합병관련 세무사항 질의에 대한 회신

(질의 1) 특수관계자인 법인간에 불공정한 비율에 의해 합병함으로써 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여시 주주 등인 법인의 익금에 산입할 금액의 계산은 법인세법 시행령 제89조 제6항에 의하여 상속세 및 증여세법 제38조 및 상속세 및 증여세법 시행령 제28조의 규정을 준용하는 것으로, 귀 질의의 최대주주 등의 보유주식 등에 대한 할증평가 적용여부에 대해서는 아래 재재산-23(2007.1.5.)호를 참고하시기 바라며, (질의 5) 법인세법 제44조 제1항 제1호의 합병평가차익상당액의 손금산입규정을 적용함에 있어서 “합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인” 해당여부는 기존예규(서면2팀-2497, 2004.11.30)를 참고하시기 바랍니다. -「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어 주식등의 시가가 불분명할 경우에는 동법 시행령 제89조 제2항에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조의 규정을 준용하도록 하고 있는바, 피합병법인의 주주가 합병대가로 받는 합병법인의 주식과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 제38조의 규정을 적용함에 있어 피합병법인이 보유한 합병법인의 주식에 대하여는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항의 규정을 적용하지 아니하는 것임.