기숙사 기부채납으로 부여받은 시설관리운영권의 면세전용 간주공급 적용 여부 등

｢한국사학진흥재단법｣에 따른 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적 법인(이하 “사업자”)이 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식을 준용하여 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 기숙사 운영 사업을 하는 경우 1. 학교가 제공하는 시설관리운영권 및 사업자의 기숙사 운영 용역은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제8호의3에 따라 2020.1.1. 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것임 2. 시설관리운영권의 면세사업 전용에 대한 간주공급 규정 적용 여부는 기획재정부 해석(기획재정부 조세법령운용과-496, 2021.6.3)을 참조하시기 바람 ○ 기획재정부 조세법령운용과-496, 2021.6.3. 사업자가 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제4조제1호의 방식(BTO 방식)을 준용하여 기숙사를 학교에 기부채납하고 시설관리운영권을 설정 받아 기숙사를 운영하던 중 ｢조세특례제한법｣(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제106조제1항제8호의3 개정에 따라 기숙사 운영이 과세사업에서 면세사업으로 전환된 경우 학교가 사업자에게 시설관리운영권을 설정한 것은 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항제2호에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로 같은 법 제10조제1항제1호에 따른 재화의 공급으로 보지 아니하는 것임 3. 학교가 2020.1.1. 전 사업자에게 시설관리운영권을 부여하며 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항에 따라 받은 대가(기숙사) 전부에 대하여 세금계산서를 발급한 경우 사업자는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이나, 같은 법 제29조제10항제3호 및 같은 법 시행령 제29조제2항제2호에 따른 용역의 공급시기에 시설관리운영권 부여에 대한 세금계산서를 발급한 경우에는 2020.1.1. 이후 공급분부터 면세되므로 사업자는 공제받을 매입세액이 없는 것임