의하면, 환경영향평가 협의당시 「수질환경보전법」 등 개별법령의 배출허용기준보다 강화된 오염물질의 농도에 관한 기준이 평가서에 명기되지 아니하고 설계기준만 상세히 언급되었다면 협의기준초과부담금 부과대상사업장으로 볼 수 없다고 되어 있는바, 이는 협의기준초과부담금제도가 규정되기 이전에 ‘협의기준’이라는 개념 없이 사업자가 환경영향평가서에 시설의 설계기준만을 명시한 경우는 이를 협의기준으로 볼 수 없다는 취지로 해석되는바, 청구인은 환경영향평가 협의시 협의내용에 오염물질별로 배출기준농도를 기재하였으나 이는 규정농도 이하로 배출하여 환경영향을 최소화하겠다는 취지를 명시한 것이지 당시 규정된 배출농도를 초과하여 배출하게 되면 협의기준초과부담금을 부담하겠다는 것은 아니었으므로, 단순한 설계기준을 기준으로 하여 협의기준초과부담금을 산정하여 부과한 피청구인의 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. 바.「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」(2003. 12. 3. 대통령령 제18154호) 제30조제1항에 의하면, 기준초과배출량은 일일기준초과배출량에 배출기간의 일수를 곱하여 산정하되, 다만, 「대기환경보전법 시행령」제18조제1항 단서의 규정에 의한 자동측정사업장에 대한 기준초과배출량의 산정에 있어서는 그 규정을 준용한다고 되어 있고,「대기환경보전법 시행령」제18조제1항 단서에 의하면, 자동측정사업장의 자동측정자료의 30분평균치가 배출허용기준을 초과한 경우에는 그 초과한 30분마다 배출허용기준초과농도(배출허용기준을 초과한 30분평균치에서 배출허용기준농도를 뺀 값을 말한다)에 당해 30분간의 배출유량을 곱하여 초과배출량을 산정하고, 반기별로 이를 합산하여 기준초과배출량을 산정한다고 되어 있는바, 이러한 자동측정사업장에 대한 기준초과배출량 산정방법은 동 조항이 규정된 2003. 12. 3. 이후 기준초과배출분에 대하여 적용되어야 할 것임에도 불구하고, 동 조항이 규정되기 이전의 초과배출분에 대하여 동 조항을 소급적용하여 30분 평균치를 기준으로 초과부담금을 산정하는 것은 1일 최고 48회까지 초과한 것으로 산정되므로 초과부담금이 기하급수적으로 증가하게 되어 부당하다. 사.「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」제33조, 동법 시행령 제32조 및「대기환경보전법 시행령」제27조제1항의 규정에 의하면, 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」제30조제1항 단서의 규정에 의한 자동측정사업장에서 초과부담금 부과사유가 발생한 때에는 부과금의 납부통지는 초과부과금의 경우에는 초과부과금 부과사유가 발생한 때(자동측정자료의 30분평균치가 배출허용기준을 초과한 경우의 초과부과금은 매반기 종료일부터 60일 이내)에 하여야 한다고 되어 있는바, 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지 총 4회분의 초과부담금을 2004. 11. 10. 일괄하여 납부통지한 것은 매반기별로 부과하고 매반기 종료일부터 60일 이내에 납부통지를 하도록 되어 있는 규정을 위반한 것으로 위법하다. 아. 청구인이 2002. 10. 1. 굴뚝TMS(굴뚝자동측정기를 말한다) 부착을 완료하였으나 환경관리공단으로 자료를 전송하는 데 필요한 굴뚝TMS 최초설치 정도검사를 완료한 시점은 SO₂ 및 HCI는 2002. 10. 8., TSP는 2002. 10. 14.으로 굴뚝TMS 최초설치 정도검사를 완료한 이후부터 초과부담금을 산정하여야 할 것임에도 불구하고 일률적으로 2002. 10. 1.부터 초과부담금을 산정하여 부과한 것은 부당하다. 자. 대기환경보전법령에 의하면 굴뚝TMS부착사업장의 전송자료상 배출허용기준을 초과하게 되면 승인기관이 시설운영자에게 초과여부를 통지하고 초과사유서를 제출하도록 하는 일련의 행정절차가 있어 배출허용기준에 대한 관리가 행정기관과 사업자간에 적정하게 이루어지고 있는바,「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」에 의한 협의기준 준수여부 및 협의기준초과부담금 부과에 관하여는 대기환경보전법령상의 사전적인 행정절차가 규정되어 있지 아니하고 법령에도 굴뚝TMS의 초과와 관련하여서는 협의기준 초과부담금 부과에 대하여만 대기환경보전법령을 준용하도록 되어 있을 뿐 협의기준 초과에 대한 일련의 행정절차에 대한 준용규정은 없는바, 행정기관이 사전적인 절차상 의무를 다하지 아니한 상황에서 협의기준초과부담금을 부과하는 것은 부당하다. 차. 청구인 회사는 2002. 4. 3. 설립하여 ○○개발(주)로부터 폐기물소각시설 일체를 인수ㆍ운영하고 있는 회사로서 2003. 6. 23. 및 2003. 9. 25. 두 차례에 걸친 화재로 인하여 피해를 입었고, 2003. 9. 12. 태풍 매미로 인하여 피해를 입어 현재 운영상 상당한 어려움에 처해 있으며, 특히 최근에는 부산지역 전반의 경기침체로 인하여 처리물량이 급격히 감소하여 소각시설의 운영자체가 위협을 받고 있는 실정에 있는바, 이러한 청구인의 어려운 사정이 고려되어 피청구인으로부터 초과부담금 부과에 대하여 2005. 12. 11.까지 1년간 부담금 징수유예결정을 받은 바 있고, 또한 소각시설 건설시 5년간에 걸쳐 인근주민들과 갈등을 겪어 주민들에게 주민지원금을 지급하고 환경감시원 3명의 인건비를 지급하는 등의 조건으로 가까스로 인근주민들과 합의하에 소각시설을 운영하고 있는바, 이 건 처분이 취소되지 아니할 경우 인근주민들이 청구인 회사에서 오염물질을 과다 배출한 것으로 오해하여 소각시설 가동중지를 위한 시위를 하는 등 또다시 인근주민과의 갈등이 초래될 우려가 있다. 3. 