건축허가신청 반려처분 취소청구

1. 사건개요 청구외 A는 2020. 8. 18. 피청구인으로부터 가축사육제한구역인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 0000번지, 0001번지, 0002번지 토지(이하 위 3필지를 통틀어 ‘이 사건 신청지’라 한다)에 동식물관련시설(돈사) 부지조성 목적으로 개발행위허가를 득한 후, 2022. 3. 14. 허가조건 중 가축분뇨처리계획과 관련하여 위탁처리업체를 당초 농업회사법인 B 주식회사에서 C 유한회사 농업회사법인(이하 ‘C’라 한다)으로 변경하는 내용으로 개발행위변경허가를 받았다. 이후, A는 2023. 1. 30. 피청구인에게 이 사건 신청지에 돈사 신축 목적의 건축허가를 신청(이하 ‘이 사건 신청’이라 한다)하였으며, 같은 해 3. 16. 위 개발행위허가의 명의자와 이 사건 신청의 건축주가 청구인으로 변경되었다. 피청구인은 이 사건 신청에 대해 3차례에 걸쳐 ‘①「○○시 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 조례」(이하 ‘이 사건 조례’라 한다) 제3조의2에 따른 사육시설 증설 등의 제한사항 검토, ②C는 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」(이하 ‘가축분뇨법’이라 한다)에 따라 가축분뇨관련영업허가를 득한 자가 아닌바, 가축분뇨 재활용신고자 및 가축분뇨관련영업허가를 득한 자에게 가축분뇨를 전량 위탁 처리할 것’을 내용으로 보완을 요구하였고, 2023. 7. 18. 청구인에게 보완사항 미제출을 이유로 「민원 처리에 관한 법률」(이하 ‘민원처리법’이라 한다) 제22조 및 같은 법 시행령 제25조에 따라 이 사건 신청을 반려(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 2. 이 사건 처분의 위법·부당 여부 가. 관계법령 【건축법】 제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다. <개정 2014. 1. 14.> ⑤ 제1항에 따른 건축허가를 받으면 다음 각 호의 허가 등을 받거나 신고를 한 것으로 보며, 공장건축물의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조의2와 제14조에 따라 관련 법률의 인ㆍ허가등이나 허가등을 받은 것으로 본다. <개정 2009. 6. 9., 2010. 5. 31., 2011. 5. 30., 2014. 1. 14., 2017. 1. 17., 2020. 3. 31.> 18. 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제11조에 따른 배출시설 설치허가나 신고 ⑥ 허가권자는 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 다른 행정기관의 권한에 속하면 그 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 협의 요청을 받은 관계 행정기관의 장은 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 제8항에 따른 처리기준이 아닌 사유를 이유로 협의를 거부할 수 없고, 협의 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다. <개정 2017. 1. 17.> 제12조(건축복합민원 일괄협의회) ① 허가권자는 제11조에 따라 허가를 하려면 해당 용도ㆍ규모 또는 형태의 건축물을 건축하려는 대지에 건축하는 것이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제54조, 제56조부터 제62조까지 및 제76조부터 제82조까지의 규정과 그 밖에 대통령령으로 정하는 관계 법령의 규정에 맞는지를 확인하고, 제10조제6항 각 호와 같은 조 제7항 또는 제11조제5항 각 호와 같은 조 제6항의 사항을 처리하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 건축복합민원 일괄협의회를 개최하여야 한다. ② 제1항에 따라 확인이 요구되는 법령의 관계 행정기관의 장과 제10조제7항 및 제11조제6항에 따른 관계 행정기관의 장은 소속 공무원을 제1항에 따른 건축복합민원 일괄협의회에 참석하게 하여야 한다. 