지방자치단체가 지방공사에 특정사업 위탁수행 대가로 보조금을 지급하는 경우 부가가치세 공급가액 포함 여부

서울지하철 7호선 연장구간 중 특정구간을 관할하는 지방자치단체(이하 “위탁기관”)가 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사(이하 “공사”)들과 서울지하철 7호선 연장구간 중 특정구간에 대한 열차의 운행관리, 차량의 정비 및 기타 제반 업무(이하 “쟁점업무①”) 및 여객운송·운임의 징수관리, 도시철도시설의 유지보수·관리, 부대사업 및 기타 제반 업무(이하 “쟁점업무②”, 쟁점업무①,②를 합쳐 “쟁점업무”라 칭함)를 각각 위탁 운영하는 협약을 체결하고, 공사가 자기 책임과 계산으로 쟁점업무 용역을 위탁기관에 제공하는 경우 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급에 해당하는 것으로서 공사가 쟁점업무 용역을 제공하고 받는 보조금은 용역의 공급과 직접 관련되는 대가로 ｢부가가치세법」제29조에 따라 부가가치세가 공급가액에 포함하는 것이며, 해당 공사가 ｢지방공기업법｣ 제71조에 따라 위탁기관으로부터 정산하여 지급받는 대행사업비는 용역의 공급대가에 해당하므로 대행사업비 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것입니다.