정부출연금으로 취득한 재화 또는 용역에 대한 매입세액이 불공제 대상인지 여부

주관기관과 참여기관(이하 “사업자”)이 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 사업자에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 자기의 과세사업과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 대가를 종업원명의의 신용카드를 사용하여 지급하고 부가가치세법 시행령 제88조제5항에 따른 일반과세자로부터 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표를 교부받은 경우 동 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 보는 것입니다. 다만, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 자기의 면세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세는 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조에 따라 안분 계산하는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참고하시기 바랍니다. ○ 기준 2018-법령해석부가-0206, 2018.10.23. 사업자(이하 “주관기관”)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 주관기관에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임 ○ 전자세원과-847, 2009.12.18. 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 대가를 종업원명의의 신용카드를 사용하여 지급하고 공급자(일반과세자)로부터 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표를 교부받은 경우 동 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 보는 것이나, 이 경우 당해 종업원명의의 신용카드로 공급받은 재화 또는 용역이 자기의 과세사업과 관련되는지 여부는 구체적인 거래사실에 따라 사실판단할 사항임 ○ 부가가치세과-1367, 2010.10.14. 부가가치세가 면제되는 여객운송용역과 과세되는 부동산 임대용역 및 광고용역을 공급하는 사업자의 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 규정에 의하여 안분계산하는 것이며, 부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 같은 법 제17조제2항제6호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임