【국토의 계획 및 이용에 관한 법률】 제56조(개발행위의 허가) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하 “개발행위”라 한다)를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가(이하 “개발행위허가”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시ㆍ군계획사업(다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 의제한 사업을 포함한다)에 의한 행위는 그러하지 아니하다. <개정 2011. 4. 14., 2018. 8. 14.> 1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치 2. 토지의 형질 변경(경작을 위한 경우로서 대통령령으로 정하는 토지의 형질 변경은 제외한다) 제58조(개발행위허가의 기준) ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 개발행위허가의 신청 내용이 다음 각 호의 기준에 맞는 경우에만 개발행위허가 또는 변경허가를 하여야 한다. <개정 2011. 4. 14., 2013. 7. 16., 2021. 1. 12.> 4. 주변지역의 토지이용실태 또는 토지이용계획, 건축물의 높이, 토지의 경사도, 수목의 상태, 물의 배수, 하천ㆍ호소ㆍ습지의 배수 등 주변환경이나 경관과 조화를 이룰 것 【가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률】 제8조(가축사육의 제한 등) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 지역주민의 생활환경보전 또는 상수원의 수질보전을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 가축사육의 제한이 필요하다고 인정되는 지역에 대하여는 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 일정한 구역을 지정ㆍ고시하여 가축의 사육을 제한할 수 있다. 다만, 지방자치단체 간 경계지역에서 인접 지방자치단체의 요청이 있으면 환경부령으로 정하는 바에 따라 해당 지방자치단체와 협의를 거쳐 일정한 구역을 지정ㆍ고시하여 가축의 사육을 제한할 수 있다. <개정 2015. 12. 1.> 1. 주거 밀집지역으로 생활환경의 보호가 필요한 지역 4. 「환경정책기본법」 제12조에 따른 환경기준을 초과한 지역 제11조(배출시설의 설치) ① 대통령령으로 정하는 규모 이상의 배출시설을 설치하려고 하거나 설치ㆍ운영 중인 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배출시설의 설치계획(가축분뇨처리 및 악취저감에 관한 사항을 포함한다)을 갖추어 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. <개정 2015. 12. 1., 2021. 4. 13.> 제12조(처리시설의 설치의무 등) ① 제11조제1항 또는 제2항에 따라 허가 또는 변경허가를 받거나 변경신고를 한 자와 같은 조 제3항에 따라 신고 또는 변경신고를 한 자(이하 “배출시설설치자”라 한다)는 처리시설을 설치하거나 변경하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 처리시설 설치나 변경 외의 방법으로 가축분뇨를 적정하게 처리할 수 있는 경우에는 처리시설을 설치 또는 변경하지 아니할 수 있다. ② 배출시설설치자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 가축분뇨를 공동으로 처리하기 위한 시설(이하 “공동처리시설”이라 한다)을 설치할 수 있다. 이 경우 각 배출시설별로 해당 처리시설을 설치한 것으로 본다. 1. 같은 시ㆍ군ㆍ구에 위치한 배출시설로부터 배출되는 가축분뇨를 처리하기 위한 자원화시설을 그 시ㆍ군ㆍ구에 설치하려는 경우 2. 