지방공사가 수행하는 지방자치단체 위탁사업에 대한 부가가치세 면제 여부

질의1의 경우, 「부가가치세법 시행령」 제47조에 따른 공익단체 및 「조세특례제한법 시행령」 제106조제7항에 따른 정부업무대행단체에 해당하지 아니하는「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 화왕산 군립공원, 산토끼노래동산, 장사시설, 체육시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁받아 자기의 책임과 계산으로 이용자로부터 입장료 및 사용료(이하 “입장료 등”이라 한다)를 지급받는 경우 해당 용역의 공급에 대하여는 지방공사가 「부가가치세법」 제3조에 따른 납세의무자가 되는 것이며, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 용역을 공급하는 경우에는 위탁자인 지방자치단체가 부가가치세의 납세의무자가 되는 것으로, 귀 질의와 같이 지방공사가 지방자치단체 소유 시설물의 입장료 등을 지방자치단체장의 명의로 세금계산서 또는 영수증을 이용자에게 발급하고 사용료를 지방자치단체의 세외수입금계좌로 입금하는 등 지방자치단체의 명의와 계산으로 운영하는 경우에 해당한다면 해당 사용료에 대한 납세의무자는 지방자치단체가 되는 것임 질의2의 경우, 해당 지방공사가 지방자치단체로부터 정산하여 지급받는 「지방공기업법」 제71조에 따른 대행사업비 및 대행수수료는 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것입니다. 다만, 지방자치단체의 책임과 계산으로 화왕산 군립공원, 산토끼노래동산, 장사시설, 체육시설을 운영 및 유지·관리하면서 단순히 그 지출을 대행하고 거래상대방으로부터 세금계산서, 계산서, 영수증(이하 “세금계산서 등”이라 한다)에 공급받는 자를 지방자치단체장으로 기재하거나 「부가가치세법 시행령」 제69조에 따라 세금계산서를 수수한 경우에는 지방자치단체로부터 받는 대행사업비 및 대행수수료에서 해당 세금계산서 등의 공급가액을 제외한 가액을 지방공사의 부가가치세 공급가액으로 하는 것임 질의3의 경우, 질의1의 입장료 등 또는 질의2의 대행사업비 및 대행수수료 수입에 따른 부가가치세의 납세의무자는 해당 사업과 관련하여 납세의무자 명의로 발급받은 세금계산서상의 매입세액은 「부가가치세법」 제38조에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액에 해당하는 것임 질의4의 경우 지방자치단체 시설물의 위수탁 관리운영에 대한 대가를 해당 사업에 소요된 경비 등의 정산을 통하여 연간 또는 반기로 그 시기를 정하여 지급받기로 약정한 경우 그 공급가액이 확정된 때를 공급시기로 하는 것임