인허가조건 기부채납 시 세금계산서 발급여부 등

○○경제자유구역의 개발사업 시행사 중 하나인 ◇◇공사(이하“공사”)가 □□택지지구 조성과 관련하여 ○○광역시 경제자유구역청(이하“경제청”)으로부터 인·허가를 받는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설(이하“시티타워 등”)을 건설하여 경제청에 기부채납하기로 약정한 경우로서 공사가 경제청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제청에게 소유권이전등기를 하고 공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우 공사는 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 경제청에게 세금계산서를 발급하지 않는 것이며, □□지구 개발사업을 수행하기 위해 시티타워 등을 건설하여 경제청에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 같은 법 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되어 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는 것이고, 시티타워 등을 건설한 사업자로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액은 □□지구 개발사업이 토지의 개발 및 공급 등으로 면세사업에 해당하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제하지 않는 것이나 부동산 임대업 등 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하는 것입니다. 다만, 과세사업 관련 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.