배출시설이 연접하여 위치한 경우(같은 시ㆍ군ㆍ구에 위치하지 아니한 경우도 포함한다)로서 공동으로 자원화시설 또는 정화시설을 설치하려는 경우 제28조(가축분뇨관련영업) ① 가축분뇨의 수집ㆍ운반ㆍ처리 또는 처리시설의 관리를 대행하는 업(이하 “가축분뇨관련영업”이라 한다)을 영위하려는 자는 대통령령으로 정하는 기준에 따른 시설ㆍ장비 및 기술능력을 갖추어 다음 각 호의 구분에 따른 업종별로 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 때에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 변경허가를 받거나 변경신고를 하여야 한다. 2. 가축분뇨처리업: 자원화시설(퇴비ㆍ액비를 만드는 시설은 제외한다) 또는 정화시설을 갖추어 가축분뇨를 최종적으로 안전하게 처리하는 영업 【가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 시행령】 제9조(처리시설의 설치의무 등 면제) 법 제12조제1항 단서에 따라 처리시설의 설치 또는 변경의 의무가 면제되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. <개정 2010. 10. 13., 2015. 3. 24., 2022. 4. 12.> 2. 재활용신고자에게 가축분뇨의 처리를 전량 위탁하는 경우 3. 법 제28조제1항제2호에 따른 가축분뇨처리업을 경영하는 자에게 가축분뇨의 처리를 전량 위탁하는 경우 【○○시 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 조례】 제3조(가축사육의 제한 등) ① 시장은 법 제8조제1항에 따라서 지역주민의 생활환경보전 또는 상수원의 수질보전을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 중 가축사육의 제한이 필요하다고 인정하는 지역에 대하여는 가축의 사육 제한지역(이하 “제한지역”이라 한다)으로 지정 고시하여 그 지역 안에서 가축의 사육을 제한할 수 있으며, 제한지역은 별표 1과 같다. (개정 2015. 12. 30, 2017. 8. 4, 2023. 5. 16) [별표 1] 가축사육의 제한구역(제3조제1항 관련) <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=158829377"></img> 제3조의2(제한구역내에서의 사육시설 증설 등의 제한) ① 시장은 가축사육제한지역에서의 기존 가축분뇨 배출시설의 증설 등을 제한할 수 있다. ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. 1. 기존 가축사육시설을 운영하는 자가 합법적으로 설치ㆍ운영하고 있는 배출시설 및 처리시설의 재ㆍ개축을 하는 사육시설의 경우 2. 생활악취 및 수질개선에 현저한 효과가 있다고 인정하는 경우 1회에 한하여 20% 범위 내에서 증축을 허용한다. 다만, 기존 가축분뇨배출시설 설치신고(허가)를 받은 시설로 주민 민원 및 가축전염병 등을 고려하여 축사현대화 및 가축분뇨 처리시설을 개선하는 경우에 한한다. 나. 판 단 1) 인정사실 이 사건 청구서 및 답변서, 가축사육제한구역 지정 고시문, 개발행위허가서, 개발행위변경허가 신청서, 개발행위변경허가서, 이 사건 신청서, 협의결과내역서, 보완요구서, C 가축분뇨배출시설 설치허가증, 이 사건 처분서 등에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다. 가) 피청구인은 이 사건 신청지를 포함한 ○○호 유역이 「환경정책기본법」 제12조에 따른 환경기준을 초과하는 지역에 해당함에 따라 2018. 12. 12. 가축분뇨법 제8조 및 이 사건 조례 제3조에 따라 가축사육제한구역으로 지정하고 이를 고시(○○시 고시 제2018-000호)하였다. 나) 청구외 A는 2020. 8. 18. 피청구인으로부터 이 사건 신청지에 동식물관련시설(돈사) 부지조성을 위해 아래와 같은 조치계획 및 허가조건으로 개발행위허가를 득하였다. <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=158829375"></img> 다) A는 2022. 2.경 피청구인에게 당초 개발행위허가의 가축분뇨처리계획을 변경하여 “가축분뇨를 ○○리 0000-0번지 일원 4,284㎡ 규모의 분뇨정화조시설을 갖추고 정화처리 100㎡/일 가축분뇨배출시설 설치허가를 득한 C에 전량 위탁처리”한다는 내용으로 개발행위변경허가를 신청하였고, 피청구인은 같은 해 3. 14. 