지방자치단체 명의로 수취한 세금계산서를 지방공사의 공급가액에서 제외할 수 있는지

귀 서면질의의 경우, 지방공사가 자기의 책임과 계산으로 환경기초시설, 하수관거, 문화스포츠관련시설 등의 운영 및 유지․관리용역을 제공하면서 지방자치단체로부터 정산하여 지급받는 「지방공기업법」제71조에 따른 대행사업비 및 대행수수료는 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것이나, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 시설을 운영 및 유지․관리하면서 지방공사는 단순히 그 지출만을 대행하고 거래 상대방으로부터 세금계산서에 공급받는 자를 지방자치단체장으로 기재하거나 「부가가치세법 시행령」제69조에 따라 세금계산서를 수수한 경우에는 지방자치단체로부터 받는 대행사업비 및 대행수수료에서 해당 세금계산서의 공급가액을 제외한 가액을 지방공사의 부가가치세 공급가액으로 하는 것입니다. 다만, 귀 질의의 경우 단순히 지출만을 대행한 것인지 여부는 거래형태, 계약관계 등 사실관계를 종합적으로 판단하여 결정할 사항입니다.