장기임대주택 양도 시 다주택 중과세율 적용제외 여부 및 조세특례제한법 제97조의3 및 같은 법 제97조의4에 따른 과세특례 적용 여부

위 사전답변 신청의 경우, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3제1항제2호의 장기임대주택의 임대보증금 또는 임대료 증액제한 규정의 기준이 되는 최초의 계약은 같은 영(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 시행일 이후 최초로 체결한 표준임대차계약이 되는 것이며 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택으로서 「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호가목에 따른 장기임대주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우는 「소득세법」제104제7항제3호에 따른 세율은 적용되지 않고「조세특례제한법」제97조의4에 따른 과세특례도 적용받을 수 있는 것입니다. 한편, 「조세특례제한법」제97조의3제1항제2호에 따른 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 기준이 되는 최초의 계약은 기존해석사례(사전-2019-법령해석재산-0305, 2019.10.31.)를 참고하시기 바라며, 2020.8.18. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소되는 경우 「조세특례제한법」제97조의3 적용은 기존해석사례(서면-2020-법령해석재산-3286, 2021.05.11.)를 참고하시기 바랍니다. 다만, 「조세특례제한법」제97조의3에 따른 과세특례는 같은 법 제97조의4에 따른 과세특례와 중복하여 적용하지 아니합니다. 거주자가 소유주택을「(구)임대주택법」에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 단기민간임대주택으로 변경 등록하고 다시 장기일반민간임대주택으로 변경 등록한 후 기존임대차계약이 만료되어 재계약하거나 새로운 임차인과 계약을 체결하는 경우「조세특례제한법」제97조의3제1항제2호에 따른 임대료증액 제한 기준이 되는 임대차계약은 장기일반민간임대주택으로 등록 당시 존속 중인 표준임대차계약이 되는 것입니다. 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아「조세특례제한법」제97조의3제1항 본문에 따른 과세특례를 적용하며, 같은 항 단서는 적용하지 않는 것입니다.