위 변경허가를 하면서 아래와 같은 허가조건을 부하였다. <img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=158829379"></img> 라) A는 2023. 1. 30. 피청구인에게 이 사건 신청지에 돈사 신축 목적의 건축허가를 신청하면서 가축분뇨배출시설설치 허가·신고를 일괄하여 처리해 줄 것을 요청하였고, 이후 2023. 3. 16. 위 개발행위허가의 명의자와 이 사건 신청의 건축주가 청구인으로 변경되었다. 마) 피청구인은 이 사건 신청에 대해 관계법령 소관 부서와 협의를 거친 후, 2023. 2. 10., 같은 해 4. 5., 같은 해 6. 29. 청구인에게 ‘①이 사건 조례 제3조의2에 따른 사육시설 증설 등의 제한사항 검토, ②당초 개발행위 허가사항을 준수하여, 가축분뇨를 가축분뇨법에 따라 가축분뇨 재활용신고자 및 가축분뇨관련영업허가를 득한 사업자에게 전량 위탁 처리하여야 함’을 내용으로 보완을 요구하였다. 바) 피청구인은 2023. 7. 18. 청구인에게 보완사항 미제출을 이유로 민원처리법 제22조 및 같은 법 시행령 제25조에 따라 이 사건 신청을 반려하였다. 사) 한편, C는 2018. 5. 11. 배출량 40.89㎥/일, 정화처리시설 규모 100㎥/일, 위탁처리량 12.89㎥/일(농업회사법인 D)로 하여 “○○시에서 건설 중인(○○4공구 ○○○○○ 조성사업 부지 내) 가축분뇨 처리시설의 준공 후에는 동 부지에서 발생되는 축산폐수는 위탁처리되어야 함”이라는 허가조건으로 가축분뇨배출·처리시설 설치허가를 득하였으며, 같은 해 개발행위허가 시 도시계획위원회 심의의견에 따라 “전체분뇨량의 30%는 전문 위탁처리 업체에 위탁처리”하겠다는 조치계획을 제출한 바 있다. 2) 이 사건 처분의 적법 여부 가) 먼저, 이 사건 처분이 건축법령 이외의 사유를 들어 처분한 것으로서 건축법령에 반하여 위법한지 여부에 관하여 본다. 「건축법」 제11조제1항 본문은 “건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다.”라고 규정하고, 같은 조 제5항은 제1항에 따른 건축허가를 받으면 다음 각 호의 허가 등을 받거나 신고를 한 것으로 본다고 규정하면서 제18호에서 “가축분뇨법 제11조에 따른 배출시설 설치허가나 신고”를 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의하면 돈사를 신축하기 위한 건축허가가 있을 경우 가축분뇨법 제11조에 따른 배출시설 설치허가가 의제되고, 청구인 또한 이 사건 신청을 하면서 가축분뇨 배출시설 설치허가·신고를 일괄하여 처리하여 줄 것을 요청하고 있으므로, 건축허가권자인 피청구인은 이 사건 신청에 대하여 「건축법」 제11조제5항제18호에 의하여 의제되는 가축분뇨법상 배출시설 설치허가의 가능 여부까지 고려하여 건축허가 여부를 결정하여야 한다. 한편, 「가축분뇨법」 제11조제1항은 “대통령령으로 정하는 규모 이상의 배출시설을 설치하려고 하거나 설치·운영 중인 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배출시설의 설치계획(가축분뇨처리 및 악취저감에 관한 사항을 포함한다)을 갖추어 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다.”라고 규정하고, 제12조제1항은 “제11조제1항 또는 제2항에 따라 허가 또는 변경허가를 받거나 변경신고를 한 자와 같은 조 제3항에 따라 신고 또는 변경신고를 한 자(이하 ‘배출시설설치자’라 한다)는 처리시설을 설치하거나 변경하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 처리시설 설치나 변경 외의 방법으로 가축분뇨를 적정하게 처리할 수 있는 경우에는 처리시설을 설치 또는 변경하지 아니할 수 있다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제7조제1항에 의하면 법 제11조제1항에 따라 배출시설의 설치허가를 받으려는 자는 환경부령으로 정하는 허가신청서에 ‘배출시설의 설치내역서’, ‘가축사육 마릿수와 가축분뇨의 배출량에 대한 예측내역서’, ‘처리시설의 설치내역서와 그 도면 또는 법 제16조 단서에 따른 표준설계도서(법 제12조제1항 단서에 따라 처리시설의 설치 