지배종속관계에 있는 3개 법인이 합병하는 경우 적격합병 해당여부 등

① 정부가 직·간접으로 출자한 내국법인 A, B, C 간에 정부시책에 따라 지배구조의 재편이 이루어지는 경우로서, A를 합병법인으로 B, C를 피합병법인으로 하여 동일자에 합병이 이루어지는 경우에는 A가 B와 C를 각각 합병하는 것으로 보아 법인세법 제44조제2항 각호의 충족여부를 판단하는 것입니다. 이때 B와 A가 완전모자회사 관계에 있고, C가 B의 주주인 상황에서, 완전자회사인 A가 완전모회사인 B를 합병하면서 합병대가로 합병신주만을 발행하는 경우로서 B의 주주 중 C에게는 합병신주를 발행하지 않고 다른 주주인 정부에게는 지분비율대로 합병신주를 발행하고, A가 C를 합병함으로써 승계한 B법인 주식을 소각하는 경우에는 법인세법 제44조 제2항 제2호 및 제3호의 요건을 충족한 것으로 보는 것이며, A가 C에게 합병신주를 발행하지 않은 것은 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니하는 것입니다. ② 한편, A가 C를 합병하면서 B법인 주식을 승계하였으나 동일자로 B가 A에 합병되어 소멸함으로써 B법인 주식이 소각되는 경우, B법인 주식의 세무조정 승계액(지분법평가이익 익금불산입)은 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것입니다.