피청구인 주장 피청구인은, 다음과 같이 주장한다. 가. 청구인이 2002. 7. 9. ○○개발(주)로부터 이 건 소각시설을 양수받기 이전인 1994. 4. 11. ○○개발(주)는 환경영향평가법령에 의한 환경영향평가 협의시 폐기물을 소각처리하여 대기오염물질을 「대기환경보전법」상 배출허용기준보다 강화된 기준인 SO₂20ppm, TSP 20mg/S㎥, HCI 25ppm, NO₂70ppm 이하로 처리하여 배출하겠다는 계획을 ‘○○시설 건설사업 환경영향평가서’에 명시함에 따라 이를 준수하는 것으로 협의되었고, 그 당시 폐기물소각시설 설치에 대한 승인기관인 피청구인은 1994. 4. 18. ○○개발(주)에게 구「환경영향평가법」(1993. 6. 11. 법률 제4567호) 제19조제2항에 따라 동 협의기준에 대한 이행계획서를 제출하도록 통보하여 ○○개발(주)는 1995. 9. 30. 환경영향평가 협의내용 이행결과 및 환경관련 사업계획내용을 피청구인에게 통보한 바 있다. 나. 구「환경영향평가법」(1997. 3. 7. 법률 제5302호로 개정된 것) 제27조의2제1항에 의하면, 환경부장관은 제18조제1항의 규정에 의하여 승인기관의 장 등에게 통보한 협의내용으로서 제19조제2항의 규정에 의하여 확정된 협의내용에 오염물질의 배출농도에 관한 기준(‘협의기준’)이 포함되어 있는 경우에 그 기준을 초과하여「대기환경보전법」상 대기오염물질배출시설 등을 운영하는 자에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 협의기준초과부담금을 부과·징수한다고 되어 있는바, 이에 따라 개정된 구「환경영향평가법 시행령」(1997. 9. 8. 대통령령 제15475호) 부칙 제5조에 의하면, 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 평가서의 협의가 완료된 사업에 대한 협의기준초과부담금의 부과 등에 관한 사항은 이 영 시행 후 2년이 경과한 날부터 적용한다고 되어 있는바, 동 부칙 규정에 의하면 협의기준초과부담금제도의 도입 이전에 협의를 완료한 사업에 대하여도 구「환경영향평가법」제19조제2항의 규정에 의하여 확정된 협의내용에 협의기준이 포함되어 있는 경우에는 협의기준초과부담금을 부과할 수 있는 것으로, 청구인의 폐기물소각시설도 협의기준초과부담금 부과대상시설에 해당된다. 다.「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」제33조제2항에 의하면, 협의기준은 사업자가 평가서에 이를 제시하는 경우와 대상사업의 시행으로 인하여 영향을 받게 되는 지역에서「대기환경보전법」제8조의 규정에 의한 배출허용기준으로는「환경정책기본법」제10조의 규정에 의한 환경기준을 유지하기 어렵거나 환경의 악화를 방지할 수 없다는 것이 인정되는 경우에 한하여 협의내용에 이를 포함할 수 있다고 규정되어 있는바, 청구인의 경우 동 조항상 이 건 소각시설을 설치ㆍ운영함에 있어 대기환경보전법령에 의한 배출허용기준보다 강화된 기준을 사업자가 평가서에 제시한 경우에 해당되어「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」상 협의기준초과부담금 부과대상이다. 라. ○○개발(주)의 1994. 4. 11. 폐기물소각시설에 대한 환경영향평가 협의의견에 대하여 피청구인측의 환경영향평가 협의업무 담당부서인 계획과(현 자연환경과)는 피청구인측의 승인업무 담당부서인 관리과(현 환경관리과)로 "협의내용이 사업계획에 반영되도록 조치하고, 구「환경영향평가법」제19조제2항의 규정에 의한 협의내용을 반영한 사업계획이 승인된 날로부터 30일 이내에 그 내용을 환경관련 사업계획(승인)내용을 법정서식에 따라 통보하여 줄 것"을 회신한 바 있고, 피청구인 소속 관리과는 ○○개발(주)에 환경영향평가 협의내용 통보시 지정폐기물처리업 사업계획에 동 협의내용이 적극 반영될 수 있도록 통보하였으며, 이에 대하여 청구인이 1995. 9. 30. 피청구인에게 환경영향평가 협의내용 이행결과를 통보하였고, 구「환경영향평가법」제19조제2항에 따라 제출한 환경관련 사업계획내용은 당초 1994. 4. 11. 환경영향평가 협의시 협의의견으로 제시한 대기오염물질배출농도를 협의기준으로 하여 시설을 운영함에 있어 시설을 협의기준 이내로 운영할 것임을 사업계획에 반영ㆍ확정한 것이므로, 피청구인이 이를 협의기준으로 적용하여 협의기준초과부담금을 부과한 것은 적법ㆍ타당하다. 마. 또한 일반폐기물처리업에 대한 승인기관인 부산광역시는 1994. 5. 9. ○○개발(주)에 대한 일반폐기물 중간처리 사업계획 적정통보시 시설의 설치중 및 설치후에 부산지방환경청(현 낙동강유역환경청)과의 환경영향평가 협의내용을 철저히 이행 및 준수하여야 함을 명시하였고, 특정폐기물중간처리업에 대한 승인기관인 피청구인은 1994. 6. 3. 특정폐기물처리(중간처리)사업계획 적정통보시 ○○시설의 환경영향평가 협의내용을 준수하여야 함을 명시함으로써「폐기물관리법」에 의한 사업계획 적정통보시에도 환경영향평가 협의내용 중 협의기준인 대기오염배출농도를 준수하도록 명시한 바 있으며, 피청구인이 2000. 1. 25. 지정폐기물처리업 허가시에도 "「환경영향평가법」제23조 규정에 의한 협의내용 및 환경영향 저감방안을 이행하여야 한다"는 허가조건을 부여하여 협의기준을 준수하여야 함을 분명히 명시한 바 있어 청구인의 폐기물소각시설은 구「환경영향평가법」제27조의2에 의한 협의기준초과부담금 적용대상사업에 해당한다. 