지주회사 전환으로 과세이연 받은 주식과 그 밖의 주식 중 일부 양도 시 취득가액 산정 방법 등

A법인은 2003.7.1. 인적분할로 “「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사”(이하 “지주회사”)를 설립하여 A법인의 내국인 주주였던 갑은 지주회사 주식을 취득하게 되었고, 2003.10.15. 갑은 보유 중인 A법인의 주식과 B법인의 주식을 지주회사에 현물출자하여 지주회사 주식을 추가로 취득한 후 해당 현물출자 주식에 대해「조세특례제한법」(2003.12.31. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 과세특례를 적용받은 경우 (질의1) 갑이 보유 중인 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는「조세특례제한법 시행령」(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 개정된 것) 제35조의4제1항에 따라 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다. (질의2) 같은 날 A법인의 주식과 B법인의 주식을 현물출자하고 지주회사 주식을 취득한 후 해당 지주회사 주식 중 일부를 양도하는 경우에는 A법인의 주식과 B법인의 주식 보유비율대로 양도되었다고 보아 양도한 지주회사 주식의 취득가액을 산정하는 것입니다. (질의3) 양도하는 지주회사 주식에 적용되는 세율은 지주회사 주식 양도 시점에 지주회사 주식에 적용되는「소득세법」제104조제1항제11호에 따른 세율이 되는 것입니다.