추가로 지급하는 물류대행수수료가 수정세금계산서 수취 대상인지 여부

사업자가 ‘갑’사업자(이하 “수탁자”)로부터 물류운송용역을 공급받기로 하는 위탁계약을 체결하고 수탁자는‘을’사업자에게, ‘을’은 ‘병’사업자에게 물류운송용역을 재위탁하였으며, 사업자와 수탁자, 수탁자와 ‘을’은 계약 상 운송용역의 공급대가가 일정 요율을 초과하지 못하도록 비용상한 규정을 둔 경우로서 코로나19 영향으로 인해 물류 운송량이 급증함에 따라 수탁자로부터 물류운송용역을 재위탁받은 ‘을’과 ‘병’ 사업자에게 발생된 초과물류비용을 사업자가 수탁자 및 ‘을’ 사업자와 합의서를 작성하여 수탁자에게 지급하기로 한 경우 해당 초과물류비용이 수탁자가 당초 공급한 용역의 공급가액에 추가되는 금액이 발생하여 지급받는 금전인 경우에는 「부가가치세법 시행령｣ 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이나, ‘을’또는 ‘병’사업자에게 코로나 19로 인한 손실을 보전하기 위하여 지급받는 금전인 경우에는 손실보전금으로서 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것입니다. 다만, 당초 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 것인지, 제3자에게 손실보전금을 지급한 것인지 여부는 계약관계 및 구체적인 거래내용에 따라 사실판단 할 사항입니다.