바. 한편 환경부의 질의ㆍ회신에 의하면, "사업승인기관이 공단폐수종말처리장 사업계획승인시 환경영향평가 협의기준을 반영하지 아니하고 사업자가 제시한 설계기준(협의기준보다 높음)을 적용하여 사업승인하였을 경우 동 설계기준을 협의기준으로 보아야 하는지"에 대하여 "평가협의 내용이 구「환경영향평가법」제19조제2항의 규정에 의거하여 사업승인기관의 장이 사업계획에 반영하여 최종적으로 확정된 내용에 오염물질의 배출농도에 관한 기준(협의기준)이 포함된 경우에는 협의기준초과부담금 부과대상 사업장에 해당되므로, 최종적으로 사업승인기관의 장이 사업승인을 설계기준의 배출농도로 하였더라도 이것이 현재도 환경관련 법령에서 규정한 배출허용기준보다 강화된 기준이라면 이를 협의기준으로 보아야 한다고 회신하였는바, 이에 의하면 ○○개발(주)는 이 건 소각시설에 대한 환경영향평가 협의시 평가서 및 협의내용에「대기환경보전법」상 배출허용기준보다 강화된 배출농도를 제시한 바 있고, 이를 구「환경영향평가법」제19조제2항의 규정에 의하여 사업계획(승인)에 반영ㆍ확정한 바 있으며,「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 사업계획 적정통보 및 허가시에도 사업승인기관의 장이 환경영향평가 협의내용을 이행하도록 허가조건을 부여한 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구인이 제시한 배출기준은 환경영향평가법령상 협의기준에 해당한다. 사. 환경부 질의회신(환평 67121-441, 2002. 7. 9.)에 의하면, 환경영향평가 협의사업장 중 굴뚝자동측정기가 부착된 배출시설의 TMS측정자료가 환경영향평가 협의기준을 초과하였을 경우 동 측정자료를 토대로 협의기준초과부담금 부과가 가능한지 여부에 대하여 통합영향평가법령에서 직접적인 준용규정이 없다 하더라도 초과부담금 산정시 TMS측정자료를 활용한다고 하여 문제될 것은 없다고 사료되므로 대기환경보전법령에서 TMS사업장은 30분 평균치를 활용하여 배출부과금을 부과하게 되어 있다면 협의기준초과부담금의 부과 역시 그와 같은 방법으로 산출된 자료에 의하여 부과할 수 있다고 되어 있고, 굴뚝TMS자료의 행정자료 활용 업무처리지침에 의하면 행정기관은 굴뚝자동측정기기가 정상적으로 운영되고 있다면 굴뚝자동측정기기를 이용한 측정자료를 우선하여 행정자료로 활용하도록 함에 따라 환경영향평가 협의기준초과부담금 산정시 이를 적용하였으며, 2003. 12. 3. 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」이 대기환경보전법령을 준용하도록 규정하기 이전 굴뚝자동측정사업장의 기준초과배출량을 산정함에 있어 자동측정기의 자료를 적용할 수 있다고 되어 있으므로, 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없다. 아. 피청구인이 청구인의 폐기물소각시설에 대하여 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지 협의기준초과부담금을 일괄부과하게 된 경위를 살펴보면, 피청구인 소속 ○○출장소에서 2003. 12. 19. 환경영향평가 협의내용 이행여부 조사ㆍ확인시 굴뚝TMS측정자료중 TSP항목 등이 협의기준을 초과하고 있음을 확인되어 2003. 12. 30. 피청구인의 협의기준초과부담금 부과 담당부서인 자연환경과에 2003. 1. 1.부터 2003. 11. 30.까지 협의기준을 초과한 배출량에 대하여 협의기준초과부담금의 부과를 의뢰하였으나, 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 제32조의 규정에 굴뚝TMS부착사업장의 경우 「대기환경보전법 시행령」 제27조제1항의 규정을 준용하도록 하고 있어 피청구인은 2003. 12. 31.까지 자료를 일괄하여 보내줄 것을 의뢰하였으며, 초과부담금 산정시 환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법령상 준용규정은 없으나, 대기환경보전법령에서 TMS사업장은 30분 평균치를 활용하여 배출부과금을 부과하게 되어 있다면 협의기준초과부담금의 부과 역시 그와 같은 방법으로 산출된 자료에 의하여 부과할 수 있다는 회신에 따라 2002년 초과분에 대해서도 자료를 재요청하여 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지 협의기준 초과배출량에 대하여 부과금을 일괄적으로 부과하게 된 것으로 2002. 10. 1.부터 2003. 12. 31.까지의 협의기준초과배출량에 대한 굴뚝TMS 측정자료 검토 및 산정금액에 대한 재검토 등 수작업으로 산정함에 따른 오류를 최소화하는 과정과 법적 문제에 대한 검토과정에서 시간이 지연되어 2004년 상반기 협의기준초과배출량에 대한 협의기준초과부담금 부과시기가 되어 행정행위의 빈발에 따른 과도한 행정력 낭비방지와 행정비용의 절감을 도모하기 위해 2004년 상반기 협의기준초과부담금 부과시 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 초과부담금을 일괄부과하게 된 것이다. 자. 청구인은 피청구인이 협의기준초과부담금을 부과하면서 고지절차 등 사전행정절차를 다하지 아니하였다고 주장하나, 굴뚝TMS측정기가 2002. 9. 4. 신규로 설치완료됨에 따라 2002. 10. 1.부터 굴뚝TMS측정자료를 행정자료로 활용하게 되었는바 청구인은 사업 승인기관인 부산광역시와 매반기 종료시 굴뚝TMS 측정자료를 확정하여 2002년 10월부터 전송된 굴뚝TMS 측정자료 중 협의기준을 초과한 자료를 인정하였고, 또한 2003. 