의제매입세액을 공제받은 후 기타 면세사업 등에 사용하는 경우 사후관리

1. 귀 질의 1의 경우 제조업을 영위하는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액 공제는 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받는 당해 사업장에서 하여야 하나, 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종 제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있으며 이 경우 공제시기는 당해 원재료를 실지로 공급받는 때 (귀 질의 경우 본사가 매입하는 때)가 속하는 예정신고 또는 확정신고시 당해 매입가액을 기준으로 하여 의제매입세액을 계산하는 것임. 2. 귀 질의 2의 경우 의제매입세액 공제시기는 의제매입세액 공제대상 원재료를 실제로 공급받는 때가 속하는 예정신고 또는 확정신고시 매입세액으로 공제하는 것이며, 의제매입세액을 공제받은 수산물을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 부가가치세법 시행령 제62조 제2항의 규정에 의하여 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 하는 것임.