공유수면 매립비용 중 총사업비로 승인받지 못한 비용을 지출하면서 부담한 매입세액 공제 여부

사업자가 「기업도시개발특별법」에 따라 문화체육관광부 장관 및 국토해양부 장관(이하 “문체부장관 등”)으로부터 영암․해남 관광레저형 기업도시 A지구(이하 “A지구”) 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 받은 후 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」(이하 “공유수면법”)에 따라 A지구의 공유수면 매립공사를 완료하였으나 해양수산부장관(이하 “매립면허관청”)으로부터 해당 매립공사에 지출한 비용 중 개발계획 변경 및 실시계획 승인 용역비용과 토사투입공사 용역비용(이하 ”토사투입공사 비용 등”)을 제외한 금액에 대해서만 매립공사의 총사업비로 승인받은 경우로서 토사투입공사 비용 등이 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련하여 지출한 비용에 해당하는 경우 해당 비용 등을 지출하면서 부담한 매입세액은 「부가가치세법」제38조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제가능한 것입니다. 다만, 토사투입공사 비용 등이 공유수면법에 따라 A지구 개발구역 지정 및 개발계획 승인과 관련하여 지출한 비용인지 여부는 관련 사실 등을 종합하여 사실판단할 사항입니다.