사업자가 보상비, 부대비 등을 선지출하고 원금과 이자를 수령하는 경우 해당 이자상당액의 부가가치세 공급가액 포함여부

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 건설업을 영위하는 신청법인이 ◉◉시와 체결한 「○○부대이전 및 부지개발사업(이하 “본 사업”)」민자유치 시행 협약서에 따라 공사비와 보상비, 부대비의 합계액을 사업비로 하고 해당 사업비와 물가변동비, 건설이자의 합계액을 투자비로 하여 본 사업을 수행함에 있어 사업비 중 보상비와 부대비는 ◉◉시가 정한 추정 금액으로 신청법인이 ◉◉시에 대여하고, 해당 비용으로 ◉◉시가 토지매수 및 손실보상업무를 시행하며, 사업종료 시 신청법인과 ◉◉시가 실 투입비로 정산하기로 한 경우로서, 공사금액(설계비, 공사비, 지장물 철거비 및 각종 용역비 등), 공사금액 조정을 위한 물가변동비 및 공사금액의 건설이자를 건설용역의 대가로 하고, 보상비와 부대비에 대해서는 사업종료시 실 투입비로 정산하기로 한 ◉◉시와의 협약에 따라 신청법인이 해당 보상비와 부대비를 대여금으로 처리하여 이자상당액을 미수이자로 계상하는 등 보상비와 부대비 및 그 이자상당액을 본 사업 용역대가로 볼 수 없는 경우에는「부가가치세법」제29조제3항에 따른 공급가액에 포함하지 아니하는 것입니다. 다만, 용역의 제공에 대한 공급가액에 포함하지 아니할 것인지 여부는 보상비와 부대비 및 그 이자상당액 관련 거래당사자간 협약서에 따른 실질 거래내용 및 해당 비용의 실질적 부담주체 등의 사실관계를 종합하여 판단할 사항입니다.