총괄납부사업자의 의제매입세액한도계산방법

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 부가가치세 면세 원재료를 자기의 제조장(이하 “제조장”이라 한다)에서 과세재화인 배합사료를 생산하여 일부를 타인에게 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장(이하 “직매장등”이라 한다)으로 반출하는 경우 제조장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 제조장의 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접·제조하여 판매한 배합사료의 공급가액과 직매장등으로 반출되어 판매된 배합사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙입니다. 다만, 각 사업장의 부가가치세 과세표준에서 직매장등 반입·반출 배합사료의 공급가액을 확인할 수 없는 때에는 각 사업장의 과세표준을 합리적인 비율(자기생산 판매분, 반입·반출분의 제조원가 또는 시가가 과세표준에서 차지하는 비율 등)로 안분하여 제조장 생산분의 공급가액을 합산하는 것입니다. 이 때 부가가치세 확정신고를 하는 때에는 해당 과세기간의 배합사료의 최종 공급가액으로 재계산하여야 하는 것이며, 의제매입세액 공제시기는 면세농산물등을 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하거나 사용할 수 있는 때가 속하는 예정신고 및 확정신고 시에 의제매입세액으로 공제하는 것임