정부출연 연구기관으로서 과세(기술지원, 기술료수익) 사업과 과·면세(수탁연구개발) 사업, 비과세(정부출연사업 등) 사업 등 수종의 사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분계산 방법

사업자가 수종의 과세 및 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하는 것이며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 등에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액)의 비율에 의하여 계산하는 것으로, 기존 해석사례를 보내드리니 참조하시기 바랍니다. ○ 법규부가2011-0356, 2011.10.14. 수종의 과ㆍ면세 사업을 겸영하는 사업자가 공통매입세액을 안분 계산하는 경우, 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부문만의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 것입니다. ○ 부가46015-4064, 2000.12.18 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 안분계산하는 것임.