기부채납한 사회기반시설 운영기간 중 부대시설을 추가 건설하여 기부채납 시 영세율 적용 여부 등

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하“민투법”)제2조제7호에 따른 사업시행자가 국가(환경부)와 수도권매립지 매립가스 자원화 민간투자 시설사업(이하“본건사업”) 실시협약을 체결하여 매립가스를 이용한 50MW급 스팀터빈 발전시설 및 송전시설을 민투법 제4조제1호의 규정에 따른 방식으로 국가에 기부채납하고 그 반대급부로 일정기간 무상사용권을 취득한 후, 기존 무상사용 운영기간 중 황화수소(H2S) 농도 증가 및 「수도권 대기환경 개선에 관한 특별법」제정 등으로 주무관청(환경부)의 승인을 얻어 부대시설인 황산화물 전처리시설(이하“쟁점 추가시설”)을 추가로 건설하여 기부채납하고 그 대가(총사업비)를 받는 경우 쟁점 추가시설의 공급이 본건사업에 포함하여 공급되는 경우에는「조세특례제한법」제105조제1항제3호의2에 따른 부가가치세 영세율 대상에 해당하는 것입니다. 다만, 민투법에 따른 사업시행자인지 여부와 쟁점 추가시설의 공급이 본건사업에 포함되는지 여부 등은 관련 소관부처에서 판단할 사항입니다. 또한, 쟁점 추가시설 설치 및 관리 운영에 따라 국가가 지원하는 재정지원금(총사업비, 운영비, 기타비용) 중 재화 또는 용역의 공급에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 지원하는 운영비 및 기타 비용 재정지원금은「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 공급가액에 포함하지 아니하는 국고보조금에 해당하는 것입니다.