12. 19. 피청구인 소속 ○○출장소에서 청구인의 폐기물 소각시설에 대한 굴뚝TMS 측정자료를 확인한 결과 협의기준을 초과하고 있음을 확인하여 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제26조제5항에 따라 2004. 1. 6. 승인기관인 부산광역시와 피청구인 소속 승인기관인 환경관리과 및 사업자인 청구인에게 환경영향평가 협의내용 이행조치를 요청한 바 있으므로, 청구인이 이제 와서 협의기준을 초과하게 된 책임을 행정기관측에 돌리고 협의기준초과에 따른 이행조치 요청 등 고지가 없었다는 등의 주장을 하는 것은 부당하다. 차. 청구인은 이 건 처분이 취소되지 아니할 경우 인근주민들이 청구인 회사에서 오염물질을 과다 배출한 것으로 오해하여 소각시설 가동중지를 위한 시위를 하는 등 또다시 인근주민과의 갈등이 초래될 우려가 있다고 주장하나, 청구인이 처한 경제적 사정의 어려움 등을 이유로 환경법령을 위반해도 된다는 것은 법치주의 국가에서는 허용될 수 없는 일로서 위법행위에 대한 책임을 면제하는 것은 청구인이 처한 현실을 감안하더라도 정당화될 수 없는 것이므로, 이러한 청구인의 주장이 협의기준초과부담금 부과처분의 취소를 구할 정당한 사유라 할 수 없다. 4. 이 건 처분의 위법ㆍ부당 여부 가. 관계법령 환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 환경영향평가법(2003. 12. 30. 법률 제7020호) 제33조 및 부칙 제5조 등 환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 환경영향평가법 시행령 제29조, 제30조 및 제32조 대기환경보전법 시행령 제16조 및 제27조 구 환경영향평가법(1997. 3. 7. 법률 제5302호로 개정된 것) 제18조, 제27조의2 구 환경영향평가법 시행령(1997. 9. 8. 대통령령 제15475호로 개정된 것) 부칙 제5조 폐기물관리법 제26조 등 나. 판 단 (1) 청구인 및 피청구인이 제출한 ○○시설 건설사업 환경영향평가서 제출, ○○시설 건설사업 환경영향평가 협의회신, ○○시설 건설사업 환경영향평가 협의내용 통보, 일반 및 지정폐기물중간처리업 사업계획 적정통보, 공사도급계약서, 폐기물중간처리업 허가, 폐기물처리시설 사용개시신고 수리, 폐기물처리업허가증, ○○시설 건설사업 환경영향평가서, 환경영향평가 협의내용 이행조치요청, 환경영향평가 협의내용 이행결과 통보, 환경관련 사업계획(승인)내용, 환경영향평가 협의내용 이행여부 조사보고서, 환경부 질의ㆍ회신, TMS자료의 행정자료 활용 업무지침, 초과부담금 부과유예요청, 화재증명원, 협의기준초과부담금 징수유예 결정통보 등 각 사본의 기재를 종합하여 보면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. (가) ○○개발(주)의 대표이사는 1994. 2. 28. 공사명을 "○○시설공사", 계약금액을 "222억 2,000만원", 착공예정일자를 "1994. 4. 15.", 준공일자를 "1995. 12. 15."로 하여 ○○중공업주식회사의 대표이사인 이해규와 공사도급계약을 체결하였는바, 동 계약의 입찰안내서에 의하면, 각각의 보증항목 및 보증치는 입찰서상 명시되어야 하며 계약자는 달리 명시되거나 수요기관과의 합의가 없는 한 보증치로 명시된 모든 사항을 보증하여야 하고, 특별히 명시되어 있지 않은 사항일지라도「환경정책기본법」, 「폐기물관리법」,「대기환경보전법」 등에 따라 준수되어야 할 허용기준에 대하여 해당 허용기준치 이하의 준수를 보증하여야 한다고 되어 있으며, ○○중공업주식회사가 제출한 성능보증서에 의하면 소각시설의 연소가스처리기준은 HCI 25ppm(12% O₂dry), SOх 20ppm(12% O₂dry), NOх 70ppm(12% O₂dry) 등으로 각각 기재되어 있다. (나) ○○개발(주)이 1993. 12. 27. 피청구인에게 ○○시설 건설사업(폐기물소각시설)의 환경영향평가서를 제출하였고, 피청구인은 1994. 4. 18. 청구인에게 ○○시설 건설사업 환경영향평가서에 대한 협의내용을 통보하고 특정폐기물 중간처리 사업계획에 동 협의내용이 적극 반영될 수 있도록 유념하여 달라는 내용을 통보하였다. (다) 피청구인이 협의내용 통보시 첨부한 "○○시설 건설사업 환경영향평가 협의내용"에 의하면, 대기질에 대한 협의내용으로 이용시 대기오염물질 저감방안으로 보완서에 제시한 바와 같이 비촉매탈초설비(SNCR), 반건식 세정탑, 활성탄 주입장치, 백필터, 습식알카리 세정탑을 설치하도록 하여 TSP 20mg/S㎥, SO₂20ppm, NO₂ 70ppm, HCI 25ppm 이하로 처리하고, 기타 오염물질은 배출허용기준 이하로 처리하여야 하며, 독성불완전연소 화합물 등을 처리할 수 있는 방안을 강구하여야 하고, 이용시 굴뚝에서 배출되는 먼지, SO₂, NO₂,CO, HCI 등 대기오염물질을 상시 자동 감시ㆍ측정할 수 있는 기기(TMS)를 설치ㆍ운영하여야 한다는 내용 등이 기재되어 있다. (라) ○○개발(주)이 1994년 2월경 작성ㆍ제출한 ○○시설 건설사업 환경영향평가서(보완보고서)에 의하면, ○○개발(주)이 소각시설 운전시 방지시설의 가동여부에 따른 배출총량을 예측한 결과는 다음과 같다. <img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=125451311"> </img> (마) 부산광역시장은 1994. 5. 