의무가 면제된 자의 경우에는 이를 인정할 수 있는 서류)’ 등을 첨부하여 시장·군수·구청장(이하 ‘허가권자’라고 한다)에게 제출하여야 하고, 같은 조 제2항에 의하면 허가권자는 ‘가축분뇨를 법 제13조에 따른 방류수수질기준(이하 “방류수수질기준”이라 한다) 이하로 처리할 수 있는지 여부’(제1호), ‘가축분뇨의 배출량에 대한 예측내역서의 정확성 여부’(제2호), ‘배출시설의 설치 예정지역이 「환경정책기본법」 등 관계 법령에 따라 입지가 제한되는지 여부’(제5호), ‘악취방지계획과 악취방지시설의 연간 유지·관리계획이 법 제12조의2제1항에 따른 처리시설의 설치기준, 법 제17조제4항에 따른 배출시설 및 처리시설의 관리기준에 맞게 수립되었는지 여부’ 등의 사항을 검토하여 허가 여부를 결정해야 한다. 또한 가축분뇨법 시행령 제9조는 위 법 제12조제1항 단서에 따라 처리시설의 설치 또는 변경 의무가 면제되는 경우로서 ‘재활용신고자에게 가축분뇨의 처리를 전량 위탁하는 경우’(제2호), ‘법 제28조제1항제2호에 따른 가축분뇨처리업을 경영하는 자에게 가축분뇨의 처리를 전량 위탁하는 경우’(제3호) 등을 규정하고 있는바, 가축분뇨법 제28조제1항제2호는 가축분뇨처리업[자원화시설(퇴비·액비를 만드는 시설은 제외한다) 또는 정화시설을 갖추어 가축분뇨를 최종적으로 안전하게 처리하는 영업]을 영위하려는 자는 대통령령으로 정하는 기준에 따른 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 신청의 허가권자인 피청구인은 위와 같은 가축분뇨법상 가축분뇨 배출시설 설치허가와 관련된 제반 사항을 검토하여 허가 여부를 결정하여야 할 것인바, 위에서 인정한 사실에 의하면 피청구인은 가축분뇨법상 가축분뇨 배출시설 설치허가를 위한 가축분뇨 처리시설의 면제 기준에 따라 청구인에게 ‘가축분뇨 재활용신고자 및 가축분뇨 관련 영업허가를 득한 사업자에게 전량 위탁 처리’하도록 보완을 요구하였음에도 청구인은 이 사건 처분 시까지 이를 보완하지 아니하였다. 그렇다면, 수개의 처분사유 중 일부가 적법하지 않다고 하더라도 다른 처분사유로써 그 처분의 정당성이 인정되는 경우 그 처분을 위법하다고 할 수 없을 것인바(대법원 2004. 3. 25. 선고 2003두1264 판결 등 참조), 설사 청구인의 주장과 같이 이 사건 신청이 사육시설의 신설에 관한 것이어서 피청구인이 보완을 요구한 ‘이 사건 조례 제3조의2에 따른 사육시설 증설 등의 제한사항 검토’의 사유로는 이 사건 신청을 반려할 수 없다고 하여도, 청구인이 이 사건 건축허가에 포함하여 신청한 가축분뇨 배출시설 설치허가와 관련하여 피청구인이 보완을 요구한 사항을 청구인이 보완기간 이내에 보완하지 아니한 이상, 이를 이유로 이 사건 신청을 반려한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. 나) 다음으로, 청구인은 이 사건 처분사유 중 ‘당초 개발행위 허가사항을 준수하여 가축분뇨 재활용신고자 및 가축분뇨 관련 영업허가를 득한 사업자에게 전량 위탁처리’하라는 보완요구는 2022. 3. 14.자 개발행위(변경)허가에 반하여 위법하다거나, 위 개발행위(변경)허가에도 불구하고 위 보완사항의 불이행을 이유로 이 사건 건축허가를 반려한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 주장하므로, 이에 관하여 본다. 청구외 A는 돈사 신축을 위한 부지조성을 위하여 2020. 8. 18. 피청구인으로부터 국토계획법상 개발행위허가를 받고, 분뇨처리계획 위탁업체 변경을 위한 변경신청을 하여 2022. 3. 14.경 개발행위변경허가를 받은 사실이 있으나, ①「건축법」상 건축허가와 국토계획법상 개발행위허가는 각각 제도의 입법목적·허가기준·허가효과가 다르므로, 어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 그 요건과 효과를 달리 하는 인·허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별법령에 따른 여러 인·허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙인 점(대법원 2020. 7. 23. 