지방도 등 도로 통행료 감면에 따른 손실금액을 공공보조금으로 보상받는 경우 공급가액 포함 여부

｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 민간투자사업의 시행자(이하 “사업시행자”)가 지방도 등 도로를 준공하여 지방자치단체에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 지방자치단체의 요청으로 ｢유료도로법｣ 제15조에 따라 설날 및 추석 연휴에 도로를 이용하는 차량에 대하여 통행료를 감면하고 감면에 따른 손실금액을 지방자치단체로부터 보상받는 경우 해당 보상금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참조하시기 바랍니다. ○ 기준-2019-법령해석부가-0416, 2019.07.04 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 고속도로 민간투자사업의 시행자(이하 “사업시행자”)가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 국가 및 지방자치단체(이하 “국가등”)와 체결한 고속도로 통행료 감면협약에 따라 경차, 택시(빈차), 지역주민 차량 등 감면대상 차량에 대하여 통행료를 감면하고 감면에 따른 손실금액을 국가등으로부터 보상받는 경우 해당 보상금은 「부가가치세법」 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것임 ○ 재부가-104, 2016.2.25. ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조제7호에 따른 사업시행자가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 인정받아 사용‧수익하면서 같은 법 같은 조 제6호에 따른 실시협약에 따라 소비자물가지수변동분을 감안하여 매년 통행료를 조정하여야 하나, 국가의 물가정책 등에 따라 적기에 통행료를 조정하지 못하여 발생하는 손실을 같은 법 제53조에 따라 국가가 그 사업시행자에게 보상하는 경우 그 보상금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하는 것임 ○ 부가46015-1430, 1999.5.20. 부가가치세는 재화나 용역의 공급에 대하여 과세하는 것이므로 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자로부터 그 공급에 대한 대가가 아닌 손실보전금 등을 지급받는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임