신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 및 고가주택 양도차익 등의 계산

조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하면, 거주자(주택건설사업자를 제외)로서 2001. 5.23.부터 2003. 6.30.까지(단, 서울시, 과천시, 분당․일산․평촌․산본․중동 신도시는 2002.12.31.까지) 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축주택(단, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 당해 기간 중 동법시행령 제99조의3 제4항의 규정의 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외, 이하 “신축주택”이라 함)을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것입니다. 위에 해당하는 신축주택은 다른 주택의 1세대 1주택 비과세규정(소득세법 제89조 제3호 및 동법시행령 제154조)을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것이며, 양도소득세 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것입니다. 그리고 위의 신축주택 외에 다른 1주택(귀 질의상 성남시 분당구 ○○동 주택)이 소득세법시행령 제154조에 의한 1세대 1주택의 비과세 요건(3년 이상 보유 및 2년 이상 거주 등)을 갖춘 경우에도 당해 주택(그 부수토지 포함)의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 6억원을 초과하는 고가주택인 경우 소득세법 제96조 제1항 제1호의 규정에 의하여 실지거래가액을 적용하여 양도가액을 산정하는 것이며, 이 경우 고가주택의 양도차익과 장기보유특별공제는 동법시행령 제160조 제1항 각호의 산식에 의하는 것입니다.