선고 2019두31839 판결 참조), ②다만, 「건축법」 제11조제5항제3호는 절차간소화를 위하여 「건축법」상 건축허가를 받는 절차에서 관계 행정청과의 사전 협의를 통해서 국토계획법상 개발행위허가를 받은 것으로 의제할 수 있는 관련 인·허가 의제 제도를 규정하고 있으나, 「건축법」에서 관련 인·허가 의제 제도를 둔 취지는 인·허가 의제사항과 관련하여 건축행정청으로 그 창구를 단일화하고 절차를 간소화하며 비용과 시간을 절감함으로써 국민의 권익을 보호하려는 것이지, 인·허가 의제사항 관련 법률에 따른 각각의 인·허가 요건에 관한 일체의 심사를 배제하려는 것이 아닌 점(대법원 2011. 1. 20. 선고 2010두14954 전원합의체 판결 참조), ③청구인이 주장하는 2020. 8. 18.자 개발행위허가 및 2020. 3. 14.자 개발행위변경허가, 명의변경 및 기간연장을 위한 2023. 3. 16.자 개발행위변경허가에 의하면, 모두 허가조건으로 “기타 타 관계법령에 대하여는 개별법에 의한 별도의 인·허가, 협의 등의 절차를 이행하시기 바라며”라는 조건이 부가되어 있고, 특히 2020. 3. 14.자 개발행위변경허가 및 최종적으로 변경된 2023. 3. 16.자 개발행위변경허가에 의하면 기타조건 중 도시계획위원회 심의의견에 다른 조치계획으로서 당초의 개발행위허가와 동일하게 “본 사업부지에서 발생하는 가축분뇨량은 총 13.96㎡/일이며, 건축물 지하에 매설되는 슬러지피트에 저장 후 600㎡ 규모의 지하액비화시설을 갖추고 있는 농업회사법인 B㈜에 전량위탁처리할 계획임”이라고 기재되어 있을 뿐만 아니라, “5. 가축분뇨배출시설 변경 허가(신고)시 가축분뇨 저장계획, 고액분리 위치, 가축분뇨 이송 상세계획(이송관 재질, 직경, 매설위치, 이송거리, 이송방법, 최종방류지점 등)을 제출하여 주시기 바라며 축사 내 정화시스템과의 분뇨이송 시스템 및 도면을 제시하여 주시기 바랍니다.”라는 조건이 부가되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 돈사의 부지조성을 위한 개발행위허가를 받은 후 ‘분뇨처리계획 위탁업체 변경’을 내용으로 하는 변경허가를 받았다고 하여 가축분뇨법에 따른 분뇨배출시설 설치 허가를 받은 것으로 볼 수 없으므로, 이후 피청구인이 이 사건 신청에 포함된 가축분뇨 배출시설 설치허가 여부를 결정하기 위해 ‘가축분뇨 재활용신고자 및 가축분뇨 관련 영업허가를 득한 사업자에게 전량 위탁처리’하라는 보완을 요구하였다고 하여 이를 위법한 보완요구라고 볼 수 없다. 한편, 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기해 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 등의 요건을 필요로 하고, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족할 때에는, 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한, 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다고 할 것이므로, 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 경우라고 하더라도 행정청이 앞서 표명한 공적인 견해에 반하는 행정처분을 함으로써 달성하려는 공익이 행정청의 공적 견해표명을 신뢰한 개인이 그 행정처분으로 인하여 입게 되는 이익의 침해를 정당화할 수 있을 정도로 강한 경우에는 신뢰보호의 원칙을 들어 그 행정처분이 위법하다고는 할 수 없다( 대법원 1998. 11. 13. 선고 98두7343 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두6822, 6839, 6846 판결 등 참조). 살피건대, ①위에서 본 바와 같이 청구인이 주장하는 이 사건 개발행위(변경)허가는 국토계획법에 따라 돈사 신축 부지조성을 위한 개발행위허가로서 「건축법」상 건축허가 및 가축분뇨법상 가축분뇨 배출시설 설치허가와는 별개의 목적과 절차에 따른 것이므로 피청구인이 청구인에게 위와 같은 개발행위허가 또는 변경허가를 하였다고 하여 건축허가 또는 가축분뇨 배출시설 설치허가가 언제나 허용된다는 공적 견해를 표명한 것이라고 보기 어려운 점, ②위 개발행위허가 및 변경허가에는 “기타 타 관계법령에 대하여는 개별법에 의한 별도의 인·허가, 협의 등의 절차를 이행하시기 바란다.”