ABO 대립유전자 염기서열분석을 위한 긴 범위 대립유전자특이중합효소연쇄반응법
Long-range Allele-specific PCR for ABO Allelic Sequencing
Oh Kyujin(Department of Laboratory Medicine, Chosun University Hospital, Gwangju, Korea); Kim Woo Shin(Department of Laboratory Medicine, Haenam Woori General Hospital, Haenam-gun, Jeollanam-do, Korea); Park Geon(Department of Laboratory Medicine, Chosun University Hospital, Gwangju, Korea)
16권 1호, 73~77쪽
초록
ABO 유전형 검사는 혈액형 불일치를 해결하고 안전한 수혈을 보 장하기 위해 임상적으로 매우 중요하다. ABO 유전자의 엑손 6번과 7번에 대한 Sanger 염기서열분석이 표준적인 방법이지만, 새롭거나 복잡한 대립유전자가 의심될 때에는 대립유전자 분리가 필요하다. 클로닝과 같은 기존의 대립유전자 분리 기법들은 복잡하고, 노동 집약적이며, 시간이 많이 소요된다. 본 연구에서 c.261G와 c.297G 를 표적으로 하는 긴 범위 대립유전자특이 PCR (ASP)을 이용하여 신속하게 대립유전자를 분리하는 방법을 개발했다. 이 ASP 분석법 은 엑손 6의 Sanger 시퀀싱을 사용하여 80개 검체에서 검증되었으 며, 긴 PCR 산물과 100% 일치하였다. 4개의 이형접합 검체에서 ASP-염기서열분석법으로 대립유전자 염기서열을 얻었으며, 이 염 기서열은 클로닝-염기서열분석법으로 얻은 염기서열과 동일하였 다. 클로닝과 비교하여, 이 ASP 기반 대립유전자 염기서열분석법은 검사소요시간과 노동력을 현저히 줄여준다. 이 방법은 임상 검사 실에서 ABO 혈액형 불일치를 해결하기 위한 클로닝의 실용적인 대 안이 될 것이다. 또한 본 연구는 개념증명 수준의 예비 검증이며, ABO 대립유전자 분리가 필요한 희귀 ABO 혈액형 검체를 포함하 는 추가적인 대규모 평가가 필요하다.
Abstract
ABO genotyping is clinically crucial for resolving blood type discrepancies and ensuring safe transfusions. While Sanger sequencing of exons 6 and 7 of the ABO gene is a standard method, allele separation is necessary when a novel or complex allele is suspected. Conventional allele separation techniques, such as cloning, are complex, labor-intensive, and time-consuming. In this study, we developed a rapid allele separation method using long-range allele-specific PCR (ASP) targeting the c.261G and c.297G. The ASP assays were validated with 80 samples using Sanger sequencing of exon 6, which showed 100% concordance with the long PCR products. In four heterozygous samples, allele sequences obtained via the ASP- based sequencing method were identical to those from the cloning-based sequencing. Compared with the cloning based sequencing, the ASP- based sequencing markedly reduced turn-around time and labor requirements. This method could serve as a practical alternative to cloning for re- solving ABO blood type discrepancies in clinical laboratories. This study represents a preliminary proof-of-concept validation, and further large- scale evaluation, including rare ABO blood type samples that require ABO allele separation, is needed.
- 발행기관:
- 대한진단검사의학회
- 분류:
- 기타임상병리학