해상운송업체 등이 수입물품에 대한 용역을 제공하고 그 대가를 세관장으로부터 수취한 경우 세금계산서 발급방법

사업자(이하 “화주”)가 중국회사와의 계약에 따라 외국으로부터 수입한 물품(이하 “쟁점물품”)을 보세구역에 보관하였으나 보세구역에서의 장치기간이 경과함에 따라 세관장이「관세법」제210조에 따른 매각방법으로 쟁점물품을 매각(공매처분)한 후 그 매각대금으로 그 매각비용, 관세, 각종 세금의 순으로 충당하고 남은 잔금을 복합운송주선업자 등에게 지급한 경우로서, 계약상 원인에 따라 복합운송주선업자(B업체)가 화물운송업자(A업체)로 하여금 국외에서 국내로 쟁점물품을 운송하게 하고 해상운송료는 중국회사가 부담하되 해상운송에 소요되는 유류할증료 외 기타 경비 등의 비용은 화주가 부담하기로 하였고, 화물운송업자(A업체) 소유 컨테이너의 지체사용(150일간)으로 인한 비용(Demurrage Charge), 화물보관업체(D업체)의 감만부두에 쟁점물품을 보관함에 따른 화물보관료, 세관장의 무작위 추첨으로 선택된 쟁점물품에 대한 검사를 위해 화물검사대로의 운송용역 등을 제공한 운송업체(C업체)에 지급해야 할 운송용역비 등을 화주가 각각 부담하기로 하였으나 쟁점물품이 세관장에 의해 공매처분되어 그 대가를 세관장이 「관세법」제211조제3항에 따라 지급한 경우 A업체, B업체, C업체는 「부가가치세법」 제11조 및 제32조제1항에 따라 해당 용역을 실제 공급받는 화주에게 (영세율)세금계산서를 발급하여야 하는 것이며, D업체도 해당 용역을 실제 공급받는 화주에게 (영세율)세금계산서를 발급하여야 하나 거래의 특성상 또는 보관․관리상 화주를 알 수 없는 경우에는 같은 법 제10조제7항 단서 및 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 D업체는 A업체에게, A업체는 화주에게 각각 (영세율)세금계산서를 발급할 수 있는 것입니다. 다만, A업체, B업체, C업체, D업체가 화주에게 실제로 제공한 용역에 대한 대가를 세관장으로부터 받은 것인지 여부 등은 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단할 사항입니다.