정부 지원사업과 관련하여 받는 정부보조금이 부가가치세 공급가액에 포함되는지 여부 등

사업자가 지역 에너지신산업 활성화 지원사업(이하 “쟁점사업”)에 대한 협약을 정부 및 지방자치단체A 또는 B와 각각 체결하여 쟁점사업을 수행하고 그 결과물을 지방자치단체A 또는 B에 귀속시킨 후 해당 사업비(지방비, 민간투자금, 정부보조금)를 각 지방자치단체로부터 받는 경우 정부보조금을 포함한 해당 사업비 전액이 용역공급에 따른 대가에 해당하는 것으로서 지방자치단체A 또는 B를 공급받는 자로 하여 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서를 발급하는 것입니다. 또한, 사업자와 정부 및 지방자치단체A 또는 B 간에 체결한 협약서상 사업비를 부가가치세 미포함 또는 부가가치세 제외로 표시한 경우 해당 사업비는 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없는 것이므로 그 금액이 같은 법 제29조제3항에 따른 부가가치세 공급가액이 되는 것입니다.