라는 허가조건이 명시적으로 부가되어 있어 청구인으로서는 이 사건 신청지에 돈사를 건축하기 위하여는 별도의 건축허가 및 가축분뇨 배출시설 설치허가 등을 받아야 함을 알 수 있었을 것인 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 주장하는 개발행위변경허가만으로는 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵거나, 만일 청구인이 그와 같은 개발행위허가를 받음으로써 당연히 이 사건 신청지에 돈사 건축을 할 수 있다고 신뢰하였다면 그와 같은 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 청구인에게 과실이 있다고 볼 수 있다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두6822, 6839, 6846 판결 등 참조). 또한 설사, 피청구인의 그와 같은 개발행위허가가 이 사건 신청지에 당연히 돈사 건축허가를 받을 수 있다는 공적 견해를 표명한 것이고 이에 대해 청구인의 귀책사유가 없다고 보더라도, ①가축분뇨법은 가축분뇨를 적정하게 처리함으로써 환경과 조화되는 지속가능한 축산업의 발전 및 국민건강의 향상에 이바지함에 그 목적이 있는데, 이 중 국민건강의 향상, 즉 지역주민의 생활환경이나 상수원의 수질 등을 보전하려는 데 보다 중점을 둔 가축사육제한지역의 설정취지(가축분뇨법 제8조제1항 참조)를 고려하면, 이 사건 조례에 따른 가축사육제한지역은 인근 주민들이 가축사육 전과 비교하여 수인한도를 넘는 환경침해를 받지 않고 쾌적한 환경에서 생활할 수 있는 권리 내지 이익을 보호하기 위한 지역적 범위를 최소한으로 설정한 것에 불과한 점(전주지방법원 2020. 5. 14. 선고 2018구합1784 판결), ②위와 같은 가축분뇨법의 입법목적, 관련 법령의 체제·형식과 문언, 특히 가축분뇨법 제11조제1항, 제2항에서 배출시설 설치허가와 변경허가의 기준을 따로 구체적으로 정하고 있지는 않은 사정 등을 종합하면, 가축분뇨법에 따른 가축분뇨 배출시설 설치허가는 허가권자의 재량행위에 해당하는바, ‘환경오염 발생 우려’와 같이 장래에 발생할 불확실한 상황과 파급효과에 대한 예측이 필요한 요건에 관한 행정청의 재량적 판단은 그 내용이 현저히 합리성을 결여하였다거나 상반되는 이익이나 가치를 대비해 볼 때 형평이나 비례의 원칙에 뚜렷하게 배치되는 등의 사정이 없는 한 폭넓게 존중하여야 하는 점(대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두55490 판결, 대법원 2019. 12. 24. 선고 2019두45579 판결 등 참조), ③청구인은 이 사건 신청지의 돈사에 집수정 설치계획과 C까지의 거리에 분뇨 이송을 위한 흄관, U형 플륨관 등의 설치를 위한 준비를 마쳤다고 주장하나 이를 확인할 수 있는 자료가 없고, 달리 청구인이 이 사건 개발행위허가를 신뢰하여 어떠한 후속 조치를 하였다거나 이로 인해 막대한 손해가 발생하였다는 점을 인정하기 어려운 점, ④피청구인은 이 사건 처분을 통하여 청구인이 개발행위허가를 받아 부지조성을 한 이 사건 신청지에서 돈사 건축을 영구적으로 불허한다는 것이 아니라 보완 사항을 보완 후 재접수하는 경우 관련 법령을 검토하여 허가 여부를 결정하겠다고 함으로써 보완 사항의 이행을 통하여 이 사건 신청지에 돈사의 건축허가가 가능할 수 있는 여지를 두고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분을 통하여 달성하고자 공익은 이로 인해 청구인이 입게 되는 불이익을 정당화할 만큼 강한 경우에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 이 사건 처분으로 인하여 달성하려는 공익상의 필요와 청구인이 입게 될 불이익 등을 정당하게 비교·교량하여 이 사건 처분에 이른 것으로서 신뢰보호의 원칙에 위배되거나 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 보기 어렵다. 3. 결 론 그렇다면, 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.