9. ○○개발(주)에 대하여 일반폐기물중간처리업(소각전문)에 대하여 폐기물관리법령에 의하여 사업계획 적정통보를 하였고, 적정통보의 조건 중 하나로 시설의 설치중 및 설치후에 부산지방환경청과의 환경영향평가 협의내용을 철저하게 이행 및 준수하여야 한다고 되어 있다. (바) 피청구인은 1994. 6. 3. ○○개발(주)에 대하여 지정폐기물중간처리업에 대하여 폐기물관리법령에 의하여 사업계획 적정통보를 하였고, 적정통보의 조건 중 하나로 환경영향평가 협의내용을 준수하여야 한다는 내용이 기재되어 있다. (사) 피청구인은 1995. 7. 4. 청구인이 "○○시설 건설사업 환경영향평가서(보완보고서)"의 대기질 사후관리내용에 명시한 협의내용중 공사시 사업계획에 대한 분진, SO₂, NO₂, CO항목에 대한 측정을 하지 아니하여 사업계획에 따른 이행을 하지 아니하였다는 이유로 이행계획을 1995. 7. 15.까지 제출할 것 등을 내용으로 하여 환경영향평가 협의내용의 이행을 촉구하였다. (아) 이에 대하여 ○○개발(주)은 1995. 9. 30. 피청구인에게 피청구인이 이행촉구한 공사시 사업지역의 분진 등 항목에 대한 측정결과 등 협의내용 이행결과를 통보하였고 이에 첨부되어 있는 환경관련 사업계획(승인)내용에 의하면, 환경영향평가 협의내용과 시행계획은 다음과 같다. <img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=125451273"> </img> (자) 청구인이 1999년 7월경 부산광역시장 및 피청구인에게 각각 제출한 폐기물처리업신청서에 첨부한 ‘환경영향평가 협의내용 이행현황’에 의하면, ‘협의내용’란에는 "TSP 20mg/S㎥, SO₂ 20ppm, NO₂ 70ppm, HCI 25ppm 이하로 처리"한다는 내용이 있고, 이에 대응하는 ‘이행현황’란에는 "소각로 건설 시에는 대기오염방지설비를 완벽하게 설치하였고, 운영시에는 철저하게 관리하여 ‘배출허용기준’을 준수하도록 함"이라고 되어 있다. (차) 부산광역시장은 1999. 7. 27. ○○개발(주)에 대하여 폐기물처리업 허가를 하였는바, 업종은 "폐기물중간처리업(소각전문)", 영업대상폐기물은 "지정외 사업장폐기물(폐합성수지, 폐합성고무 등 폐합성 고분자화합물, 폐가죽, 기타 가연성폐기물)", 영업구역은 "부산광역시" 등으로 각각 기재되어 있다. (카) 피청구인은 1999. 7. 30. ○○개발(주)에 대하여지정폐기물 중간처리업 허가를 하였고, 허가조건에 "(구)「환경영향평가법」 제23조의 규정에 의한 협의내용 및 환경영향 저감방안을 이행하여야 함"이라는 사항이 포함되어 있다. (타) 환경부의 질의회신(1999. 9. 18.자)에 의하면, 환경영향평가 협의내용이 구「환경영향평가법」제19조제2항의 규정에 의하여 사업승인기관의 장이 사업계획에 반영하여 최종적으로 확정된 내용에 오염물질의 배출농도에 관한 기준(협의기준)이 포함된 경우 협의기준초과부담금 부과대상 사업장에 해당되는바, 최종적으로 사업승인기관의 장이 사업승인을 설계기준의 배출농도로 하였더라도 현재도 환경관련법령에서 규정한 배출허용기준보다 강화된 기준이라면 이는 협의기준으로 보아야 한다는 내용이 기재되어 있다. (파) 피청구인이 ○○시설 건설사업에 대한 환경영향평가 협의내용 이행여부를 조사한 결과 1997. 10. 13. 5차 조사시 연돌자동감시장치(TMS)가 설치된 것으로 기재되어 있으나, 2002년 10월부터 측정자료가 정상적으로 관제센터에 전송된 것으로 확인된다. (하) 피청구인은 2002. 1. 15. ○○개발(주)에게 운영하고 있던 ○○시설 건설사업이「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」제26조제2항에 의하여 환경영향평가 협의내용 이행여부를 조사ㆍ확인한 결과 협의내용을 이행하지 아니한 사항이 있다는 이유로 이행조치를 요청하였고, 이에 대하여 ○○개발(주)는 2001. 9. 20.부터 2002. 9. 19.까지 휴업기간이 끝나면 NO₂배출치 70ppm이 초과되지 않도록 조치하겠다는 등의 내용을 2002. 1. 24. 피청구인에게 통보하였다. (거) 울산환경출장소장은 2002. 4. 16. 피청구인을 경유하여 환경부장관에게 환경영향평가 협의 사업장 중 굴뚝TMS가 부착된 배출시설의 굴뚝TMS측정자료가 환경영향평가 협의기준을 초과하였을 경우 동 측정자료를 활용하여 협의기준초과부담금을 부과할 수 있는지 여부 등에 관하여 질의를 하였고, 이에 대하여 환경부장관은 2002. 7. 9. 울산환경출장소장에게 "협의기준초과부담금의 부과업무를 수행함에 있어 그 절차는「대기환경보전법」등에서 규정하는 배출부과금 부과절차를 일반적으로 준용하고 있고, 배출부과금의 기초자료로서 TMS에 의한 측정자료는 기존의 수(手)분석에 의한 자료의 오차를 크게 줄일 수 있도록 하기 위한 개선방안으로서 도입된 사실에 비추어 볼 때,「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」에서 직접적인 준용규정이 없다 하더라도 초과부담금 산정시 TMS측정자료를 활용한다고 하여 문제될 것은 없다고 판단되고,「대기환경보전법」에서 TMS사업장은 30분 평균치를 활용하여 배출부과금을 부과하게 되어 있다면 협의기준초과부담금의 부과 역시 그와 같은 방법으로 산출된 자료에 의하여 부과할 수 있다고 판단된다는 등의 내용으로 회신하였다. (너) 환경영향평가 협의내용 이행여부 조사보고서에 의하면, 이 건 소각시설은 2002. 6. 24. 재가동 신고가 되었고, 2002. 7. 9. 