장기임대주택과 조특법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 보유한 경우 비과세

1. 귀 질의 1의 경우, 「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 장기임대주택(이하 “장기임대주택”)과 「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 1세대가 「소득세법 시행령」제155조제19항 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하“거주주택”)을 양도할 때에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하는 것입니다. 2. 귀 질의 2의 경우, 「조세특례제한법」제99조의2제1항에 해당하는 감면대상 주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100%를 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제하는 것입니다. 이 경우, 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부하는 것입니다. 3. 귀 질의 3, 4의 경우, 장기임대주택을 보유한 기간 중 양도한 다른 거주주택(직전거주주택)이 있는 거주주택인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다. 4. 한편, 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 거주주택을 양도할 때 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것이나, 그 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 「소득세법 시행령」제155조제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고・납부하여야 하는 것입니다.