항행안전시설사용료를 대신하여 징수하고 납부하는 경우 부가가치세 과세여부

귀 질의 1, 2의 경우 사업자가 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 직접 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 것으로 외국을 항행하는 항공기에 공항시설을 사용하게 하고 그 사용료를 받는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것입니다. 귀 질의 2의 경우 사업자가 공항시설을 임대하여 주고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이나 공공요금을 임대료와 별도로 구분 징수하여 납입을 대행하는 경우 당해 공공요금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것입니다. 귀 질의 3의 경우 사업자가 국가가 직접 부과하는 항행안전시설사용료를 국가를 대신하여 별도로 구분 징수하여 전액 국고에 납부하는 경우 당해 금액은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것입니다. 귀 질의 4의 경우에는 부가가치세법 기본통칙 11-64-9를 참고하시기 바랍니다.