사업시행자가 ○○개발(주)에서 청구인으로 변경되어 권리의무관계가 청구인에게 승계되었으며, 청구인 소속 직원인 백○○가 환경영향평가법령상 협의내용 관리책임자로 지정되었다. (더) 청구인은 2002. 10. 21. NO₂배출치가 70ppm을 초과한 것에 대하여 시설을 보완하여 가동한 결과 NO₂가 70ppm 이하로 배출되었다는 대기측정대행기록부 등 증빙자료를 제출하고 환경영향평가 협의내용 이행결과를 통보하였다. (러) 피청구인은 2004. 1. 6. 청구인 및 부산광역시장에게 "○○시설 건설사업"에 대하여 환경영향평가 협의내용 이행여부를 조사ㆍ확인(최종조사ㆍ확인일 : 2003. 12. 19.)한 결과, 협의내용을 이행하지 아니한 사항이 있어「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」제26조제5항에 의하여 이행조치를 요청하니, 협의내용을 이행하고 그 결과를 알려줄 것을 내용으로 환경영향평가 협의내용 이행조치를 요청하였다. (머) 2004. 1. 6.자 환경영향평가 협의내용 이행조치한 내용 중 대기질 부분에 대한 협의내용에 의하면, 대기오염물질 저감방안으로 보완서에 제시한 바와 같이 비촉매탈질설비 등을 설치하도록 하여 TSP 20mg/S㎥, SO₂ 20ppm, NO₂ 70ppm, HCI 25ppm이하로 처리하고, 기타 오염물질은 배출허용기준 이하로 처리하여야 한다는 등의 내용으로 되어 있으며, 이행조치요청내역은 대기배출시설에서 발생되는 오염물질은 환경영향평가 협의기준 이내로 배출하여야 한다는 내용으로 되어 있고, 이에 대한 청구인의 개선내역에 의하면 협의기준이 초과되는 항목에 대하여는 현 방지시설을 점검하여 문제가 되는 부분에 대하여는 시설을 보완 또는 교체하여 당사에서 협의한 기준치를 초과하지 않도록 시설을 운영하겠다고 기재되어 있다. (버) 피청구인이 2004. 3. 11. 환경부장관에게 한 "굴뚝TMS 부착사업장에 대한 협의기준초과부담금 산정시「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한영향평가법 시행령」제29조제2항제1호의 규정에 의한 초과부담금 산정방법"에 대한 질의에 대하여 환경부장관은 2004. 7. 22. 피청구인에게 "굴뚝TMS사업장의 대기오염물질배출시설에 대한 30분 평균값 분석결과 협의기준을 초과하여 협의기준초과부담금을 부과하는 경우 당해 시설에「대기환경보전법」제15조의 규정에 의한 기본배출부과금이 부과된다면 협의기준초과부담금(기본배출부과금을 감안하지 않고 산출한 금액)에서 제외하는 기본배출부과금액은 부과된 기본배출부과금액에 협의기준을 초과한 30분 평균값 개수비율(협의기준을 초과한 30분 평균값 자료수/6개월간의 30분 평균값 전체자료수)을 곱하여 산정한 금액으로 함이 타당하다는 내용을 회신하였다. (서) 청구인은 2004. 9. 4. 환경부장관에게, 2003. 12. 3.개정된「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」제30조제1항 단서의 규정에 의하면 「대기환경보전법 시행령」제18조제1항 단서의 규정에 의한 ‘자동측정사업장’에 대한 기준초과배출량을 산정함에 있어서는 「대기환경보전법 시행령」제18조제1항 단서의 규정을 준용하도록 되어 있으므로, 자동측정사업장에 대하여는 2003. 12. 3. 이후부터 자동측정기에 의한 자료를 적용하여 기준초과배출량을 산정하는 것이 타당하나, 그 이전에는 동법 30조제1항 단서규정이 없으므로 자동측정기의 자료를 적용하여 기준초과 배출량을 산정할 수 없다고 판단된다며 이에 대한 적용기준에 대하여 질의를 하였다. (어) 이에 대하여 환경부장관은 2004. 9. 23. 청구인에게 환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법령에서 직접적인 준용규정이 없다고 하더라도 협의기준 초과부담금 산정시 자동측정기에 의한 측정자료를 활용할 수 있다는 내용을 회신하였다. (저) 환경관리공단이사장은 피청구인의 협의기준초과부담금 관련 업무협조요청에 대하여, 2004. 9. 17. 청구인의 소각시설에서 굴뚝TMS의 협의기준에 초과하여 배출된 초과건수는 TSP는 441건, SO₂는 408건, NOх는 1,433건으로 산정되었음을 통보하였다. (처) 피청구인은 2004. 11. 10. 청구인이 운영하는 소각시설의 대기오염배출농도가 2002년 하반기부터 2004년 상반기까지「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 환경영향평가법」제33조에 의한 협의기준을 초과하였다는 이유로 청구인에 대하여 2004. 11. 10. 총 3억 2,849만 4,930원의 환경영향평가 협의기준초과부담금을 부과하였다. (커) 협의기준초과부담금의 산정명세서에 의하면, 2002. 10. 1.부터 2003. 12. 31.까지의 초과부담금은「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 환경영향평가법 시행령」제29조에 따라 오염물질 kg당 부과금액 × 협의기준초과 오염물질 배출량 × 지역별 부과계수 × 연도별 부과금산정지수 × 협의기준초과율별 부과계수 × 위반회수별 부과계수로 산정된 초과부담금(2억 7,970만 440원)에서「대기환경보전법 시행령」제15조의 규정에 의한 대기오염물질배출시설에 대한 기본배출부과금 중 초과부담금이 부과되는 배출기간에 해당하는 금액에 해당되는 기본부과금액(24만 6,930원)을 제외하여 총 2억 7,945만 3,510원을 부과하였고, 2004. 1. