甲 주식회사가 지방세법 개정 이후에도 법인세 이월공제 혜택을 법인지방소득세에도 적용받을 수 있다고 주장한 것에 대해 법원은 어떤 결정을 내렸나요?

甲 주식회사는 2014년 1월 1일 지방세법 개정 전에 지출한 연구·인력개발비에 대해 법인세 이월공제 혜택을 받았고, 이 혜택이 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며 지방소득세 일부 환급을 청구했습니다. 그러나 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 법원은 개정 지방세법 부칙 제15조가 신구 법령의 적용관계를 정한 것일 뿐, ‘종전의 규정’은 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 따라서 개정의 대상이 되지 않은 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제144조 제1항 등은 '종전의 규정'에 해당하지 않는다고 판단하였습니다. 또한, 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐, 지방소득세에 대한 조세감면 규정이 아니므로, 지방세법의 경과규정에 따라 법인지방소득세에 이를 적용할 수 없다고 결정하였습니다. 따라서 법원은 개정된 지방세법 경과규정을 근거로 법인지방소득세에도 법인세 이월공제를 적용할 수 없다고 판시했습니다.