공통매입세액 안분계산 관련 회신

귀하의 질의에 대해서는 아래의 기획재정부 해석을 참조하시기 바람 ■ 기획재정부 부가가치세제과-266, 2010.04.22. 국가로부터 출연금을 받아 운영되는 연구원의 고유목적사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 경우에는 이와 관련한 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당하지 않는 것임 다만, 연구원이 수익사업을 겸영하는 경우에 매입세액의 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조에 따라 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산(1차 안분)하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하고, 수익사업에 해당하는 공통매입세액은 수익사업의 과세, 면세 공급가액으로 다시 안분계산(2차 안분)하여 과세사업에 해당하는 매입세액만 공제받을 수 있는 것임