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 초과부담금은 위 산정방법에 의거하여 4,904만 1,420원의 부과금이 산정되는 등 총 3억 2,849만 4,930원을 부과하는 이 건 처분을 하였다. <참고사항> ○협의기준농도: TSP: 20mg/S㎥, SO₂20ppm, HCI 25ppm ○오염물질 1kg당 부과금액(원) TSP:770, SO₂500, HCI 7,400 ○지역별 부과계수: 1 ○연도별부담금산정지수: 2002년도: 4.0211, 2003년도: 4.0919, 2004년도: 4.2044 (터) 청구인은 2002. 4. 2. 폐기물중간처리업을 영위하기 위하여 설립된 회사로서, 2002. 7. 4. ○○개발(주)로부터 시설을 인수(2002. 7. 9. 권리의무 승계)하여 운영하여 오던 중 2003. 6. 23. 및 2003. 9. 25. 두 차례 발생한 화재로 인한 피해와 2003. 9. 13. 태풍 매미로 인한 피해를 입었고 자금운용에 많은 어려움이 있다는 등의 이유로 2004. 12. 4. 이 건 부과처분을 1년간 유예해 줄 것을 요청하였다. (퍼) 이에 피청구인은 2004. 12. 10.「협의기준초과부담금사무처리규정」(환경부 훈령 제573호) 제13조의1의 규정에 따라 청구인의 징수유예요청을 받아들여 2005. 12. 11.까지 3억 2,849만 4,930원의 부과금의 징수를 유예하기로 결정하였다. (2) 이 건 처분의 위법ㆍ부당여부에 대하여 살펴본다. (가) 2001. 1. 1.부터 시행된 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제4조의 규정에 의하면, 폐기물처리시설 등의 설치는 환경영향평가 등의 대상사업에 해당하고, 동법 제33조의 규정에 의하면, 환경부장관은 동법 제21조제2항의 규정에 의하여 협의내용을 반영한 사업계획 등이 확정되고 협의내용에 오염물질의 배출농도에 관한 기준(협의기준)이 포함되어 있는 경우에는 협의기준을 초과하여 대기오염물질배출시설 등을 운영하는 자에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 ‘협의기준초과부담금’을 부과ㆍ징수한다고 되어 있으며, 동법 부칙 제5조제1항의 규정에 의하면, 동법 시행 당시 종전의 「환경영향평가법」에 의하여 통보된 협의내용은 제20조제1항의 규정에 의하여 통보된 협의내용으로 본다고 되어 있다. (나) 청구인은 환경영향평가 협의기준초과부담금제 시행(1997. 9. 8.) 이전에 환경영향평가 협의와 시설설치를 완료한 사업에 대하여 초과부담금을 부과하는 것은 법률불소급의 원칙에 위배된다고 주장하나, ‘환경영향평가 협의기준초과부담금’은 1997. 3. 7. 구 「환경영향평가법」(2001. 1. 1. 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」에 의하여 폐지됨)에 제27조의2를 신설하여 1997. 9. 8.부터 시행된 제도로서 동조제1항의 규정에 의하면, 환경부장관은 사업승인기관의 장 등에게 통보한 협의내용으로서 사업계획 등의 확정시 반영된 협의내용에 오염물질의 배출농도에 관한 기준(협의기준)이 포함되어 있는 경우에 그 기준을 초과하여 ‘대기오염물질배출시설’ 등을 운영하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 협의기준초과부담금을 부과ㆍ징수한다고 되어 있는바, 위 인정사실에 의하면, 부산지방환경청장이 1994. 4. 18. 청구인회사의 전신인 ○○개발(주)에게 ○○시설 건설사업 환경영향평가 협의내용을 통보하였고, 부산광역시장이 같은 해 5. 9. ○○개발(주)에게 일반폐기물 중간처리사업계획 적정통보를 하였으며, 낙동강환경관리청장이 같은 해 6. 3. ○○개발(주)에게 특정폐기물 중간처리사업계획 적정통보를 하였고, 부산광역시장은 1999. 7. 27. ○○개발(주)에게 폐기물 중간처리업 허가를, 낙동강환경관리청장은 같은 해 7. 30. 환경영향평가 협의내용을 이행할 것을 조건으로 ○○개발(주)에게 지정폐기물 중간처리업 허가를 하였으므로 구 「환경영향평가법」 제27조의2의 시행일(1997. 9. 8.) 이전에 협의내용이 이루어졌고 이는「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」이 시행되기 이전에 사업계획 등의 확정시 반영된 협의내용이라 할 것이며, 이와 같은 협의내용은 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 부칙 제5조의 규정에 의하여 계속 ‘협의내용’으로 간주되고, 구 「환경영향평가법 시행령」(1997. 9. 8. 대통령령 제15475호) 부칙 제5조의 규정에 의하면, 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 평가서의 협의가 완료된 사업에 대한 협의기준초과부담금의 부과 등에 관한 사항은 이 영 시행 후 2년이 경과한 날부터 적용한다고 되어 있는데, 피청구인의 이 건 처분은 시행일부터 약 5년 이상 경과한 2002. 10. 1.부터 2004. 6. 30.까지 청구인의 협의기준초과사실에 대한 초과부담금을 부과한 사안으로서 위법한 소급적용이라고 할 수 없으므로 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없다. 