계약 변경의 경우 「부가가치세법 시행령」부칙 제9조 적용가능 여부

「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 연구용역을 제공하는 경우에 있어서 장기연구용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별 계약을 체결하여 연구용역을 제공하는 경우, 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 총차계약의 체결에도 불구하고 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 연구용역을 별도의 용역계약으로 보아 연차계약에 의한 용역의 제공이 2013년 12월 31일 이전에 개시되는 경우에는「부가가치세법 시행령」부칙(제25196호) 제9조에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 2014년 1월 1일 이후 개시되는 연구용역에 대해서는 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 연차계약에 따라 2013년 12월 31일 이전에 연구용역 제공이 개시되고 2014년 1월 1일 이후 당초 용역제공 내용에 실질적인 변경 없이 단순한 가격의 조정이나 기간의 변경에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것입니다.