시설물 기부채납에 따른 사용・수익허가를 받은 경우 세금계산서 발급 방법 등

위 사전답변신청의 사실관계와 같이 ｢○○○지원특별법｣ 제4조에 따라 설립된 신청인이 ●●● 해양생물관 민간투자사업과 관련하여 사업시행자를 선정하여 실시협약을 체결한 후 쟁점시설물을 기부채납받기로 하고 그에 대한 관리운영권을 00년간 설정하여 주면서 총사업비 중 일부를 건설보조금으로 부담하기로 한 경우 사업시행자는 쟁점시설물에 대한 기부채납절차가 완료되는 때에 ｢부가가치세법｣ 제13조제1항 각 호의 가액을 합한 금액을 공급가액으로 하여 신청인에게 세금계산서를 발급하여야 합니다. 다만, 사업시행자가 기부채납절차가 완료되기 전에 신청인으로부터 건설보조금 명목의 대가를 받은 경우에는 같은 법 제9조제3항에 따라 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급한 후 나머지 가액에 대하여 기부채납절차가 완료되는 때에 발급할 수 있는 것입니다. 또한 신청인이 사업시행자에게 쟁점시설물에 대한 관리운영권을 설정하여 줌에 따라 부동산임대업을 운영하는 것과 관련하여 해당 시설물을 취득하면서 발급받은 세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.