또한, 청구인은 위 협의내용에 포함된 ‘오염물질의 배출농도에 관한 기준’(협의기준)은 단순한 시설설계기준일 뿐 협의기준이 아니라고 주장하나, 그와 같은 기준수치는 청구인측과 사업승인기관간에 오간 협의내용과 관련된 문서상에 일관되게 포함되어 있는 점, 협의기준초과부담금제도가 도입ㆍ시행되어 상당한 시일이 경과하였음에도 협의기준에 대하여 청구인이 이의를 제기하거나 기준수치를 변경하려는 시도가 있었다고 볼 자료도 없는 점, ○○개발(주)이 제출한 환경영향평가 보완보고서에서도 ‘방지시설가동시의 최대배출농도’로 기재되어 있는 등 청구인의 시설 가동시 기본적으로 동 기준을 준수할 것이 요구된다고 할 것인 점 등에 비추어 볼 때 동 기준은 당초에는 시설설계 또는 성능보증을 위한 수치에서 연유한 것이라 하더라도 협의기준초과부담금제도의 도입 이후에도 경과조치 등에 의하여 당사자간에 협의기준으로서 규율되었다고 봄이 상당하다 할 것이므로 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없다. 또한, 청구인은 2003. 12. 3.전의 초과배출량에 대하여 굴뚝TMS 측정자료를 근거로 협의기준초과부담금을 부과한 것은 위법하다고 주장하나, 자동측정사업장에서 초과부담금 부과사유가 발생한 때에는 「대기환경보전법 시행령」 제27조제1항의 규정을 준용하도록 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 제32조가 개정(2003. 12. 3.)되기 전에도, 초과부담금 산정시 자료의 오차를 크게 줄일 수 있는 굴뚝TMS 측정자료를 활용할 수 있다는 질의회신과 굴뚝TMS 측정자료를 우선하여 행정자료로 활용하라는 지침이 시행되고 있었고 달리 동 회신 및 지침내용이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 객관적 사정이 없는 점으로 볼 때 굴뚝자동측정기기가 정상적으로 운영되고 있다면 굴뚝자동측정사업장의 협의기준초과배출량을 산정함에 있어서 굴뚝TMS 측정자료를 적용할 수 있다고 보는 것이 일응 타당하다고 할 것이어서 이에 대한 청구인의 주장은 이유 없다. 한편, 청구인은 법령상 자동측정사업장에서의 초과부담금은 반기별로 부과해야 하고, 부과사유가 발생한 날부터 60일 이내에 납부통지를 해야 함에도 이를 이행하지 않아 위법하다고 주장하나, 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 제32조의 규정에 의하면 초과부담금의 납부통지는 초과부담금의 부과사유가 발생한 날부터 60일 이내에 하여야 하고, 자동측정사업장에 대하여는 「대기환경보전법 시행령」 제27조제1항을 준용하여 자동측정자료의 30분 평균치가 배출허용기준을 초과한 경우의 초과부과금은 매반기 종료일부터 60일 이내에 납부통지하도록 되어 있는바, 피청구인은 2003. 12. 19. 청구인에 대한 환경영항평가 협의내용 이행여부를 조사ㆍ확인할 때 협의기준 초과사실을 인지하였고 최초 전송자료인 2002. 10. 1.부터의 자료를 재요청하고 이에 대한 굴뚝TMS 측정자료의 검토 및 산정금액의 재검토 등으로 시일이 소요된 점을 인정할 수 있으나 이는 정확한 부과금액의 산정 및 행정비용절감 등을 위하여 부득이한 사정이 있었다고 인정되고, 또한 위 규정은 단지 초과부담금의 부과시기를 정한 것이지 부과의무 또는 면제에 관한 근거규정은 아니라 할 것이어서 피청구인이 비록 정확한 측정자료 검토와 부과금액 산정에 기일을 소요한 결과 납부통지기간을 도과하여 초과부담금을 부과하였다 하더라도 실제 부과금액에 영향을 미치지 아니한 이상 위법하다고 볼 수 없으므로 이에 대한 청구인의 주장도 이유 없다. 다만, 「환경ㆍ교통ㆍ재해 등에 관한 영향평가법」 제33조의 성격을 살펴보면 동 조항의 위임으로 대통령령에서 초과부담금의 산정방법 및 기준에 관하여 구체적으로 규정하고 있으나 협의기준초과부담금의 부과에 관하여는 특정한 경우에 재량의 여지를 인정할 수 있는 관계행정청의 기속재량행위를 규정하고 있다고 해석하는 것이 타당하다고 보이고, 위 인정사실에 의하면, 피청구인은 2003. 12. 19. 청구인의 이 건 소각시설에 대한 환경영향평가 협의내용 이행여부 조사ㆍ확인시(11차) 협의기준초과부담금부과대상 오염물질의 협의기준초과사실을 최초 인지하고 그 후 청구인에게 대하여 협의내용 이행조치를 요청하였는바, 굴뚝TMS 측정자료가 정상적으로 관제센터에 전송된 2002. 10. 1.부터 피청구인이 청구인의 협의기준위반사실을 인지한 2003. 12. 19.전까지 피청구인(○○출장소)이 청구인에 대하여 실시한 환경영향평가 협의내용 이행여부 조사 시에도 전반적인 이행현황에 문제가 없는 것으로 나타났고 초과부담금 관련 항목에 대한 지적사항도 없었던 점, 피청구인이 협의기준초과부담금의 납부통지에 관한 절차규정에 따라 매 반기 종료일부터 60일 이내에 청구인에게 납부통지를 하였다면 청구인이 바로 이에 대응하여 시정할 수 있어 전체 초과부담금액이 현저하게 줄어들었을 것으로 보이는 점, 청구인은 부산지역의 각 산업체에서 발생되는 가연성 사업장폐기물을 위생적이고 안전하게 처리할 목적으로 설립되어 인근주민의 반대 등으로 인한 장기간의 시설가동중지ㆍ휴업 등 경영상의 어려움을 겪으면서 폐기물의 처리 및 자원화를 위한 공익적 성격의 환경사업을 수행하여 온 점 등을 고려할 때, 피청구인이 청구인의 협의기준초과사실을 조사ㆍ확인한 날(2003. 12. 19.) 이후의 협의기준초과사실에 대하여 초과부담금을 부과한 것은 정당하다 할 수 있겠으나, 청구인의 그 이전(2002. 10. 1. - 2003. 12. 18.) 협의기준초과사실에 대하여 까지 이를 일괄하여 2004. 11. 10. 협의기준초과부담금을 부과한 부분은 다소 가혹하다고 할 것이다. 5. 결 론 그렇다면, 청구인의 청구는 이유있다고 인정되므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 의결한다.