비영리법인의 수익사업부문 토지재평가차액의 손익귀속 여부

1. 귀 질의 가의 경우 비영리법인이 수익사업용 자산에 대하여 재평가하는 경우에는 법인세법 제3조 제2항 제1호의 사업에 사용하는 부동산으로서 자산재평가법 기본통칙 15-0…2호에 의하여 재평가일 현재 고유목적사업에 직접 사용한지 3년이 경과하지 아니한 부동산재평가세가 비과세되는 비수익사업용 자산은 재평가액에 의한 감가상각비계상 및 양도시 재평가차액의 비과세 적용을 하지 아니하는 것이므로 구 법인세법 제39조 제1항 및 재평가법 제33조 제1항 단서 규정에 의거 재평가차액의 범위내에서 법인의 선택에 따라 손금에 산입한 재평가차액상당액은 당해 토지를 처분하는 사업연도에 전액 익금에 산입하여야 하는 것이며(법령 제64조 제4항, 구법령 제 67조 제2항) 2. 귀 질의 나의 경우 기존의(조세46019-135, 2003.4.7.) 해석에 따라 국세기본법 제45조의 2 제1항의 규정을 개정하여 명문화한 것으로 귀 질의와 같이 최초의 과세표준 및 세액에 대하여 수정신고를 한 경우에도 경정청구기한 내에는 수정신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구가 가능한 것이나, 경정청구 기한이 경과하여 손금산입은 할 수 없는 것임.